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科研充电站 | 高能时空算法工具推荐,助您项目进展遥遥领先

2023.10.13 内容来源:华大时空

为助力科研工作者高效推进项目进程,加速科研产出,华大时空组学特推出《科研充电站》,栏目将不定期为大家介绍与时空组学相关的科研工具、科研方法及技巧,涵盖实验流程、数据分析、技术应用等。


本期《科研充电站》将为大家分享时空云平台STOmics Cloud的精品Notebook,轻松掌握高能数据分析工具。


01 CellBender_Denoising_Tutorial

CellBender是一个基于液滴检测中噪声生成现象学的深度生成模型,于2023年8月7日发表在Nature Mehods上。它可以准确地区分含细胞的液滴和无细胞的液滴,学习背景噪声分布并以端到端的方式提供无噪声量化,CellBender的运行接近理论上的最佳降噪极限。


应用链接:https://cloud.stomics.tech/#/public/tool/app-detail/notebook/186/--


使用方法:在公共镜像中拉取【CellBender】镜像到个人环境,将公共应用中发布的【CellBender_Denoising_Tutorial】添加至个人项目,按指导说明操作即可。


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02 StereoCell_Cell_Segmentation

StereoCell_Cell_Segmentation 是一个基于深度学习的细胞分割方法。该方法以Unet的衍生网络作为骨干网络,且使用直方图均衡和分水岭作为主要的图像处理方法。目前对于ssdna以及dapi的图片均有较好支持,和优秀的开源方法相比,在Stereo-seq影像数据上有更好的分割结果表现。


应用链接:https://cloud.stomics.tech/#/public/tool/app-detail/notebook/183/--


使用方法:在公共镜像中拉取【StereoCell_GitHub】镜像到个人环境,将公共应用中发布的【StereoCell_Cell_Segmentation】添加至个人项目,按指导说明操作即可。


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03 Tangram tutorial

Tangram是一个将单细胞数据集映射到空间组的方法,于2021年发表在Nature methods上。单细胞映射可以实现包括注释、解卷积、数据矫正等功能,并在Stereo-seq、ISH、smFISH、Visium、STARmap和MERFISH等数据上均有不错的效果。本教程使用marker gene做注释,可进一步提升注释效果。


应用链接:https://cloud.stomics.tech/#/public/tool/app-detail/notebook/199/--


使用方法:、在公共镜像中拉取【stlearn_tangram_gseapy】镜像到个人环境,将公共应用中发布的【Tangram tutorial】添加至个人项目,按指导说明操作即可。


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内容 | 研发

题图 | 彭卫

排版 | 小飞鱼

审核 | 晓玲

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