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Nat Methods | 11种空间组学技术的系统性比较

2024年7月4日广州实验室田鲁亦团队和西湖大学刘晓东团队联合墨尔本大学、哈佛大学等研究团队在Nature Methods发表了一篇题为“Systematic comparison of sequencing-based spatial transcriptomic methods”的研究成果。

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Nature Methods | 时空组学助力解码空间多组学领域的突破——SpatialGlue

2024年6月21日，新加坡科学技术研究局（A*STAR）和杜克-新加坡国立大学医学院研究员陈金妙课题组在Nature Methods发表了一篇研究论文，题为“Deciphering spatial domains from spatial multi-omics with SpatialGlue”。该研究基于华大生命科学研究院研发的Stereo-CITE-seq技术，对空间多组学数据进行了深入分析。

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Cell突破！中国科学家首次重构高分辨率人类数字3D原肠胚

2024年4月，中国科学家在国际期刊Cell（IF=64.5）发表题为3D reconstruction of a gastrulating human embryo的文章。中国科学院动物研究所于乐谦研究员、郭靖涛研究员、王晓琰博士、中国农业大学魏育蕾教授为本文通讯作者。中国科学院动物研究所王红梅研究员为资深作者。通过构建CS8完整胚胎中不同细胞类型与基因表达的三维空间分布点云图，突破性地通过数字3D重构了首个完整人类原肠胚模型，填补了原肠胚阶段人类胚胎各细胞谱系发育知识的空白。

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Nature Genetics | Stereo-seq助力解析小鼠胆汁淤积损伤与再生机制

近日，中国科学院分子细胞科学卓越创新中心惠利健研究组联合杭州华大生命科学研究院，利用华大自主研发的高分辨的时空组学技术Stereo-seq，以细胞水平的空间分辨率构建了小鼠胆汁淤积损伤与再生的时空转录组图谱，揭示了该过程中的损伤响应和微环境信号的时空动态变化特征。

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Nature Genetics | Stereo-seq助力构建小鼠肝脏稳态及再生模型的时空转录图谱

近日，杭州华大生命科学研究院联合吉林大学、中国科学院分子细胞科学卓越创新中心、广州医科大学第五附属医院、山西医科大学等机构，利用华大自主研发的高分辨的时空组学技术Stereo-seq，以及高通量单细胞转录组测序技术DNBelab C4，绘制了小鼠肝脏稳态-2/3切除-再生模型的时空转录图谱。该研究在全肝叶尺度解析了稳态与再生状态下肝实质细胞和非实质细胞的分子梯度，精确定义了基因网络如何通过细胞间通信动态调控以促进再生。

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JGG｜华大生命科学研究院吴靓/金鑫团队开发空间结构域鉴定工具DAIS

2024年4月8日，Journal of Genetics and Genomics在线发表华大生命科学研究院精准健康研究所吴靓研究员和金鑫研究员团队题为“DAIS: a method for identifying spatial domains based on density clustering of spatial omics data”的研究论文。该研究开发了一个名为DAIS的新方法(https://github.com/ttrrtttrrt/DAIS)，能够通过对空间转录组数据进行密度聚类，根据基因特征(gene signature)或者注释信息等先验知识快速而准确地识别目标结构域，为空间结构的鉴定提供了新思路。

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Stereo-seq助力绘制全球首个海洋生物空间单细胞图谱

2024年3月29日，中国海洋大学联合青岛华大研究院，利用华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq，结合单细胞转录组测序，以柄海鞘（Styela clava）的内柱器官为研究对象，绘制了高质量的空间分辨率单细胞图谱，首次全面解析了海洋动物咽部器官的细胞类型和潜在功能特征，为揭示脊椎动物咽部器官的潜在演化起源提供了重要信息。相关研究成果在线发表于Science Advances。

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Science | Stereo-seq助力揭示小鼠海马脑区的空间投射规律

近日，中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心与多家科研单位合作，采用华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq，绘制了小鼠海马（hippocampus，HIP）CA1区的空间转录组图谱，并解析了HIP神经元的空间联接规律。该研究重构了小鼠HIP的10,100个单神经元全脑投射轴突形态，并归纳总结出43种全脑投射细胞类型。研究团队将投射细胞类型与采用Stereo-seq获得的空间转录组数据进行联合分析，鉴定了与投射细胞类型空间相关的基因，为研究HIP神经元相关的功能和疾病提供了神经环路和分子基因的靶点。

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Cancers | Stereo-seq实现FFPE样本分析，助力绘制肿瘤空间多组学图谱

近日，德克萨斯大学安德森癌症中心（The University of Texas MD Anderson Cancer Center）研究团队通过整合华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq、空间质谱和免疫组化等检测方法，开发出了一种能够有机结合多种空间组学数据的分析流程。

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Plant Biotechnol J | Stereo-seq助力绘制长雄野生稻地下茎形成的时空转录组图谱

近日，云南大学胡凤益团队与华大生命科学研究院植物团队合作，采用华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq，构建了长雄野生稻（Oryza longistaminata）地下茎一次分支、二次分支以及分蘖的时空转录组图谱，共鉴定出17个细胞群。该图谱显示了不同细胞群之间明显的界限，与解剖学组织结构一致。同时，地下茎细胞群与分蘖细胞群聚合在一起，表明在组织结构上地下茎与分蘖细胞群存在一致性，进而推测出地下茎的形成是由基因的特异性表达引起的。结合长读长测序技术与MGI-Seq T7平台构建的HiC文库组装的长雄野生稻双单倍型基因组，该研究为长雄野生稻有利基因的发掘与利用提供了扎实的组学基础，并进一步揭示了长雄野生稻地下茎起始的时空转录组动态变化，为其生长发育的生物学机制解析提供了重要的理论支撑。

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