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共129条搜索结果：

Q SAW每一步分析包含软件的参数有详细说明吗? 展开收起

请登录时空组学官网：https://www.stomics.tech/products/BioinfoTools/OfflineSoftware/SAWOperationManual下载查阅SAW详细说明书，GitHub链接：https://github.com/STOmics/SAW。

SAW >= 8.0：

使用预封装的pipeline进行分析，使用方式请查阅《SAW 用户手册》。

SAW < 8.0：

请登录时空组学官网：https://www.stomics.tech/products/BioinfoTools/OfflineSoftware/SAWOperationManual 下载查阅SAW详细说明书。
GitHub链接：https://github.com/STOmics/SAW。

Q 基因表达可视化结果异常，没有组织轮廓怎么办？展开收起

第一步：检查HTML报告中Valid CID Reads的比例是否正常，如低于30%请确认测序FASTQ文件和芯片SN对应；

第二步：检查Clean Reads下的比例：

（1）参考基因组格式异常：Multi-Mapped Reads比例高， Uniquely Mapped Reads比例很低且几乎全部注释失败，需要检查注释使用的GTF/GFF文件是否符合格式要求，是否可以通过检测程序；

（2）存在混样的可能性：需要自行排查实验部分；

Q 关于饱和曲线（Saturation）的三张曲线图都有什么意义？展开收起

HTML报告中的饱和度分析可评价测序数据的整体质量，为提高计算效率，在指定bin size维度下从成功注释reads中进行小样本随机抽样，故同一数据多次运行的结果可能略有区别，但曲线整体形态一致。

图1：随机抽样数量增加，bin200维度下的基因中位数逐渐增加。
图2：根据随机抽样样本的Unique Reads数据拟合而出的曲线。
图3：对抽样样本中的Unique Reads(CID、gene和MID都唯一的reads)进行统计，饱和度值=1-(Unique Reads)/(Total Annotated Reads)，随着抽样量增加，拟合曲线近平缓代表数据趋于饱和，是否加测需根据项目整体设计和样品情况而定，例如珍贵样品建议可加测。

注：三张图片的x轴相同，y轴分为基因中位数、Unique Reads和饱和度值

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Q StereoMap 只是单纯的可视化软件吗？展开收起

StereoMap 是一款零代码桌面软件，集 Stereo-seq 数据交互式可视化与图像处理于一体。内置 Image QC 工具可自动检测数据质量，Image Processing 模块支持手动配准、智能圈选等功能，精准修复异常图像，助力高效分析。详细信息见《StereoMap 用户手册》。

注：ImageStudio 已合入 StereoMap (≥4.0)。

Q 如何解析GEF格式文件？展开收起

此功能的使用需根据SAW版本进行区分。

SAW >= 8.0：

格式转换工具请使用SAW convert。详情请查阅《SAW 用户手册》>使用教程>数据格式转换。
格式详情请查阅《SAW 用户手册》>高级设置>Expression matrix format。

SAW < 8.0：

Option1：使用C++编译的 geftools：

1. https://github.com/BGIResearch/geftools

Option2：使用python包 gefpy：

1. https://pypi.org/project/gefpy/

2. https://gefpy.readthedocs.io/en/latest/index.html

3. pip install gefpy==0.6.1

Option3：如已安装SAW sif（如v5.1.3）：

1. https://hub.docker.com/repository/docker/stomics/saw

2. singularity exec SAW_v5.1.3.sif cellCut

3. 请使用singularity 3.8及以上版本

Bash
export HDF5_USE_FILE_LOCKING=FALSE
## gef2gem using geftools
geftools view -i <SN>.gef -o <SN>.gem -s <SN>
# -i input square bin GEF, e.g.SN.raw.gef or SN.gef
# -o output GEM
# -s SN

## gef2gem using gefpy
python
>>> from gefpy.bgef_reader_cy import BgefR
>>> bgef=BgefR(filepath='<SN>.gef',bin_size=200,n_thread=4)
>>> bgef.to_gem('<SN>.bin200.gem')

## gef2gem using SAW sif
## export SINGULARITY_BIND="/path/to/input/dir,/path/to/output/dir"
singularity exec SAW_v5.1.3.sif cellCut view -i <SN>.gef -o <SN>.gem -s <SN>

## cgef2cgem
geftools view -i <SN>.cellbin.gef -o <SN>.cellbin.gem -d <SN>.raw.gef -s <SN>
# -i input cellbin GEF
# -o output cellbin GEM
# -d input square bin GEF, e.g. SN.raw.gef or SN.gef
# -s SN

## gem2gef
geftools bgef -i <SN>.gem -o <SN>.gef -b 1,20,50 -O Transcriptomics
# -i input square bin GEM
# -o output square bin GEF
# -b bin sizes seqarate by comma, default: 1,10,20,50,100,200,500
# -O omics name

Q MID是什么？MID是表示每个分析单元检测到的转录本数目吗? 展开收起

MID（Molecular ID）即分子编码，实验过程中每个mRNA分子带有唯一的MID，用于区分来源于不同mRNA分子的PCR扩增子。MID（即UMI）代表每个基因在每个分析单元中检测到的转录本数目。

Q 时空转录组+多重免疫荧光的实验中，准备试剂时，血清、一抗和二抗都需要14000g 离心10 min，离心是原液离心还是稀释后的离心，离心的目的是什么？展开收起

主要目的是去除杂质，因为试剂中含有杂质，所以要离心。按照试剂盒使用说明书操作即可。

Q 时空转录组+多重免疫荧光的实验中，不用FcR对染色和后续的捕获会有影响吗？比如只有针对小鼠和人的FcR，没有猴的。展开收起

FcR主要封闭非特异性抗原结合的位点，如果不封闭，会与目标抗原非特异性结合而影响目标位点的判断。请登录BioLegend 官网查询是否有针对猴的，或者咨询一下抗体公司。

Q 时空转录组+多重免疫荧光的实验中，抗体滴定实验的目的是什么？展开收起

主要目的有：（1）确保选择的抗体适配于时空组学的mIF实验，可表达出正确的pattern；（2）根据滴定实验可以判断最佳的抗体浓度。

Q 时空转录组+多重免疫荧光技术中，摸索透化时间的实验，不添加一抗和二抗，是否会影响转录组实验的透化时间的确定？展开收起

经过测试一抗、二抗添加与否并不影响透化时间的判断，只需要模拟前面的试剂孵育流程即可。

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