SAW
saw support 的 plugin 模块旨在管理用于扩展 SAW 软件功能的扩展包。在 8.3 版本中，我们发布了 GPU 加速包，这是一个旨在显著提升计算性能的关键扩展，特别是对于大型 Stereo-seq 芯片数据集。
GPU acceleration package 1.0 (8月, 2026)
- 核心功能： 加速下游矩阵分析（如 PCA、UMAP、聚类等）
- 适用范围： 应用于下游分析步骤，不包含图像处理部分
- 版本要求： SAW 8.3.0 或更高版本
在下载之前，请先检查服务器的 CUDA 版本（例如通过运行 nvidia-smi 命令），以确保选择并下载相匹配的 GPU 加速包。
| Download GPU package for CUDA 11 (tar.gz) | Download GPU package for CUDA 12 (tar.gz) | Download GPU package for CUDA 13 (tar.gz) |
| 文件大小：6.5 GB | 文件大小：5.0 GB | 文件大小：2.5 GB |
| md5: 87a089d6160ddc1b357d79951c66d3d8 | md5: 47ca19b64520d0b7883536ee481885b9 | md5: 907255c236ae21de72a9b1ace9a668e4 |
#wget
##CUDA 11
wget -c "https://cdn-newfile.stomics.tech/saw-plugin-gpu-cu11-1.0.tar.gz"
##CUDA 12
wget -c "https://cdn-newfile.stomics.tech/saw-plugin-gpu-cu12-1.0.tar.gz"
##CUDA 13
wget -c "https://cdn-newfile.stomics.tech/saw-plugin-gpu-cu13-1.0.tar.gz"
#curl
###CUDA 11
curl -C - -O "https://cdn-newfile.stomics.tech/saw-plugin-gpu-cu11-1.0.tar.gz"
##CUDA 12
curl -C - -O "https://cdn-newfile.stomics.tech/saw-plugin-gpu-cu12-1.0.tar.gz"
##CUDA 13
curl -C - -O "https://cdn-newfile.stomics.tech/saw-plugin-gpu-cu13-1.0.tar.gz"
通过安装 GPU 加速包，SAW 可以将计算密集型任务转移到 GPU 上运行，从而大幅缩短以下分析步骤的运行时间：
- 数据降维： 加速 PCA 和 UMAP 计算步骤
- 聚类分析： 加快 Leiden 聚类速度
- 联合分析： 提升多样本整合及批次效应校正的效率（例如：在
saw aggr流程中）