【更新公告】SAW ST v5.1.0更新公告

wangleying

版本号：spatial_RNA_visualization_v5（v5.1.0）

更新时间：2022-08-06 15:00

Release Note：

merge大芯片优化

register拼接方法优化，细胞分割性能优化，增加模板信息用于评估拼接和配准效果等

tissueCut散点图bug fix，优化kernel

report更新设计，修改不清晰和错误的字段和说明

更新内容：

SAW merge
1. 程序重构，性能优化，大芯片运行效率显著提高；
SAW register
1. 更新拼接转图方法，增加拼接接缝融合，优化接缝处细胞分割形态；
2. 细胞分割模块性能优化，demo数据测试峰值内存可降低~70%，耗时略有增加；
3. 在IPR文件增加预配准后的拼接模板/Stitch/TransformTemplate，可用于线下转出模板，与fov_stitched_transformed.tif merge后检查拼接图和模板track线是否重合来评估拼接效果；
4. IPR文件增加矩阵模板/Register/MatrixTemplate，记录矩阵track线可在SAP可视化展示template中的track点，用于和底图比较track点是否重合来评估配准效果
5. 解决细胞分割结果和ssDNA底图存在像素级别偏移问题；
6. czi图片由保存双通道改为单通道；
7. rpi文件格式升级为1.0.0，文件中增加TissueMask和CellMask两个group用于保存配准后的组织和细胞分割轮廓，旧格式的图片瓦片归纳在ssDNA group中
SAW tissueCut
1. 修复scatter plot画图bug；
2. 优化openCV kernel设置，无图矩阵提取时兼容特殊场景
SAW report
1. 更新UI设计；
2. 报告指标名称、说明重新梳理修改；
3. 增加物种、组织类型信息；目前物种信息用refindex展示
其他更新：
1. 03.register路径增加交付文件：
  1. 配准后的ssDNA图SN_regist.tif
  2. 配准后的组织分割二值化掩膜图SN_tissue_cut.tif
  3. 配准后的细胞分割二值化掩膜图SN_mask.tif

飞书链接🔗：链接

lixinyue

很清晰啊