实测上新 | 承启生物实测数据揭秘时空转录组FFPE V1.1核心突破

2025.12.03 内容来源：华大时空

今年9月，升级版的华大时空转录组FFPE V1.1正式发布。该产品方案通过基因捕获效率提升、组织内外信号扩散优化、数据利用率提升及多样本混测兼容性四大核心创新，解决了长期困扰FFPE样本研究的RNA降解、空间信息失真等瓶颈问题，为肿瘤病理研究、感染性疾病机制研究及神经科学探索提供了更强大的工具支持。

华大时空组学生态合作伙承启生物，选取人肠组织FFPE样本作为测试对象，在相同实验条件下分别采用时空转录组FFPE V1.0与时空转录组FFPE V1.1进行检测，从四大核心指标展开对比。快来看看数据有哪些亮眼之处吧。

/承启生物实测数据/

01. 有效数据利用率大幅提高

新升级的时空转录组FFPE V1.1的Valid ClD Reads较旧版提升约20%，有效数据利用率大幅提高，数据获取更具性价比！

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02. 基因捕获效率大幅提升

Bin20以及Bin50中，FFPE V1.1的基因中位数和MID中位数大约是旧版V1.0的2倍。新版Cell Bin的Median Gene Type和Mean Gene Type更是旧版的3倍，轻松实现Cellbin分析。FFPE V1.1基因捕获效率大幅提升，助力精细解析基因表达空间特征。

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03. rRNA reads占比有效降低

相比V1.0版本，FFPE V1.1比对到rRNA的reads占比降低近40%，无效数据占比大幅降低，有效数据利用率提升。

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04. 基因定位更精细

针对测试样本的数据，在Bin50分辨率下对UMI计数进行空间映射分析显示，FFPE V1.1的总体UMI计数显著高于V1.0版本，表明其对转录本的捕获效率实现实质性提升。

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UMI Count空间映射展示（Bin50）

进一步聚焦肠道杯状细胞特异性Marker基因MUC2，在相同组织区域的Bin50水平空间映射结果中，V1.1不仅捕获到更多MUC2转录本，表现为局部UMI丰度显著高于旧版，且转录本的空间分布呈现更强的聚集性。这一结果既验证了V1.1在转录本捕获灵敏度上的优势，也体现其在空间定位精度上的优化，为后续细胞类型注释及空间异质性分析提供更可靠的数据支撑。

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