主要目的有:(1)确保选择的抗体适配于时空组学的mIF实验,可表达出正确的pattern;(2)根据滴定实验可以判断最佳的抗体浓度。
经过测试一抗、二抗添加与否并不影响透化时间的判断,只需要模拟前面的试剂孵育流程即可。
请登录时空官网链接:https://stomics.tech/service/stereo-seq-chip-mask.html 查看Stereo-seq mask文件载指引。
相比较于其他技术平台,Stereo-seq 在检测组织大小及分辨率等方面具有突破性优势。
1、将认识生命空间表达的分辨率提高到 500 nm 的亚细胞层级;
2、可达到厘米级全景视场,并可根据组织大小进行定制化,目前最大可扩展至13 cm × 13 cm;
3、支持多组学研究,可实现转录组与蛋白组的同片共检测,从空间维度实现表型→机制的全面揭示;第四、适用于全物种。
Stereo-seq可以提供亚细胞级别的信息,但它本身并不能直接定位单个细胞的细胞器。要想定位单个细胞的细胞器,通常需要使用荧光显微镜或电子显微镜搭配特定的染色剂或标记物来可视化细胞器,例如,可以使用荧光染料标记线粒体、高尔基体或内质网。因此华大时空组学数据分析可以提供关于细胞内基因表达的高分辨率信息,但要想定位单个细胞的细胞器,通常需要结合显微镜技术来进行观察。
苏木精-伊红染色法简称H&E染色法。苏木精染液为碱性,主要使细胞核内的染色质与胞质内的核酸着紫蓝色;伊红为酸性染料,主要使细胞质和细胞外基质中的成分着粉红色。H&E染色法是组织学、胚胎学、病理学教学与科研中最基本、使用最广泛的技术方法。在时空组学技术中的主要用于组织质检、芯片T和芯片P结果分析,判断组织形态是否正常,荧光信号强弱区域是否与组织相应区域一致,RNA表达结果是否与组织结构相符等。
每张芯片(1 cm × 1 cm)含有 4 × 108个带空间坐标的数据点。
Stereo-seq 芯片上布满了数十亿规则阵列排布的单链线球状 DNA 纳米球(DNA NanoBall,DNB)。DNB 是以单链环状DNA 为模板、经过滚环扩增后得到的产物,这些DNB被撒到芯片上,由于Stereo-seq芯片特有的特点,DNB就会被吸附在Stereo-seq芯片上。
测序芯片的特殊设计,在时空实验中用来做RNA表达矩阵与影像图的配准。
主要区别为是否含有空间位置信息,两种芯片的制备工序不同,用途也不一样。芯片P不含有空间坐标信息,仅用于前期摸索最佳透化时间;芯片T含有空间坐标信息,用于构建组织切片全转录本 3'端文库。