今年9月，时空转录组FFPE V1.1产品方案正式发布。这是继2024年6月首版方案发布后，华大时空在福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本领域取得的又一次重大突破。
时空转录组FFPE V1.1的实际数据表现如何？一起来看看华大时空生态合作伙伴贝瑞基因的实测结果吧。
/贝瑞实测数据，见证产品性能突破/
FFPE V1.1升级方案推出后，贝瑞基因迅速针对FFPE V1.1产品开展性能测试。贝瑞基因实测数据显示，FFPE V1.1产品在多项指标上表现出色。
a. 有效CID序列（Valid CID Reads）占比达85%以上，数据获取更具性价比；
b. 捕获基因总数达3.2万+（可无偏差地捕获mRNA及ncRNA)；
c. 10μm bin下基因平均数达300+，提供更深度的数据挖掘；
d. 通过影像识别细胞核的位置，结合算法实现自动化细胞分割，分割出的细胞数目分别为100w+、54w+（芯片面积1cm*1cm），轻松实现精确的单细胞水平分析，更精细地解析基因表达空间特征。
表1 贝瑞基因FFPE V1.1实测数据展示
/时空转录组FFPE V1.1升级亮点/
01. 基因捕获效率提升100%，破解FFPE样本“沉默黑匣”
传统技术对FFPE样本的RNA捕获效率较低，时空转录组FFPE V1.1通过优化探针设计及生化反应效率等方法，在保持编码&非编码RNA捕获，微生物捕获等性能的基础上，基因捕获效率相比上一版本提升50%-200%。
02. 组织内外信号扩散优化，空间定位精度达纳米级
针对FFPE样本中RNA扩散导致的空间定位失真问题，时空转录组FFPE V1.1通过芯片探针和实验流程的优化，实现了高精度的空间定位。
03. 数据利用率提升100%，高性价比实现全景式数据支持
时空转录组FFPEV1.1通过探针设计优化，新的测序建库流程与生信分析工具开发等方法将有效数据利用率提升了100%，显著降低无效测序损耗（如无效CID序列、rRNA序列等），实现科研级数据的高性价比获取，为复杂疾病机制研究提供全景式数据支持。
04. 多类型样本混测兼容，FF与FFPE样本“一机双测”
时空转录组FFPE V1.1首次支持新鲜冷冻(FF)样本与福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)样本同批次测序。通过优化建库试剂盒与建库方案，研究人员可在单张T7测序芯片上同步检测FF与FFPE来源的时空文库，极大提升了实验灵活性与测序效率，不再为“凑样”上机烦恼。
同时，时空转录组FFPE V1.1可稳定实现组织芯片蜡块（TMA）的高通量分析。单张芯片可集成多个样本位点，结合纳米级分辨率，可在单次实验中完成大队列样本的空间转录组分析，有望成为新药研发与回顾性大队列研究加速器。
此外，时空转录组FFPE V1.1产品方案目前已在大部分临床常见的病理样本、小鼠组织中得到稳定的验证，且无物种限制，可应用在疾病研究、细胞图谱、生物标志物研究、宿主与微生物互作研究、非编码RNA调控研究等领域，有望实现从病理诊断到精准治疗的闭环。
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*内容转载自公众号：贝瑞基因科技服务
