StereoMap

StereoMap 4.3.0 (8月,2026)

StereoMap 4.3.0 更新重点

• 可视化：
  • 全新 Visual Explore 可视化！新的用户界面提供了更好的视觉效果，并优化了工作区布局，助力更高效的数据分析。
  • 新可视化界面布局划分为：操作模式栏、图层展示面板、画布区和数据图表区。
    • 操作模式栏 包括 Feature（特征）、Group（分组）、Selection（筛选），用于决定数据点的展示颜色或组合方式。新增的Selection功能支持根据 Group 或 Feature 进行坐标 bin 的过滤，过滤后保留的 bins可以新建并保存为 group。
    • 图层展示面板 包括 Bin layer、Cell layer、Image layer。您可以自由叠加图层，并调节图层的透明度，实现空间特征表达矩阵与图像的协同展示。
    • 画布区 是展示数据的核心区域，用于呈现完整的数据集。
    • 数据图表区 则用于展示表格或统计图表，帮助您更直观的分析和解读数据。
  • 新增“Projection”功能，可展示一个或多个芯片数据的不同空间投影方式，并支持细胞的 UMAP 图展示。
  • 新增”Split View“功能， 支持根据选定标签或类群，将 bins/cells 分割至多个独立子图进行可视化。
  • 全新的“Annotation Shape”功能允许您在每次数据集分析时创建并临时存储一系列套索形状。这使得您能够在指定区域内，以不同分辨率（网格大小）反复提取点的坐标或特征空间表达矩阵。此外，这些套索形状可以导出为 .geojson 文件，便于在下次分析中重新导入使用。
  • 更加便捷的区域选择与导出。使用套索工具选择区域后，选中的点或细胞可以保存到 Group 中。您可以从 Group 中导出点的坐标为 .csv 文件，或者导出矩阵为 .gef/.gem/.h5ad 格式，方便后续分析。
  • 新增本地聚类分析和差异分析功能（需获取本地资源），无需依赖SAW（在资源满足的情况下）。这使您可以在本地环境中独立完成复杂的数据分析任务，进一步提升了数据处理的灵活性和自主性。
  • 聚类图的默认配色调整，以更好地适配浅色 UI 模式，提升视觉体验。
  • 可视化画布截图功能升级，新增透明背景和自定义颜色背景下载功能。
  • 多窗口联动展示：相同binsize时，可基于 Group 模式中选择的标签/类群。或基于 Feature 模式中选择的单基因/多基因，对 bins/cells 进行联动。
  • 多片分析： 支持导入 SAW aggr 结果文件 (.stereo) 展示结果。新增Across multiple sample表单填写和导出用于差异分析的CSV，可在 SAW reanalyze diffExp 中分析选定区域内不同切片间的表达差异。
• Image Processing图像处理：
  • Step 2: 支持显示完整芯片矩阵。可调整矩阵Bin size。
• Tools：
  • 发布新工具：图像对齐-Manual Alignment！您可以通过标记点来对齐多幅图像。

StereoMap 4.2.3 (6月, 2026)

StereoMap 4.2.3 更新重点：

• 可视化
  • 修复了 Cell Bin 模式下无法导出差异表达 GeoJSON 文件的问题。
  • 提升了对未来版本 Cell Bin GEF 格式的兼容性，同时完整支持现有 GEF 文件。

StereoMap 4.2.2 (12月, 2025)

StereoMap 4.2.2 更新重点：

• 图像处理：
  • 修复在第1步使用.stereo文件作为输入时，第2步图像配准中矩阵显示的问题。
  • 修复读取外置硬盘的大文件时，第1步图像金字塔生成失败的问题。
• 系统：修复MacOS版本读取剩余存储空间的问题。

StereoMap 4.2.1 (11月, 2025)

StereoMap 4.2.1 更新重点：

• 修复图像处理模块，当处理SN尾号为AA~PE的图像时，无法使用打点配准 Feature Point Registration 功能的缺陷。

StereoMap 4.2.0 (9月, 2025)

StereoMap 4.2.0 更新重点：

• 可视化：
  • 当点数过多时（bin1，或 >2×2 cm 芯片的 bin5），软件将自动减少显示的 spots 以加快渲染。用户可在 主分析图层 > 展示选项 > Level of Detail 中手动调整减少比例或关闭。
• 图像处理：
  • Step1：上传TIF格式拼接大图，无需填写显微镜参数。
  • Step2：形态学配准时，新增矩阵透明度调节功能。
  • Step4：细胞分割新增自动模型分割选项。
  • 新增虚线框以表示 Step 2、3 和 4 中的有效矩阵区域。注意：虚线框外的区域将不会被记录。
• 小工具：
  • 图像QC上传TIF格式拼接大图，无需填写显微镜参数。
  • 图像QC DAPI + mIF QC场景下，“校准评估”不再决定QC结果。
  • 图像QC 不再适配多通道荧光图像。

StereoMap 4.1.2 (3月, 2025)

StereoMap 4.1.0-4.1.2 更新重点：

• 您现在可以在细胞级分辨率下直观地探索单个或选定特征的分布。
• 对于由SAW 8.1.0或更高版本输出的Stereo-CITE数据集，您可以在联动窗口中轻松可视化蛋白质及其对应的标记基因。
• 从可视化Visual Explore或图像处理Image Processing导出文件时，系统会提示您选择保存位置和文件名。
• 新的图像配准方法！通过标记特定特征点，将图像与空间特征表达矩阵对齐。这个方式无需导入矩阵，但请确保您的图像通过质量控制（QC），并且四个芯片边缘或角落可见。
• Image QC中的图像清晰度评估已取消。
• 为避免悬浮信息的遮挡影响 lasso 的操作，可视化Visual Explore模块在套索过程中，软件会默认关闭悬浮信息。
• 优化可视化展示 bin1 热图的加载速度，优化后可以更加丝滑的可视化您的数据。
• 图像处理Image Processing第二步手动配准模块使用的矩阵热图的 bin 大小从 bin20 修改为 bin10。
• 图像处理Image Processing第五步导出手动结果时，新增配准后 TIF 图的输出路径说明。
• 新的适配！MacOS 第一个版本发布啦。 (12月, 2024)
• 修复部分数据在图像处理第二步无法读入配准矩阵的问题。

停止维护的版本

以下软件版本已进入停止维护（End of Support）状态。我们将不再提供技术支持、漏洞修复、功能更新、文档更新或兼容性保障。尽管您当前的软件可能仍可继续使用，但我们强烈建议您升级至最新版本。新版本已全面兼容所有 Stereo-seq 试剂盒，并针对当前需求进行了优化设计。

StereoMap 4.0.1 (7月, 2024)

StereoMap 4.0.0-4.0.1 更新重点：

• 全新的图像处理用户界面！图像QC、手动处理和可视化探索整合在一个桌面应用StereoMap中。
• 支持通过选择一个.stereo文件来可视化数据集的所有结果。
• 可视化Visual Explore中手动标记感兴趣区域后，可对标记区域增加标签，并对标签进行分组。
• 可视化Visual Explore可将将差异表达分析参数导出，导出后的参数可接入SAW，并分析输出结果再次进行可视化。
• 图像处理功能（包括图像配准、组织分割和细胞分割）已集成到StereoMap中（Image Processing），您可以按照推荐的步骤完成手动图像操作。

StereoMap 3.1.3 (7月, 2024)

StereoMap 3.1.1-3.1.3 更新重点：

• 支持可视化展示Stereo-CITE数据集。您可以可视化binN和细胞分辨率的空间蛋白热图，以及空间或UMAP投影的聚类结果。
• 您可以打开一个联动窗口并排显示基因和蛋白表达图。画布通过对应的“点”关联。例如，当您在一个窗口中选择一个类群时，另一个窗口中共享相同的坐标的点也会被高亮显示，并保留其原始颜色。此外，您也可以使用套索工具来实现关联查看。
• 现在可以通过MID过滤所选基因或蛋白的表达数据。调整后的MID范围可以导出为JSON文件，再接入到SAW中，最后可以导出过滤后的基因或蛋白的GEM矩阵文件。
• 新增测距小工具。
• 修复配准模板无法展示的问题。
• 修复输出lasso JSON文件异常的问题。

StereoMap 3.0.2 (11月, 2023)

StereoMap 3.0.0-3.0.2 更新重点：

• 支持可视化展示Stereo-seq FF + H&E数据。
• 您可以查看细胞的表达热图了!
• 您可以传入不同bin的H5AD文件。当您选择特定bin时，Main Analysis Layer下的Cluster选项会被点亮，您可以选择并查看bin对应的聚类结果。

StereoMap 2.1.1 (7月, 2023)

StereoMap 2.1.0-2.1.1 更新重点：

• 支持传入未配准的fov_stitched.rpi用于手动配准。SAW将会用手动配准得到的参数用于图像处理和重新提取基因表达矩阵。
• 支持传入多个square bin的矩阵，特别是尾缀为 .label.gef 的矩阵。这些矩阵将会被列在Main Analysis Layer中，支持独立可视化展示每一个矩阵。
• 修复图像配准异常的问题。

StereoMap 2.0.3 (2月, 2023)

StereoMap 2.0.0-2.0.3 更新重点：

• 支持可视化查看Stereo-seq FF + mIF数据。您可以可视化看到 DAPI (蓝色)和至多6张免疫荧光染色图像，所有图像均和基因表达矩阵配准。这些图片会被列在Image Layer面板中。每张IF图像都是一张单通道灰度图，您可以在可视化时修改他们的颜色。您可以同时展示所有的IF图像，一同查看他们的相对位置。
• 您可以将手动调整的状态存储到JSON文件中，然后重新加载配置以恢复之前的设置。
• 支持在cellbin图层使用lasso工具。

StereoMap 1.0.0 (2月, 2023)

StereoMap 1.0.0 更新重点：

• Stereo-seq桌面端交互式可视化软件的首个版本。