时空组学FAQ_时空组学常见问答_时空组学资源_STOmics

Q ImageQC/ImageStudio、SAW、StereoMap的版本匹配关系展开收起

A

请参考《SAW 用户手册》>适配兼容的软件和试剂盒，或《StereoMap 用户手册》>适配兼容的软件和试剂盒，获取最新信息。

imageQC	ImageQC描述	SAW	SAW描述
<= 1.0.8	文件格式：.json + .tar.gz 描述：ssDNA图像QC	<= 4.1.0	支持组织分割和ssDNA图像配准
>= 1.1.0	文件格式：.ipr + .tar.gz 描述：ssDNA图像QC	>= 5.1.3	支持ssDNA图像细胞分割；支持Q4 FASTQ数据分析
ImageStudio	ImageStudio描述	SAW	SAW描述	StereoMap	StereoMap描述
1.0	文件格式：.ipr + .tar.gz 描述：ssDNA图像QC及手动处理	>= 5.5	支持ssDNA图像细胞分割；支持Q4 FASTQ数据分析；	1.0	支持空间表达热图展示；基因分布merge展示；ssDNA图展示及手动配准；
2.0	文件格式：.ipr + .tar.gz 描述：ssDNA、DAPI、mIF图像QC及手动处理	>= 6.0	支持mIF配准；支持rRNA过滤	2.0	mIF图展示；mIF图merge展示；
2.1	文件格式：.ipr + .tar.gz 描述：ssDNA、DAPI、mIF图像QC及手动处理；及QC失败图像的全手动处理；	>= 6.1 < 7.0	支持ImageStudio全手动处理图像接入流程；	2.1 < 3.0	支持多GEF一次性读入，通过切换标签展示
2.2	文件格式：.ipr + .tar.gz 描述：ssDNA、DAPI、mIF图像QC及手动处理；及QC失败图像的全手动处理；	>= 6.1 < 7.0	支持ImageStudio全手动处理图像接入流程；	2.1 < 3.0	支持多GEF一次性读入，通过切换标签展示
3.0	文件格式：.ipr + .tar.gz 描述：ssDNA、DAPI、H&E、mIF图像QC及手动处理；及QC失败图像的全手动处理；	7.0	count重构上线 register重构，升级组织分割和细胞分割V03算法。支持H&E全流程处理支持基于细胞分割的mask图像结果，使用EDM算法进行细胞修正。	3.0	支持读入不同binsize/resolution的h5ad；CGEF文件跑过SAW cellChunk模块后写入/codedCellBlock信息，加载CGEF时支持渲染cellbin热图
（已与StereoMap合并）	文件格式：.tar.gz（包含.ipr）描述：ssDNA、DAPI、H&E、mIF图像QC及手动处理；及QC失败图像的全手动处理；	8.0	使用pipeline进行分析支持FFPE样本分析（包含微生物部分）输出报告压缩包文件输出可视化压缩包文件	4.0	图像可视化：支持使用.stereo统领文件读取；兼容旧版本数据读取手动处理：使用step by step方式处理图像数据
（已与StereoMap合并）		8.1	支持Stereo-seq T FF V1.3和Stereo-CITE T FF 样本分析	4.1	图像可视化：支持展示 cellbin 的单/多基因热图；支持蛋白&Marker 基因的多组学联动展示。手动处理：增加空芯片打点配准（无需矩阵）；输出文件支持用户自定义目录。

Q 如何获得芯片T/N 的mask文件？展开收起

A

请登录时空官网链接：https://stomics.tech/service/stereo-seq-chip-mask.html 查看Stereo-seq mask文件载指引。

Q 尺寸为1 cm × 1cm芯片上的spot点有多少？展开收起

A

每张芯片（1 cm × 1 cm）含有 4 × 10⁸个带空间坐标的数据点。

Q DNA纳米球和探针如何结合到芯片上？展开收起

A

Stereo-seq 芯片上布满了数十亿规则阵列排布的单链线球状 DNA 纳米球(DNA NanoBall,DNB)。DNB 是以单链环状DNA 为模板、经过滚环扩增后得到的产物，这些DNB被撒到芯片上，由于Stereo-seq芯片特有的特点，DNB就会被吸附在Stereo-seq芯片上。

Q Track线是什么？展开收起

A

测序芯片的特殊设计，在时空实验中用来做RNA表达矩阵与影像图的配准。

Q 实验室怎么避免RNA酶的影响？展开收起

A

实验室洁净度达到RNA实验室的要求。实验前用酒精消毒实验桌、RNA酶去除剂喷洒器材及桌面，实验时使用含RI的试剂，实验操作时常用酒精消毒乳胶手套等都可以减少RNA酶影响。

Q 小鼠为mCherry荧光报告基因小鼠，将进行各组织的空间转录组测测序，能否在常规操作（H&E染色及测序）的基础上实现荧光扫片？展开收起

A

自带mCherry荧光的样本，需要确认下荧光通道的波长范围，建议与FITC、TRITC通道波长范围相距较远，不容易相互干扰。可以提前将组织贴在玻片上测试一下是否存在相互干扰。

Q 如何在实验操作过程中避免图像配准拼接不准的问题？展开收起

A

图像拼接准确的前提是拍照图片质量够高，拍照过程需要注意以下要点：

（1）正确摆放芯片，减小倾斜角；

（2）拍摄中尽量避免显微镜晃动，减少因震动产生的拼接问题；

（3）熟练掌握拍照操作方法，清晰拍摄组织Track线，清晰的FOV数量越多，图像质量越好，拼接效果越好。

Q 转录组实验为什么需要甘油封片？甘油若不能覆盖整张芯片，应如何操作？展开收起

A

甘油封片的成像效果更佳。若甘油未完全覆盖整张芯片可按以下操作：（1）可以适当从芯片和盖玻片缝隙、甘油未覆盖处加一些甘油（1-2 μL），可以达到完全覆盖的效果；（2）如果甘油在盖玻片一侧溢出，另一侧甘油没有完全覆盖芯片，可以考虑轻微挪动盖玻片，保证整张芯片覆盖完全甘油（存在剐蹭组织风险，对操作要求高）。

Q 时空转录组FF进行组织透化测试的作用和原理是什么？展开收起

A

组织透化是通过透化酶改变细胞膜的通透性，使组织细胞内的mRNA释放出来的过程。进行组织透化测试实验主要作用是为了获得对应组织的透化酶的最佳作用时间，为后续转录组实验提供合适的透化反应时间。