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系统配置要求

SAW分析软件包在Linux系统上被解压和安装，计算环境需满足下列基本要求：

• 8-core Intel or AMD processor (>24 cores recommended)
• 128GB RAM (>256GB recommended)
• 1TB free disk space or higher
• 64-bit CentOS/RedHat 7.8 or Ubuntu 20.04

软件下载

SAW 8.1.3 (3月, 2025)

##wtih curl
curl -o saw-8.1.3.tar.gz "https://cdn-newfile.stomics.tech/saw-8.1.3.tar.gz"

##or with wget
wget -O saw-8.1.3.tar.gz "https://cdn-newfile.stomics.tech/saw-8.1.3.tar.gz"

相关软件（StereoMap）兼容

• StereoMap >= v4.0 （历史版本的适配兼容信息）

SAW-8.1 软件亮点

• 支持蛋白组转录组 Stereo-CITE FF 样本分析，在运行 SAW count 时请将 --kit-version 设置为 “Stereo-CITE T FF V1.x” 。在以单体可执行程序.tar.gz 发布的SAW中，需要 v8.1.0 或更高版本支持运行Stereo-CITE FF 分析。
• 支持转录组 Stereo-seq FF kit=V1.3，在运行 SAW count 时请将 --kit-version 设置为 “Stereo-seq T FF V1.3”。
• SAW reanalyze 由子模块调用，您可以使用以下方式调用：
  • SAW reanalyze lasso
  • 新功能：
    • SAW reanalyze midFilter 执行按 MID 范围手动过滤空间表达矩阵。
    • SAW reanalyze multiomics 多组学蛋白质组和转录组联合分析。
    • SAW reanalyze removeBackground 自动去除蛋白背景信号。
• 升级了生信分析流程
  • 默认在 SAW count 比对中去除adapter，而不是直接丢弃带有adapter的序列。
  • bin GEF 模式下的聚类省略了零中心变量以处理稀疏输入。
  • 调整了蛋白组和转录组联合分析中的标记基因和标记蛋白的选择阈值。
• 接受在 StereoMap 打点配准后输出的图像 .tar.gz ，可以通过 --image-tar 输入SAW。需要 SAW v8.1.0 或更高版本支持图像分析。
• 改善了细胞分割后出现单个面积较大的细胞的现象。改善了基于图像的组织分割效果。
• 减少 SAW count Annotation 中的内存使用。
• SAW count 和 realign 输出 HTML 报告为 <SN>.report.html，可直接点击打开。 页面 Square Bin 可以显示 bin20 和 bin50 聚类和 UMAP。

版本说明 >

解压安装

SAW 此版本为单体可执行程序的.tar.gz 文件，可以直接在系统上解压，无需额外配置计算环境。由于它已经集成并预编译所有内置软件所需的依赖项，因此可以在大多数Linux环境直接运行。

下载 SAW 软件包并解压到合适的目录位置，文档示例假设 /saw/package 为运行目录。

$ cd /saw/package

[download the SAW package tar.gz from the Software download part]

$ tar -xzf saw-8.1.3.tar.gz

注意，参考基因组和 demo 数据集需要单独下载。

参考基因组下载

STOmics 研发团队已预先构建了可直接使用的参考基因组索引文件。

STAR 索引文件

##with curl
#mouse
curl -o aspera_download.key -s ftp://ftp.cngb.org/pub/Tool/Aspera/aspera_download.key && ascp -i aspera_download.key -P 33001 -T -k 1 -l 100m "aspera_download@183.239.175.39:/pub/stomics/STT0000124/supp/reference-data-mouse.tar.gz" ./

#mouse with rRNA
curl -o aspera_download.key -s ftp://ftp.cngb.org/pub/Tool/Aspera/aspera_download.key && ascp -i aspera_download.key -P 33001 -T -k 1 -l 100m "aspera_download@183.239.175.39:/pub/stomics/STT0000124/supp/refer
ence-data-mouse-rRNA.tar.gz" ./

#rat
curl -o aspera_download.key -s ftp://ftp.cngb.org/pub/Tool/Aspera/aspera_download.key && ascp -i aspera_download.key -P 33001 -T -k 1 -l 100m "aspera_download@183.239.175.39:/pub/stomics/STT0000124/supp/reference-data-rat.tar.gz" ./

#human
curl -o aspera_download.key -s ftp://ftp.cngb.org/pub/Tool/Aspera/aspera_download.key && ascp -i aspera_download.key -P 33001 -T -k 1 -l 100m "aspera_download@183.239.175.39:/pub/stomics/STT0000124/supp/reference-data-human.tar.gz" ./

#human with rRNA
curl -o aspera_download.key -s ftp://ftp.cngb.org/pub/Tool/Aspera/aspera_download.key && ascp -i aspera_download.key -P 33001 -T -k 1 -l 100m "aspera_download@183.239.175.39:/pub/stomics/STT0000124/supp/reference-data-human-rRNA.tar.gz" ./

##with wget
#mouse
wget -c ftp://ftp.cngb.org/pub/stomics/STT0000124/supp/reference-data-mouse.tar.gz

#mouse with rRNA
wget -c ftp://ftp.cngb.org/pub/stomics/STT0000124/supp/reference-data-mouse-rRNA.tar.gz

#rat
wget -c ftp://ftp.cngb.org/pub/stomics/STT0000124/supp/reference-data-rat.tar.gz

#human
wget -c ftp://ftp.cngb.org/pub/stomics/STT0000124/supp/reference-data-human.tar.gz

#human with rRNA
wget -c ftp://ftp.cngb.org/pub/stomics/STT0000124/supp/reference-data-human-rRNA.tar.gz

下载索引文件并将其解压到合适的位置。这里假设将 /saw/reference 设置为操作目录。

$ cd /saw/reference

[download the mouse referencetar.gz from the reference download part]

$ tar -xzf reference-data-mouse.tar.gz

Bowtie2 索引文件

##with curl
#mouse for bowtie2
curl -o aspera_download.key -s ftp://ftp.cngb.org/pub/Tool/Aspera/aspera_download.key && ascp -i aspera_download.key -P 33001 -T -k 1 -l 100m "aspera_download@183.239.175.39:/pub/stomics/STT0000124/supp/reference-data-mouse-rRNA-Bowtie2.tar.gz" ./

#human for bowtie2
curl -o aspera_download.key -s ftp://ftp.cngb.org/pub/Tool/Aspera/aspera_download.key && ascp -i aspera_download.key -P 33001 -T -k 1 -l 100m "aspera_download@183.239.175.39:/pub/stomics/STT0000124/supp/reference-data-human-rRNA-Bowtie2.tar.gz" ./

##with wget
#mouse for bowtie2
wget -c ftp://ftp.cngb.org/pub/stomics/STT0000124/supp/reference-data-mouse-rRNA-Bowtie2.tar.gz

#human for bowtie2
wget -c ftp://ftp.cngb.org/pub/stomics/STT0000124/supp/reference-data-human-rRNA-Bowtie2.tar.gz

Kraken2 索引文件

##with curl
#kraken2 database
curl -o aspera_download.key -s ftp://ftp.cngb.org/pub/Tool/Aspera/aspera_download.key && ascp -i aspera_download.key -P 33001 -T -k 1 -l 100m "aspera_download@183.239.175.39:/pub/stomics/STT0000124/supp/reference-data-pluspf-20220908-Kraken2.tar.gz" ./

##with wget
#kraken2 database
wget -c ftp://ftp.cngb.org/pub/stomics/STT0000124/supp/reference-data-pluspf-20220908-Kraken2.tar.gz

蛋白列表

*查询Cocktail了解更多信息。

##with curl
#mouse
curl -o aspera_download.key -s ftp://ftp.cngb.org/pub/Tool/Aspera/aspera_download.key && ascp -i aspera_download.key -P 33001 -T -k 1 -l 100m "aspera_download@183.239.175.39:/pub/stomics/STT0000124/supp/ProteinPanel_128_mouse_V2.list" ./

#human
curl -o aspera_download.key -s ftp://ftp.cngb.org/pub/Tool/Aspera/aspera_download.key && ascp -i aspera_download.key -P 33001 -T -k 1 -l 100m "aspera_download@183.239.175.39:/pub/stomics/STT0000124/supp/ProteinPanel_163_human_V2.list" ./

##with wget
#mouse
wget -c ftp://ftp.cngb.org/pub/stomics/STT0000124/supp/ProteinPanel_128_mouse_V2.list

#human
wget -c ftp://ftp.cngb.org/pub/stomics/STT0000124/supp/ProteinPanel_163_human_V2.list

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