Stereo-seq_ssDNA
Stereo-seq_ssDNA
产品简介
纳米级分辨率，厘米级全景视场
时空试剂产品包含了Stereo-seq技术流程所需的主要时空试剂和时空芯片，其中时空芯片上载有具有空间坐标信息的捕获探针，与组织切片结合后通过探针原位抓取组织内的 mRNA 分子并进行 cDNA 合成。研究人员通过 DNBSEQ 测序和 STOmics 配套的可视化分析工具，可获取特定样本超高分辨率下的空间转录组信息。
产品亮点
大视场和高分辨率
实现500 nm分辨率，同时捕获面积最大可达13 cm×13 cm，且实现了基因与影像同时分析。
高兼容性
时空组学技术在新鲜冷冻保存的多种动植物细胞、器官以及胚胎切片上都有良好的表现。
精简的数据分析
DCS智能云平台进行时空数据分析、可视化及数据挖掘，也可使用STOmics分析流程软件（SAW）自行对分析获得时空基因表达矩阵。
操作便捷
整体生化流程便捷性增强。
操作流程
结果展示
云平台数据分析
a.基础分析（SAW）
为实现时空组学数据的全面分析，研究团队开发了SAW（Stereo-seq Analysis Workflow）算法，可以高效且准确地分析Stereo-seq空间转录组数据。SAW为处理大规模空间转录组数据提供了快速的数据分析和准确的空间定位，有助于更好地理解细胞的空间调控机制和组织结构，推动时空组学研究的进展。
Stereo-seq原始测序数据，可以使用云平台-公共应用 “SAW-ST-V7”进行分析（Stereo-seq 分析流程软件包-Stereo-seq Analysis Workflow，即SAW的云平台WDL流程），得到可以用于下游分析的空间表达矩阵和分析报告。
SAW（Stereo-seq Analysis Workflow，Github地址：https://github.com/STOmics/SAW/）分析的基本流程包括以下步骤：
1）mRNA空间位置重建：对Stereo-seq技术中的mRNA进行空间位置的恢复。
2）过滤：对原始数据进行过滤处理，去除低质量的reads、接头序列和噪音。
3）mRNA基因组比对：将过滤后的reads与参考基因组进行比对，将reads与基因进行对应。
4）基因区域注释：对比对结果进行基因区域的注释，确定每个read所属的基因。
5）分子标识（MID）校正：对mRNA分子的标识进行校正，确保每个mRNA的标识准确。
6）基因表达矩阵生成：根据比对和注释结果，生成基因表达矩阵，记录每个基因在每个空间位置的表达水平。
7）组织区域提取：将基因表达矩阵中的数据按照组织区域进行提取，获取不同组织区域的基因表达信息。
8）聚类：对基因表达矩阵进行聚类分析，将相似的基因表达模式聚集在一起。
9）饱和度分析：对基因表达数据进行饱和度分析，评估实验数据的完整性和覆盖度。
10）报告生成：生成分析报告，展示基因表达和空间信息的结果，提供进一步个性化分析所需的文件。
SAW能够高效准确地分析Stereo-seq空间转录组数据，提供了空间位置重建、基因表达矩阵生成、聚类分析等基本的分析功能，为后续的个性化分析提供了基础。
云平台主要操作步骤：登录云平台--流程分析--搜索SAW-ST-V7流程--点击运行--选择运行界面输入--填写实体ID--输入设置选择--运行任务（如下图所示）
上图参数输入设置可参考下面的详情页面。
分析任务查看：任务成功运行后可以在任务管理模块查看已提交的任务状态，任务详情信息，报告（完成后可访问）及选择信息导出等（如下图所示）。
详情页面展开后如下图所示：
待分析以及运行中的任务，可以在详情按钮下根据需要执行重新运行、取消和删除任务操作，如下图所示：
已完成的任务，可以在详情按钮下根据需要执行高级分析、任务授权、重新运行、删除任务操作，如下图所示：
SAW-ST-V7流程任务投递详细操作可参考说明文档：Workflow版SAWV6/V7投递指南
时空组学数据分析工具SAW更多介绍请见：多组学多模态TB级数据高效分析，一文读懂时空组学数据分析工具SAW
b.高级分析（StereoMiner）
在完成基础分析后，可以使用云平台-交互分析-时空组学高级分析模块继续进行高级分析(如下图所示)，该模块包含了数据预处理、聚类及注释、拟时序分析、互作分析、功能富集分析、分析报告生成7个步骤；
也可以在任务管理处投递，方法如下图所示：
详细使用说明请参考时空高级分析，可在项目交互分析-时空组学高级分析页面链接按页面提示进行全流程或分步骤任务投递。最后可以在任务管理页面查看分析结果、选择相应的分析模块并生成分析报告，报告支持下载.html文件和打印.pdf文件，如下图所示：
c.可视化（StereoMap）
完成基础分析后，可以使用云平台-交互分析-可视化模块进行图像处理操作；可视化模块是时空生信线下分析工具StereoMap的在线版本，SAW流程中输出的GEF矩阵、图像RPI和IPR数据、聚类结果等均可在StereoMap中展示。可视化快速使用入口：从云平台左侧边栏- 任务管理-对应任务编号-右侧可视化链接入口进入可视化分析页面（如下图所示）。
目前云平台在线可视化板块开发了多窗口视图功能，可以根据需要做自己感兴趣基因空间表达模式差异比较，支持单选及多选基因空间分布差异展示，如下图所示，展示了两个基因表达不同分布特点：
具体操作方法请参考时空可视化。
立即探索时空可视化：
d. 探索更多 （Stereopy）
还可以使用华大自主研发的Stereopy软件包来继续挖掘您的空间组学数据，Stereopy功能模块如下图所示：
可以通过云平台-个性分析- stereopy Notebook了解软件基本用法，如下图所示：
Stereopy软件详细信息参考：https://stereopy.readthedocs.io/en/latest/index.html
视频操作指引：
e.成果解读
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更多操作指南：
- 如何上传数据?
- 创建并运行工作流