版本说明

SAW发版记录

8.0.2（7月, 2024）

问题修复：

• 修复软件部分已知BUG和问题。

8.0.1 （7月, 2024）

问题修复：

• 修复软件部分已知BUG和问题。

8.0.0 （6月, 2024）

新形态：

SAW本次更新以单体可执行程序.tar.gz 文件的形式发布，可以直接在系统上解压，无需额外配置计算环境。由于它已经集成并预编译所有内置软件所需的依赖项，因此可以在大多数Linux环境直接运行。

新功能：

• 整合并简化流程使命令编写和完成分析变得更加便捷。这些流程模块包括：
  • SAW count：核心流程模块，用于根据计算基因表达读数和 Stereo-seq 芯片生成表达矩阵。
  • SAW makeRef：根据参考基因组数据构建索引文件。
  • SAW checkGTF：检查注释文件的格式。
  • SAW realign：使用手动处理的文件重新启动分析。
  • SAW reanalyze：重新执行下游分析。
  • SAW convert：支持文件格式转换。
• SAW 支持从 FFPE（formalin-fixed paraffin-embedded）样本中获取基因表达信息。在运行 SAW count 时，通过将 --kit-version 设置为 "Stereo-seq N FFPE V1.0" 来实现。对于 FFPE 分析，需要使用 SAW v8.0.0 或更高版本。
• 基于 FFPE 组织样本，可以在运行 SAW count 时通过使用 --microorganism-detect 参数来开启微生物分析，需要准备必要的参考数据集。更多信息请参阅参考基因组准备。
• SAW 还升级了读取比对和注释的生物信息学工作流程，以适应 FFPE 数据集。
  • 在注释过程中，默认情况下会同时使用唯一比对 reads 和 多比对 reads 中的最优比对进行基因定量分析。如果分析人员只关注唯一比对 reads，可以使用 --uniquely-mapped-only 参数。
  • 新的空间基因表达矩阵通过唯一基因ID进行标识，同时依然记录基因名称信息。
• 在图像相关的分析部分，软件对图像处理性能进行了优化。同时，在运行 SAW count 时，支持以TIFF格式直接输入显微镜拼接大图图像。
• SAW 分析中新增了基于 Leiden 聚类进行的差异表达分析，marker features 被记录在AnnData格式的 H5AD 和 CSV 文件中，并在 HTML 报告和 StereoMap 中展示。
• HTML 报告中的图表是交互式的，新增微生物分析页面，增加了 marker features 结果表格。
• 重新整理输出目录结构，使得结果文件更加清晰易查找，并将中间环节文件和日志放入指定的文件夹中。
• 输出可视化压缩文件visualization.tar.gz，其中包含 .stereo 统领文件，用于记录 SAW 分析流程的基本信息和 StereoMap 所需的字段信息。

历史版本

历史版本信息可以从 GitHub 获取。

获取帮助

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请联系当地销售或FAS/FBS。