可以剧烈涡旋混匀,注意一定要充分混匀。混匀过程中会有大量气泡产生,高速离心去除气泡即可。
OCT包埋剂优先推荐SAKURA Tissue-Tek® O.C.T. Compound(SAKURA,Cat. 4583),除此之外,我们测试过达优冷冻切片包埋剂(达优,Cat. 4081511)和Biosharp OCT冷冻切片包埋剂(Biosharp,Cat. BL557A)。其他未测试过的包埋剂不推荐使用于Stereo-seq时空实验。
不建议这样操作,不同组织类型的最佳透化时间可能不同,包埋在同一个包埋块中,无法采用同一最佳透化时间,从而可能影响实验结果。
如果您对包埋较为有经验,包埋后的组织不影响切片贴片,且RNA RIN值和H&E染色的组织形态均可满足时空实验要求,可以按照您的经验进行包埋。
可以,但不是目前推荐方案。相关风险及包埋操作请参考《时空实验FF样本准备操作指南》。
针对新鲜组织,我们使用的RNA提取试剂盒是Qiagen 74104 RNeasy Mini Kit (50),没有经过DNase I处理,详细信息可以参考试剂盒使用说明书。
尽量不进行PBS清洗,如果血液过多必须清洗,需要用无菌辅料块擦干(组织表面看不见任何的液体)后再包埋。正式包埋前,可以将组织放入OCT中,用药匙拨动组织,使其在OCT中轻柔滚动几次,尽可能用OCT吸干组织表面的液体。
残留的血液多则会影响包埋和切片,容易产生冰晶;血液少则不会影响包埋和切片,但可视化结果中会有血液相关基因的捕获。
是的,不建议更换品牌。
可以。载体版本芯片可以置于恒温培养箱中进行实验,但所有实验流程均需选择同一种设备进行温控反应,不建议交叉使用恒温培养箱和PCR仪。
TRITC与CY3激发波长、发射波长接近,因此两个通道可以互相替换使用。