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获取示例数据
本软件提供可供宾客访问的示例数据，通过登陆官网页面:https://www.stomics.tech/ -> 支持 -> Demo数据 -> Stereomap 访问。
数据管理
本系统提供可供用户访问的数据管理。通过STOmics Cloud系统：https://www.stomics.tech/sap/ ->项目管理 任意点击一个芯片号即可访问该芯片号相关任务列表。在任务列表中选择“任务状态”为“完成”的任务号即可访问数据。
可视化主页面
页面布局和功能：
- 系统参数区：从左至右依次分别为：分辨率、图像中心位置坐标、当前鼠标位置在图像坐标。
- 菜单栏区：Gen列表、图层名称列表、binsize列表、手动工具、聚类列表。
- 工具区：缩放进度条、图像操作（存储，读取，导出）。
- 主图区（主画布操作区）：可视化基因表达空间分布以及对画布的操作。
- 图例区：展示基因/蛋白图例、聚类图例。
系统参数
Resolution：图像分辨率。
Center：图像中心坐标点。
Mouse position：鼠标在图像上的位置。
菜单栏区
菜单栏从左至右依次介绍。
- Gene/Protein：点击按钮即可展开Gene/Protein面板，二次点击为收起Gene/Protein面板。
- 图层选择：点击按钮即可展开图层下拉列表，二次点击为收起图层列表。图层选择列表展示所有可能的图像包含：Image图层（ssDNA/DAPI，CcellMask，TtissueMask）、IF蛋白图层、主分析图层（基因热图/蛋白表达图层，cell聚类图层）、UMAP图像，以及对系统组件进行控制。
- binsize：展示当前芯片号的所有binsize，包括bin1、bin10、bin20、bin50、bin100、bin200、bin500以及cellbin（若该芯片号有cellbin数据则包含，否则侧不包含）。
- 设置按钮：包含图层附件工具的设置。
- 撤回按钮：点击按钮可撤回到上一步操作，最多支持10步。
- 重置刷新按钮：点击按钮可重置所有操作，恢复到初始状态。
- 游标按钮：点击即可退出手动工具模式。
- 手动配准按钮：点击即可进入手动配准模式，再次点击退出手动配准模式。
*手动配准工具教程详见手动配准。
- 套索按钮：点击即可进入套索模式，再次点击退出套索模式。
*套索工具教程详见章节套索。
- 过滤按钮：开发中。
- 标注按钮：开发中。
- 配准模板按钮：点击即可打开配准模板。
*配准模板工具教程详见配准模板。
- 聚类列表：展示聚类分析结果的列表。
Gene/Protein 列表
展示当前数据的基因/蛋白表达量列表。
表头：“Gene”为基因名称、“MIDCount”为该基因的MID数、“E10”为基因的空间富集程度（E10）打分。
排序：单击表头右侧小箭头对表格进行升序或降序排列，默认按MID数降序进行排列。
筛选：在“Please enter GeneID…”(Please enter ProteinID…)处输入基因/蛋白名称，可以在表格中对基因进行搜索（不区分大小写，支持模糊、多名称搜索：使用英文逗号隔开）。
选择基因/蛋白：勾选复选框（基因名称前方的方框），会出现“Selected”分组，可选择使用Heatmap/multi-colored两种形式展示所选基因的表达丰度分布。教程详见章节2.4.3.1。
分页：点击上一页、下一页按钮进行翻页，在页码位置中输入数字按下回车即可跳转该页。
重置：点击”RESET”按钮重置到初始状态，恢复默认排序，清空已勾选项。
关闭：再次点击Gene/Protein 即可收起左侧Gene/Protein Table控制面板。
基因/蛋白merge图调色板
基因/蛋白merge图调色板包含以下五个参数：Opacity、Normalized、Brightness、Contrast、拾色器。如图2.4.2.2.1 - 2为基因/蛋白merge图调色板。教程详见章节2.4.3.1。
Opacity滑块：滑动滑块调整热图区域中的散点透明度。
Normalization滑块区：对底图图像数据进行归一化，左右滑动或输入数值可调整其最大最小值。归一化公式：
Brightness滑块：滑动滑块或输入数值调节基因/蛋白图层的亮度。
Contrast滑块：滑动滑块或输入数值调节基因/蛋白图层的对比度。
拾色器：展示该基因/蛋白图层颜色。拖动拾色器上的小圆圈或拖动彩虹带即可修改颜色，支持手动输入颜色代码。
*点击常用颜色中的颜色也可更改颜色。
图层选择
点击按钮即可展开图层下拉列表，二次点击为收起图层列表。图层选择列表展示所有可能的图像包含：Image图层（ssDNA/DAPI，IF，CellMask，TissueMask等）、主分析图层（基因热图/蛋白表达图层，cellbin聚类图层，UMAP图像）,以及对系统组件进行控制。
1.点击图层名称或点击图层名称的展开箭头即可打开图层控制面板。
2.不同类型的图层控制面板中展示的内容有所不同。
3.图层名称前的勾选框：通过勾选/反勾选来展示/隐藏图像。
不同binsize下的主分析图层可能有所不同，如：
当读取的文件中包含.cellbin.gef格式文件，则分辨率为cellbin时，会展示Cluster图层；
当读取的文件中包含.spatial.cluster.h5ad格式文件，则分辨率为bin200时，会展示Cluster和Cluster + UMAP图层。
Image底图控制面板
点击图层名称即可调节颜色、透明度、归一化、亮度、对比度等参数，使用方法可参考2.4.2.2.1 -2 基因/蛋白多颜色图调色板。
基因热图的控制面板
配色方案：提供四种热图配色，可自行选择。
散点大小（Spot Size）：滑动滑块或者输入数字调整热图区域中的散点大小。
透明度（Opacity）：滑动滑块或者输入数字调整热图区域中的散点透明度。
色阶尺（Color Bar）:可控制开关、自动计算色阶尺范围或手动设置范围值。
展示形式（Display Schemes）：仅在勾选基因/蛋白后显示此选项，用于选择单/多个基因/蛋白的展示形式。Heatmap即以热图形式展示；Multi-colored即以多颜色图形式展示，可在基因/蛋白面板中修改Selected分组内的各基因颜色。
聚类图层控制面板
Opactiy：滑动滑块调整底图的透明度。
Form of Cells：包含Filled, Outlined, Both三个选项，可选展示方式为仅填充、仅轮廓或填充&轮廓。
Outlined Color：调节轮廓颜色，包含白、黑、绿及聚类颜色四种选项。
binsize选择
在基因/蛋白表达热图及聚类图层下，提供当前数据的不同分辨率的展示，包括bin1、bin10、bin20、bin50、bin100、bin200、bin500以及cellbin（若该芯片有cellbin数据则包含，否则不包含）。按住ctrl并滚动鼠标也可切换不同binsize。
*如果设置的 binsize 过小（如bin1），数据量过大可能会导致加载页面速度变慢，需要耐心等待，建议放大到局部后再切换较小的binsize。
手动工具菜单
设置
点击可打开设置面板，包含以下组件的开关及调整：比例尺、信息悬浮窗、图例、统计、缩略图、画布旋转。
撤回
点击图标可返回上一步操作，或使用快捷键Ctrl+Z。
重置
点击图标可清除当前所有操作，返回至任务打开时的初始状态。
游标
点击图标可退出手动工具模式。
手动配准
点击图标即可进入手动配准模式，再次点击可退出手动配准模式。
*手动配准教程详见手动配准。
套索
点击图标即可进入套索模式，再次点击退出套索模式。
*套索工具教程详见套索。
配准模板
点击图标即可打开表达矩阵的配准模板，可在此基础上对图像进行配准。
*配准模板教程详见配准模板。
聚类列表
Clustering 页面展示聚类分析结果的列表。点击即可显示聚类列表，再次点击则关闭。
复选框：点击复选框，主图区展示选中的聚类数据。
名称：鼠标键入后可修改选中的聚类名称。
颜色：点击右侧打开调色板，拖动拾色器上的小圆圈/彩虹带即可修改选中的聚类颜色。
工具区
- 缩放进度条：控制主界面图像大小，拖动滑动条、滑动鼠标滚轮、或点击放大/缩小按钮均可对图像进行缩小或放大操作。如下图。
- 保存状态按钮：
保存当前图像的状态，便于后续可直接查看此次状态。
操作：点击按钮，打开保存状态弹窗，在弹窗中输入保存状态的名称，点击submit按钮提交即可保存。
*状态保存最多保存10条，超过10条后，每次保存都覆盖最早的文件。
- 加载状态按钮：加载某次保存的状态，支持导入状态文件或套索文件。
操作：
加载状态文件时，点击“Load a Status File”，选择要加载的状态文件，点击确认即可打开选择的状态。
加载套索文件时，点击“Load a Lasso File”，选择要加载的套索文件，点击确认即可打开，继续进行套索区域的修改。
- 图像导出按钮：将当前画布上展示的图像保存至本地，可输入自定义文件名。
*Screenshot image：当前屏幕图像的截图。
*HD image：当前屏幕图像的高清图。若开启了legend图例，则图例会作为单独一张图片保存下来。
主图区
主画布区展示组织区域分布和表达量。
放大/缩小画布：滚轮向上/下滚动即可放大/缩小画布。
移动画布：使用鼠标拖拽（单机鼠标左键不放并移动鼠标）即可移动画布。
信息悬浮框：鼠标悬停在画布上会显示该点的坐标位置（x, y）和该点捕获到的基因种类数及对应的 MID 总数。可通过“设置”中的“Statistics”开关来控制悬浮框的显示与隐藏。
- 比例尺：画布左下方展示组织真实的比例尺。通过“设置”中的“Scale Bar”开关来控制比例尺的显示与隐藏。
- 色阶尺：画布右下方展示组织MID数与其对应的色阶尺。通过Gene Heatmap控制面板中的“Color Bar”开关来控制色阶尺的显示与隐藏、范围值设置。
- 切换binsize：使用键盘ctrl+滚轮向上/下可切换到前一个/后一个binsize。
例如binsize下拉菜单的顺序为：bin1，bin10，bin20，bin50，bin100，bin200，bin500，cellbin。当前binsize为bin100，操作ctr* + 滚轮向前（上）切换至bin50，操作ctr* + 滚轮向后（下）切换至bin200。
图例区
图例区包含两部分：上方为图例（基因/蛋白图例、聚类图例），下方为聚类参数。
基因/蛋白图例：在gene基因/蛋白列表中勾选复选框蛋白后，蛋白图例自动显示（通过图层选择中的"Legend"开关来控制图例的展示与隐藏）。
聚类图例：选择cellbin时，自动展示所有聚类，可通过聚类图例修改某个聚类label名称，也可通过聚类列表修改某个聚类label名称。（通过图层选择中的"Legend"开关来控制图例的展示与隐藏）。
聚类参数：当前聚类所用参数（通过图层选择中的"Clustering Parameter"开关来控制图例的展示与隐藏）。
操作演示（具体实现）
转录组数据可视化
勾选热图图层：在图层列表中选择Gene Heatmap图层。
展开基因列表：点击基因列表展开。
查看单/多基因Heatmap：在基因列表中点击基因名称前的复选框，即展示所选基因的热图，如下图。可通过右上角“…”按钮切换Heatmap和Multi-colored两种展示方式。
单/多基因勾选 Heatmap图层控制面板：当前图层以Heatmap形式展示时，可点击图层名称，打开控制面板，可调节热图颜色、散点大小、透明度以及色阶尺等。
打开图层控制面板 切换binsize：展开binsize选择下拉菜单，选择bin即可。
*如果设置的 binsize 过小，可能会导致加载页面速度变慢，需要耐心等待，或放大到局部后在切换较小的binsize。
- 基因列表操作：
排序：单击表头右侧小箭头对表格进行升序或降序排列，默认按MID数降序进行排列。
搜索：在“Please enter GeneID…”(Please enter ProteinID…)处输入基因/蛋白名称，可以在表格中对基因进行搜索（不区分大小写，支持模糊、多名称搜索：使用英文逗号隔开）。
翻页：点击上一页、下一页按钮进行翻页，在页码位置中输入数字按下回车即可跳转该页。
Color Bar自定义
在图层面板中，点击相应的Gene Heatmap图层名称打开控制面板，即可设置“Color Bar”，如下图。
- 色阶尺设置模式：
Default：自动计算模式。由软件自动计算得出的图像颜色。选择该模式则不能操作下方手动输入框。如图所示。
Customized：手动设置模式。点击后可在下方输入框中最小值和最大值。如图。
*手动设置模式下：
1.只能输入正整数。
2.最小值不大于最大值。
3.最大值的上线为50000000。
4.最大最小值数值不能相等。
5.该模式直至选择自动计算后结束。
cellbin数据可视化
打开cellbin：点击菜单栏中的binsize选择下拉菜单选择cellbin；
打开cellbin图层控制面板：点击图层下拉菜单中的“Cel* Cluster”；
勾选聚类列表中相应的标签/label前的复选框；
退出cellbin：在binsize选择下拉菜单中选择普通bin即可。
手动配准操作
点击手动配准工具按钮开启手动配准模式。
在"Registration layer"中选择需要配准的图像。
平移：在“Step size”中输入要位移的单位数量。本例中以500个单位平移，点击上/下/左/右方向按钮，每点击一次，图像向该方向平移500个单位。
特征点：X轴和Y轴的相交点为特征点，旋转及尺度缩放均以特征点为原点进行变换，特征点坐标保持不变。鼠标左键双击可改变特征点位置。
翻转：点击翻转按钮，图像绕Y轴镜像翻转。
- 90°旋转：点击此按钮，绕特征点逆时针旋转90度。
高精度配准：点击即可开启高精度配准，提交任务时由系统自动进行配准。再次点击取消高精度配准。
建议在拼接质量较高时使用此功能，否则请关闭此功能，手动配准至可接受的精度。
归一化（Normalized）：对配准的图像数据进行归一化，左右滑动或输入数值可调整其最大最小值。
旋转（Rotate）：围绕特征点对图像进行小角度旋转，可手动输入数字、点击上下箭头或拖动滑块调整角度，最小支持0.01°的调节。
X/Y轴尺度（Scale-X/Y）：以特征点为中心，在X/Y轴方向对图像进行尺度放缩变换。可手动输入数字、点击上下箭头进行调节，最小调节尺度为图像在该方向长度的0.01%。
重置：点击“Reset”重置按钮，图像将重置到初始状态，即平移0个单位，翻转0次，旋转0°。
提交配准流程：点击“Submit”按钮提交配准流程。
退出手动配准：再次点击手动配准工具按钮即可退出，也可通过点击游标退出。
套索操作
进入套索模式：点击菜单栏中套索按钮进入套索模式，再次点击则退出。
新增套索区域：按住键盘ctr* + 鼠标左键并移动鼠标开始圈套。
删除套索区域：按住键盘alt + 鼠标左键并移动鼠标开始圈套。
*新增或删除区域都可进行多次操作。
完成一次圈套：点击Enter即可结束一次圈套，弹出套索统计窗口，分辨率为square bin（即bin1~bin500）时，统计窗口如图；分辨率为cellbin时，统计窗口如图。
Square bin套索统计面板 
Cellbin套索统计面板 输入套索名称：在“New label”中填写套索区域名称，用户可根据套索区域的性质自定义名称。
修改圈套区域：点击Continue即可在已有的区域上继续修改，修改完成后再次点击Enter弹出窗口。
选择导出binsize：点击“Select bin size”下拉菜单，选择要导出的binsize即可，可支持多选。
删除所有套索图形：在弹出窗口中点击 “x”，关闭弹窗并删除所有套索图形。
提交套索任务：弹窗中点击“Submit”按钮即可提交任务，同时会保存该套索区域的记录，可通过“加载状态”工具打开，参见2.4.2.3节。
退出套索工具：再次点击套索按钮即可退出。（也可通过点击游标退出）
配准模板操作
打开配准模板：点击配准模板按钮打开配准模板（由多个黄色十字线组成）。
放大图像：在主图区域滑动鼠标滚轮即可放大图像。将图像放大至黄色十字线清晰可见即可。
调整图像对比度（以ssDNA为例）：展开图层下拉菜单，点击ssDNA名称打开图层控制面板，调节Normalized使得ssDNA图像中可以看到清晰的track线即可，此时可以观察track线与配准模板的拟合效果。
退出配准模板模式：再次点击配准模板按钮即可退出。（也可通过点击游标退出）
IF图层操作
打开IF图层：在图层面板中勾选IF蛋白图像即可（Image对应原始图像，TissueMask对应该蛋白的组织分割区域，CellMask对应该蛋白的细胞分割区域）。蛋白名称会对应展示在图例中。如图42 。
调整蛋白颜色：不同的IF图层可以应用不同的颜色。点击图层名称打开图层控制面板，样式同图7 基因/蛋白多颜色图调色板。
关闭IF图层：取消勾选图层名称即可退出。
