镜像管理

用户在进行数据分析时，通常需要安装各种类型的工具镜像，为方便用户能够在平台上使用各种类型的生信工具，STOmics Cloud提供自定义镜像的功能，通过自定义镜像，用户可自由进行镜像安装。点击左侧导航栏镜像管理，进入到镜像管理页面。点击自定义镜像，新建镜像。

基于平台预设基础镜像构建

Step1：输入镜像名称，基础镜像选择“预设镜像”

Step2：选择基础镜像

Step3：填写镜像描述并添加镜像自定义标签

Step4：选择工具包安装方式

1. 输入工具包及版本直接安装

可直接输入工具包名称及版本号安装，安装后的软件将会打包在新镜像中，下次使用时无需重复安装。示例如下：

如需安装代码自动补全工具包，可填写工具包名称：code-autocomplete，并输入版本号：0.0.4，版本号不填写则安自动安装code-autocomplete的最新版本。点击Build，系统将创建新的镜像。

新镜像创建成功后，可通过新镜像启动容器，并在容器中确认软件包是否安装成功。

2. Bash指令安装

通过Bash指令输入框输入shell命令行代码，进行镜像安装。示例如下：

如需安装一个Samtools工具镜像，输入samtools的安装指令并配置环境变量，系统将按照指令执行安装。点击Build，系统将创建Samtools镜像。

通过外源导入镜像

注意

通过外源导入的镜像可用于项目>流程分析>工作流模块构建WDL，暂不支持用于项目>数据分析 (Stereonote) 模块。

1. 从dockerhub导入镜像

Step1：登录dockerhub（hub.docker.com），复制镜像地址。

Step2：登录STOmics Cloud，在镜像管理构建镜像时选择“外源导入>docker.io”方式。输入镜像地址直接构建。

2. 从cloud.sylabs.io导入镜像

Step1：登录cloud.sylabs.io，复制镜像的地址。

Step2：登录STOmics Cloud，在镜像管理构建镜像时选择“外源导入>cloud.sylabs.io”方式。输入镜像地址直接构建。

3. 通过本地上传镜像文件后直接构建(仅支持华大内部用户使用)

Sonatype Nexus Repository Manager是一个开源的仓库管理器，用于存储、管理和分发软件包和二进制文件。平台搭建的Sonatype Nexus Repository Manager支持上传本地镜像文件（当前仅支持sif和simg格式），上传完成后可获取文件URL，在STOmics Cloud镜像管理构建镜像时选择“外源导入>sif/simg file”方式构建时填写文件URL，即可直接构建镜像。具体步骤如下：

Step1：登录Sonatype Nexus Repository Manager

平台地址：mirrors1.sz.cngb.org

公共账号：stomicscloud

账号密码：ftutFG$K%!cuIl8j

Step2：上传本地sif/simg文件

传输完成提示如下，可在上传目录下查看上传文件：

Step3：复制文件地址

Step4：登录STOmics Cloud，在镜像管理构建镜像时选择“外源导入>sif/simg file”方式。输入“**http://mirrors1.sz.cngb.org/repository/stomicscloud/**”**+****镜像文件地址**直接构建。

查看镜像

镜像构建提交后，可在镜像管理页面，查看镜像构建状态，包括构建成功，构建失败，构建中等。

发布镜像至公共库

构建成功的镜像，可以点击发布到公共库按钮，进行镜像发布，方便其他人复用镜像。已发布的镜像，可在公共库查看。

添加公共镜像

用户可根据需要，将公共镜像库的镜像添加到项目中使用。

镜像使用

公共库添加的镜像和用户自定义创建成功的镜像，可在运行Notebook的时候选择使用。