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8项重磅研究汇到一块儿，Stereo-seq 给植物画了张"原位地图"

过去四年，8项重磅研究用Stereo-seq解码了植物从发育、抗旱、抗病到再生的全过程——我们挑6个方向，带你看看这些"细胞工位地图"到底长什么样。

推开肿瘤免疫微环境的“空间之门”：从克隆分布到治疗应答

这一篇，我们将聚焦肿瘤免疫微环境这一应用方向，看看空间维度正在如何改变我们对肿瘤免疫的理解——从TLS的成熟异质性，到克隆的空间浸润与功能耗竭，再到免疫治疗响应与耐药的空间生物标志物以及肿瘤–免疫界面的表型解析。

时空组学看眼病：视网膜缺血损伤为何"挑地方"？

2026年8月20日，汕头大学·香港中文大学联合汕头国际眼科中心、广东省人民医院（广东省医学科学院）、中山大学中山眼科中心等团队在iMeta发表该研究。研究进一步提示，TREM2与鞘脂从头合成关键酶SPTLC2的相互作用，可能参与视网膜缺血-再灌注后的免疫代谢重塑，为理解损伤机制和探索精准干预提供了新的候选方向。

Nature Genetics | Stereo-seq 补上人类肾上腺“空间拼图”，助力探究皮质更新候选路径

2026年9月8日，Nature Genetics在线发表了这项研究。研究团队整合单细胞转录组与多种空间转录组技术，构建了人类与小鼠肾上腺的单细胞及高分辨率空间转录组图谱。借助这些空间数据，研究人员能够观察不同细胞状态位于皮质的什么位置，以及与潜在更新路径相关的细胞分布在哪里。跨物种比较进一步揭示了人类与小鼠在类固醇生成细胞状态和皮质更新方式上的差异，并拓展了经典向心性更新模型。

Cell | Stereo-seq助力首次构建水稻全生命周期时空细胞图谱

2026 年 10 月 6 日，中国科研团队在国际学术期刊 Cell 在线发表水稻研究成果，首次构建覆盖水稻从种子萌发到开花结实全过程的三维时空细胞图谱，为在个体尺度上理解植物发育提供了重要基础。研究过程中，团队综合运用华大智造时空组学技术（Stereo-seq）与 DNBelab C 系列单细胞核 RNA 测序（snRNA-seq），并依托华大智造 T7 平台完成相关文库测序，最终实现这一突破。

跨越5亿年：单细胞与Stereo-seq绘制脊椎动物胃肠道细胞演化图谱

从无颌类七鳃鳗到人类，脊椎动物胃肠道在约5亿年间形成了复杂的消化、屏障与免疫功能。不同细胞类型如何出现、保留或分化？已有基因程序与新基因的产生分别发挥了什么作用？一张跨物种单细胞与时空转录组图谱给出了新的线索。华大生命科学研究院联合中国水产科学研究院黄海水产研究所、厦门大学、重庆医科大学等，在Cell Genomics在线发表研究成果。

Nature Methods 同期双发！从食蟹猴到小鼠，Stereo-seq 解锁大脑转录本异构体图谱

Nature Methods 2026 年 9 月刊（Vol. 23, Issue 9）以连续页码收录了两项基于华大智造时空组学 Stereo-seq 的研究：Fullscope-seq 聚焦食蟹猴大脑，在大视野切片上绘制全长转录本图谱；Spl-ISO-Seq2 聚焦小鼠大脑，把空间异构体差异进一步定位到具体细胞类型。两项工作技术路线不同，却共同把空间转录组从“基因表达地图”推向“转录本版本地图”。

Stereo-seq数据细胞注释指南

Stereo-seq空间转录组数据注释，推荐采用基于单细胞参考数据的解卷积注释策略：利用单细胞数据中已知的细胞类型表达谱，推断空转每个空间单元（bin /cellbin）的细胞类型组成，从而在空间维度上还原细胞类型分布。注释遵循由粗到细、逐级细化的原则——先完成稳健的细胞大类注释，再针对特定大类向下细分至细胞亚型。

乳腺癌旁的脂肪，到底是帮凶还是哨兵？浙大二院团队用时空组学揭秘

2026 年 7 月 28 日，浙江大学医学院附属第二医院黄建教授团队在 Journal for ImmunoTherapy of Cancer（IF 11.7）发表研究，首次揭示：瘤周脂肪并非被动储能，而是乳腺癌局部免疫监视的"活性生态位"——脂肪细胞通过分泌 LTB4，"编程"一群 NKG2A⁺ Vδ2 γδ T 细胞，使其成为强效的抗癌"细胞毒性哨兵"。

北大团队 Nature 子刊新作：图像+转录组「叠」在一起，细胞分割更准了

2026年7月，北京大学曾泽贤团队与合作者在Nature Computational Science上发表的DISSECT模型，为解决这一问题提供了新方案。DISSECT的核心思路是：不只用细胞形态图像，而是将图像与空间转录组数据整合起来，让基因表达信息也参与到细胞边界的判定中。这一设计让研究者能够从“看见基因在哪里表达”推进到“精准解析每个细胞的转录组和空间位置”。模型的工作流程分为三个主要步骤，每一步都对应一个具体的技术挑战。

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