count

SAW count 是SAW软件的核心分析流程，可以兼容大多数 Stereo-seq FF, Stereo-seq FFPE 和Stereo-CITE FF 数据。输入数据包括芯片mask文件、测序FASTQ、参考基因组和显微镜拍照图像。流程输出Stereo-seq 芯片的空间表达矩阵和分析结果。

根据时空试剂盒产品线的不同，运行分析所需的参数设置也有所区别。在开始分析任务之前，需要注意产品试剂盒的版本信息，选择一个合适的。

Stereo-seq T FF

*T 代表 Chip T 芯片

V1.3 & V1.2

Count for Stereo-seq T FF Spatial Gene Expression

Stereo-seq N FFPE

*N 代表 Chip N 芯片

V1.0

Count for Stereo-seq N FFPE V1.0 Spatial Gene Expression

Stereo-CITE T FF

*T 代表 Chip T 芯片

V1.1 & V1.0

Count for Stereo-CITE T FF Spatial Gene and Protein Expression