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系统配置要求

SAW分析软件包在Linux系统上被解压和安装，计算环境需满足下列基本要求：

• 8-core Intel or AMD processor (>24 cores recommended)
• 128GB RAM (>256GB recommended)
• 1TB free disk space or higher
• 64-bit CentOS/RedHat 7.8 or Ubuntu 20.04

软件下载

SAW 8.2.2 (12月, 2025)

##with curl
curl -o saw-8.2.2.tar.gz "https://cdn-newfile.stomics.tech/saw-8.2.2.tar.gz"

##with wget
wget -O saw-8.2.2.tar.gz "https://cdn-newfile.stomics.tech/saw-8.2.2.tar.gz"

相关软件（StereoMap）兼容

• StereoMap >= v4.0 （历史版本的适配兼容信息）

SAW-8.2 软件亮点

• SAW makeRef
  • --params-config 支持简便输入第三方比对软件的原生参数 。
  • 构建STAR索引文件时自动调用 checkGTF 检查注释文件。
• SAW count/realign
  • 支持 Stereo-seq N FFPE V1.1 试剂盒数据分析，新增分析参数：
    • --kit-version="Stereo-seq N FFPE V1.1"
    • --sequencing-type=PE75_50+100
  • Read比对步骤支持多对/组FASTQ文件之间的并行计算，提高资源利用率和运行效率，设置方式详见并行计算说明。
  • 优化STAR比对步骤前的RNA reads过滤，针对某些特定的接头序列，来提升数据利用率，例如：“Confidently Mapped Reads”。
  • --skip-cellbin 可以跳过图像细胞分割，以及后续与其相关的分析步骤 。
  • --summary-display-bin-size 支持报告中各组学/模态的Summary页面下的展示bin size，可以从[20,50,100]中选择合适的维度。
  • --custom-bin-size 支持自定义分析流程使用的bin size维度，可从[20,50,100]中至多选择两个，主要用于初步下游分析和报告展示。
  • 新增 Initial Check 检查功能，启动分析之前对主要输入文件格式和软件进行检查，可通过 --no-initial-check 对其进行屏蔽。
  • --job-mode 支持SGE集群模式分析，以及自定义资源配置文件，实现更细致和深入的资源调度。
  • SAW realign 分析流程支持使用 --extra-image-enhance 设置额外的 CLAHE 图像增强次数，应用于后续的图像细胞分割（如果图像符合要求可以调用自动算法进行细胞分割）。
  • HTML报告升级
    • 报告界面的UI设计升级，主要包括配色方案、页面布局等；
    • 升级报告内容展示逻辑，从多模态/多组学角度划分导航栏，并且，更新字段表述和解释说明，增加样本信息描述和图像配准检查模块；
    • Microbe组学页面下，报告微的统计值调整为组织区域下的信息；
    • Summary页签下，数据展示可使用 --summary-display-bin-size 参数改变展示 bin size 维度；
    • Square Bin页签下，可使用 --custom-bin-size 参数改变下游分析结果的 bin size 维度；
    • Cell Bin页签下，统计表格中细胞面积单位由pixel变更为μm²；
    • Square Bin和Cell Bin页签下，针对大芯片报告（作图时点数过多）的聚类和UMAP结果进行降采样展示 。
• SAW reanalyze
  • 新增空间基因共表达分析功能；
• SAW convert
  • 新增 gef2rds、 gem2rds、h5ad2rds 格式转换，输出 RDS 格式文件用于Seurat下游分析 。
  • bin2tissue 可以根据组织分割图提取对应矩阵信息，也支持基于表达矩阵（无图）的组织分割。
• 优化分析流程日志和子程序模块的日志格式和内容。
• 优化错误码信息，提供更加详细/明确的报错提示。
• 新增输出整体分析流程的统计文件 <SN>_statistics.json。

版本说明 >

下载与安装

SAW 此版本为单体可执行程序的 .tar.gz 文件，可以直接在系统上解压，无需额外配置计算环境。由于它已经集成并预编译所有内置软件所需的依赖项，因此可以在大多数Linux环境直接运行。

下载 SAW 软件包并解压到合适的目录位置，文档示例假设 /saw/package 为运行目录。

$ cd /saw/package

[download the SAW package tar.gz from the Software download part]

$ tar -xzf saw-8.2.0.tar.gz

注意，参考基因组和 demo 数据集需要单独下载。

芯片mask下载

Stereo-seq 时空转录组学的芯片 mask 文件是启动 SAW count 分析的关键输入，可在芯片 mask 介绍部分获取更多信息，参考下载教程获取芯片 mask 文件。

参考基因组下载

STOmics 研发团队已预先构建了可直接使用的参考基因组索引文件。

STAR 索引文件

##with wget
#mouse
wget -c https://demo.stomicsdb.tech/STOmics_Reference_Released/Transcriptome/reference-data-mouse.tar.gz

#mouse with rRNA
wget -c https://demo.stomicsdb.tech/STOmics_Reference_Released/Transcriptome/reference-data-mouse-rRNA.tar.gz

#rat
wget -c https://demo.stomicsdb.tech/STOmics_Reference_Released/Transcriptome/reference-data-rat.tar.gz

#human
wget -c https://demo.stomicsdb.tech/STOmics_Reference_Released/Transcriptome/reference-data-human.tar.gz

#human with rRNA
wget -c https://demo.stomicsdb.tech/STOmics_Reference_Released/Transcriptome/reference-data-human-rRNA.tar.gz

##with curl
#mouse
curl -C - -O https://demo.stomicsdb.tech/STOmics_Reference_Released/Transcriptome/reference-data-mouse.tar.gz

#mouse with rRNA
curl -C - -O https://demo.stomicsdb.tech/STOmics_Reference_Released/Transcriptome/reference-data-mouse-rRNA.tar.gz

#rat
curl -C - -O https://demo.stomicsdb.tech/STOmics_Reference_Released/Transcriptome/reference-data-rat.tar.gz

#human
curl -C - -O https://demo.stomicsdb.tech/STOmics_Reference_Released/Transcriptome/reference-data-human.tar.gz

#human with rRNA
curl -C - -O https://demo.stomicsdb.tech/STOmics_Reference_Released/Transcriptome/reference-data-human-rRNA.tar.gz

下载索引文件并将其解压到合适的位置。这里假设将 /saw/reference 设置为操作目录。

$ cd /saw/reference

[download the mouse referencetar.gz from the reference download part]

$ tar -xzf reference-data-mouse.tar.gz

Bowtie2 索引文件

##with wget
#mouse for bowtie2
wget -c https://demo.stomicsdb.tech/STOmics_Reference_Released/Transcriptome/reference-data-mouse-rRNA-Bowtie2.tar.gz

#human for bowtie2
wget -c https://demo.stomicsdb.tech/STOmics_Reference_Released/Transcriptome/reference-data-human-rRNA-Bowtie2.tar.gz

##with curl
#mouse for bowtie2
curl -C - -O https://demo.stomicsdb.tech/STOmics_Reference_Released/Transcriptome/reference-data-mouse-rRNA-Bowtie2.tar.gz

#human for bowtie2
curl -C - -O https://demo.stomicsdb.tech/STOmics_Reference_Released/Transcriptome/reference-data-human-rRNA-Bowtie2.tar.gz

Kraken2 索引文件

##with wget
#kraken2 database
wget -c https://demo.stomicsdb.tech/STOmics_Reference_Released/Transcriptome/reference-data-pluspf-20220908-Kraken2.tar.gz

##with curl
#kraken2 database
curl -C - -O https://demo.stomicsdb.tech/STOmics_Reference_Released/Transcriptome/reference-data-pluspf-20220908-Kraken2.tar.gz

蛋白列表

*查询Cocktail了解更多信息。

##with wget
#mouse
wget -c https://demo.stomicsdb.tech/STOmics_Reference_Released/Protein_Panel/ProteinPanel_128_mouse_V2.list

#human
wget -c https://demo.stomicsdb.tech/STOmics_Reference_Released/Protein_Panel/ProteinPanel_163_human_V2.list

##with curl
#mouse
curl -C - -O https://demo.stomicsdb.tech/STOmics_Reference_Released/Protein_Panel/ProteinPanel_128_mouse_V2.list

#human
curl -C - -O https://demo.stomicsdb.tech/STOmics_Reference_Released/Protein_Panel/ProteinPanel_163_human_V2.list