版本号：V2.4.2

发布日期：2022.08.11

流程更新：

1.【新增】IF配准流程

功能更新：

1.【新增】投递任务可选参考基因组

2.【新增】批量上传FASTQ

可视化更新：

1.【新增】IF配准工具

2.【新增】可视化新增配准模板展示功能

3.【新增】可视化支持下载高清图片

4.【新增】color range功能

其他优化：

1.【优化】GLIMS下机测序数据同步逻辑

2.【优化】试剂盒项目确认签收后自动关联项目

3.【修复】修复其他问题，提升用户体验

流程更新：

一、IF配准流程

1.IF配准原理和启动条件

IF免疫荧光图因为无法拍摄track线，所以和矩阵配准的方式与ssDNA不同。目前采用的方式是以ssDNA图为媒介，先将IF与ssDNA配准，随后再依赖ssDNA图与矩阵配准的参数信息，再将IF与基因表达矩阵配准。

所以IF配准功能的开启前提是：

1）ssDNA图像完成预处理；

2）获得矩阵的标准分析任务投递时有图像入参；

IF图像完成预处理。

2.入参文件

IF TIFF，同批次可上传多张同时拍摄的方向缩放视场大小相同的IF图，配准时会以相同参数处理
ssDNA TIFF经过模板配准，调整过小角度旋转和缩放比例的大图fov_stitched_transformed.tif，（也是ssDNA手动配准R任务的起始图）
表达矩阵

3.IF配准操作步骤和说明

Step1：进入配准，调整图片

进入T任务可视化后，如果有IF预处理结果图片，右上角icon有小旗子标志，点击标志进入IF配准；左标签图片为IF图，右标签为ssDNA预配准图；
如果图像太暗，可点击图像上方标签，通过调整右侧panel的“Normalized”调整曝光
如果IF图和ssDNA图存在旋转，可点击右侧panel最下方的“Rotate”逆时针旋转图像进行调整；

Step2：选择特征点

鼠标移至开启IF配准的小旗子icon处，小旗子下方出现“Annotation point”选点按钮，点击按钮后按下Alt+鼠标左键点击，可在图上打点；

通过打点的方式找到IF图的特征点和ssDNA的特征点，通过四个特征点定位一个三位空间平面，再通过建立左右两图间点的映射关系，将IF图与ssDNA图进行配准；
- 因为ssDNA已做过预配准，可通过匹配特征点调整IF图，实现IF图的预配准；
- Tips：
- 推荐在两张图的芯片四角选点，在组织上打点会出现凹边形的情况，效果可能会不如芯片四角；
- 如果出现ssDNA图拼接错误，芯片角没有对齐的情况，预估一个大概位置打点

Step3：任务投递和查看

再次点击小旗子icon完成配准；页面弹出“Submit IF Registration”窗口展示选点信息，点击“Confirm”后提交任务；任务提交后展示任务码；

回到芯片详情页，可在“任务与结果”对应T任务的下拉任务栏中的“IF register Tasks”找到“IR”开头的任务编号；

Step4：流程任务触发

流程触发后，同批次上传的IF图像会以相同参数进行批量处理；
算法计算后，根据选点信息生成两张图
- IF与ssDNA预配准fov_stitched_transformed.tif配准的TIFF图；
- 以及根据ssDNA与矩阵配准参数信息最终得到的IF与矩阵配准的TIFF图；
TIFF图会以{蛋白名}_IF的名字写入RPI文件中进行展示；

Step5：结果查看

任务完成后点击“可视化报告”进入可视化页面；

点击右上角第三个按钮“Start IF merge”进入IF配准结果查看；

鼠标悬浮同一个按钮后出现多个蛋白IF标签，点击增加图层；

功能更新：

一、投递任务可选参考基因组

运行分析任务设定参数时可选择参考基因组

任务详情中可查看投递任务时选择的参考基因组

二、批量上传FASTQ

Step1：点击项目名称进入项目详情页，切换至【文件上传】页

Step2：点击模板下载下载批量导入模板

Step3：点击选取文件选择已填写完成的文件并提交

Step4：导入失败的数据，支持下载失败记录，可参照错误原因修改后再次上传

Step5：上传完成后可在【上传记录】中查看已经手动上传的数据

可视化更新：

一、IF配准工具

详见流程更新中IF配准操作步骤及说明

二、可视化新增配准模板展示功能

新增配准模板，用于确认配准结果是否准确

Step1：点击打开矩阵track点template图层，功能icon如下

Step2：调节ssDNA图曝光直至可以看见背景区域的track线，对比ssDNA拍照图上的track线交叉点和矩阵track点（黄色十字）是否对齐，评估配准效果

三、可视化下载高清图片

Step1：进入可视化界面，点击可下载高清图片，功能icon如下

Step2：输入文件名

Step3：选择下载方式，目前支持以下三种方式

Current window image
Current window HD image（Complete image, but scale parameter may not be set to 1.）
Current window HD image（Scale parameter set to 1, may cause incomplete image.)

四、color range功能

新增Color range功能，功能icon如下：

支持手动调整色彩范围

其他优化：

一、GLIMS下机同步数据逻辑优化

为解决GLIMS下错单导致测序数据同步异常，SAP将会同步GLIMS下机所有测序数据（包括投递 spatial_RNA_visualization_v3 流程）。下机选择投递spatial_RNA_visualization_v3 流程，只同步测序数据，不触发自动分析，需要在SAP上手动投递分析任务。

二、试剂盒项目确认签收后自动关联项目

试剂盒项目，客户下单确认签收后将自动关联项目

SAP 团队

二〇二二年八月十一日