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产品方案

STOmics 产品方案能同时以“纳米级分辨率”和“厘米级全景视场”实现 “组织到数据 ”的转化,支持无偏地原位捕获全转录组。该方案集试剂盒、分析工具和仪器平台于一体,为用户提供了强大、稳健和易于使用的端到端时空转录组解决方案。
时空转录组
时空转录组FF
以单细胞级分辨率水平分析空间转录组信息,精细解析基因表达空间特征
捕获原理
Poly A 捕获
染色方案
ssDNA染色/H&E染色/mIF染色(适用于1cm*1cm)
检测信息
RNA
物种兼容性
不限物种
组织兼容性
新鲜冷冻样本
透化摸索
需要
捕获面积
1 cm*1 cm、 0.5 cm*0.5 cm
拓展应用
转录组兼容组织形态学、转录组兼容低通量蛋白检测、空间单细胞分析
时空转录组
时空转录组FFPE
利用随机探针原位捕获FFPE样本的RNA,实现全物种转录组空间表达图谱构建
捕获原理
随机探针捕获
染色方案
ssDNA染色/H&E染色
检测信息
RNA
物种兼容性
不限物种
组织兼容性
石蜡包埋样本
透化摸索
不需要
捕获面积
1 cm*1 cm、0.5 cm*0.5 cm(即将上市)
拓展应用
转录组兼容组织形态学、微生物共检测、非编码RNA共捕获空间单细胞分析
时空转录组
时空转录组大尺寸芯片
不影响转录组捕获效率的前提下,单次实验检测面积最大可达13 cm x 13 cm,开创了对整个组织切片进行全转录组研究的先河
捕获原理
Poly A 捕获
染色方案
ssDNA染色/H&E染色
检测信息
RNA
物种兼容性
不限物种
组织兼容性
新鲜冷冻样本/石蜡包埋样本
透化摸索
需要
捕获面积
1 cm*2 cm、2 cm* 2cm、2 cm*3 cm,定制尺寸,最大到13 cm*13 cm
拓展应用
支持定制化空间单细胞分析
时空大白转录组
时空蛋白转录组Stereo-CITE
在同一张组织切片实现转录组和100+重蛋白原位无偏共检测
捕获原理
Poly A 捕获
染色方案
DAPI染色
检测信息
RNA+蛋白
物种兼容性
人和小鼠
组织兼容性
新鲜冷冻样本
透化摸索
需要
捕获面积
1 cm * 1 cm
拓展应用
支持自偶联抗体实现个性化蛋白检测、转录组兼容高通量蛋白检测

分析工具

STOmics数据分析工具高效易用,是您进行科学研究与发现的加速器。
Stereo-seq Analysis Workflow (SAW)
Stereo-seq Analysis Workflow (SAW) 现已作为独立的 TAR 文件发布,它整合了多个Stereo-seq空间组基因表达分析工具,可将测序数据定位到组织切片上的空间位置,量化空间特征表达并直观地呈现其空间分布。SAW处理 Stereo-seq的原始测序数据时,可结合显微镜图像,生成空间特征表达矩阵,用于下游生信分析。
StereoMap
StereoMap 是一款无需编程的桌面端软件,支持 Stereo-seq数据交互式的可视化及图像数据的手动分析。上游分析中,Image QC 工具评估图像是否可以调用SAW自动的图像分析算法,使用 Image Processing手动配准或圈选组织/细胞。下游分析中,通过解析时空芯片测序数据中的空间条形码,还原每个生物分子在组织中的空间定位和表达水平,使用Visual Explore 实现亚细胞分辨率的可视化,深入了解潜在的生物学机制。

仪器平台

STOmics提供一站式解决方案:助力科研自由,探索无限可能
时空显微镜
时空显微镜Go Optical,专为时空组学技术Stereo-seq量身打造,轻松实现明场、荧光等各种专业观察与诊断分析,充分满足Stereo-seq技术各个实验流程中的显微成像需求。时空显微镜具有1200万像素高分辨率成像、100 mm × 70 mm 的超大扫描范围,可自动智能调焦扫描全片,仅需70 s即可完成 1 cm × 1 cm 芯片扫描,使用简单高效。
时空自动化样本处理系统
基于Stereo-seq技术的时空自动化样本处理系统GO Spatial是全自动化的一站式操作平台,可涵盖组织透化到cDNA释放的关键步骤。其最高通量可达24张芯片/天,极大地缩短手工操作时间,并减少人为操作导致的批次效应,逐步实现Stereo-seq技术的标准化。

应用成果

时空组学脑科学应用案例手册
本应用手册旨在介绍时空组学技术 Stereo-seq 在脑科学研究领域的应用进展和前景,为科研人员提供有价值的参考和启示。
时空组学疾病病理应用案例手册
本应用手册旨在介绍时空组学技术 Stereo-seq 在疾病研究领域的应用进展和前景,为科研人员提供有价值的参考和启示。
时空组学器官发育应用案例手册
本应用手册旨在介绍时空组学技术 Stereo-seq 在发育研究领域的应用进展和前景,为科研人员提供有价值的参考和启示。