今年9月，华大时空转录组FFPE V1.1产品方案正式发布。这是继2024年6月首版方案发布后，华大时空在福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本领域取得的又一次重大突破。
时空转录组FFPE V1.1的实际数据表现如何？一起来看看华大时空生态合作伙伴极智生物的实测结果吧。
极智生物现已完成Stereo-seq FFPE V1.1产品实测，并已通过FFPE实验数据质量认证。凭借出色的全链条技术能力，极智生物在人性腺组织FFPE样本的Stereo-seq实测中交出优异答卷。
从实验端的精密建库与测序，到分析端的数据解码与洞察，每一个环节的精准把控，共同铸就了可靠的高质量数据成果，充分体现了公司扎实的平台实力。
01 拒绝无效测序，确保数据高利用率
得益于Stereo-seq FFPE的核心优势，本次测序实现了极高的数据有效率。在4.15G总数据量下，有效CID序列（Valid CID Reads）占比85.7%，Clean Reads占比90.4%。这表明大部分测序数据可直接用于后续的基因组比对，极大提升了数据利用效率与研究性价比。
SAW报告Gene Key Metrics部分展示
数据在不同分析尺度下均展现出高质量的基因捕获效果。具体而言，在bin20（10µm）尺度捕获基因中位数为630；在bin50（25µm）经典尺度基因中位数提升至2,794；在bin200（100µm）尺度基因中位数更达到11,672。这为深入的生物学洞察提供了多维、可靠的信息保障。
SAW报告Square Bin Analysis部分展示
03 聚类分群结果精准，为细胞互作与空间解析奠基
在25µm（bin50）这一经典尺度下，分析共界定出21个细胞类群。各类群间基因表达特征明晰可辨，且空间分布与组织解剖结构高度吻合。这一精准的聚类结果为深入解析细胞空间互作关系提供了可靠依据。
SAW报告Square Bin Analysis部分展示
04 CellBin分析，单细胞精度空间基因表达洞察
基于SAW分析软件中的CellBin细胞自动分割算法，极智生物成功从样本中精确识别出487,531个高质量单细胞，并在此基础上进行了深入的基因表达量化。这一结果不仅证明了数据在单细胞层面具有极高的捕获灵敏度和信号丰富度，同时也反映出基因表达的分布较为集中与稳定，为后续单细胞级别的精细生物学解析提供了可靠的数据基础。
SAW报告Cell Bin Statistics部分展示
本次Stereo-seq FFPE V1.1新品的系统测试，极智生物以扎实、可靠的数据成果完成了验证，在人性腺样本中，实现了从样本质控到生信解析的全流程闭环验证，关键指标表现突出。
这不仅是一份技术测试的“答卷”，更是极智生物实验操作标准化能力、生信分析深度解读能力与平台整体交付实力的一次集中展示。如果您计划开展FFPE样本的空间转录组研究，或希望对珍贵存档样本进行深度挖掘，可联系极智生物。
作为华大时空组学STOmics的生态合作伙伴，极智生物自2023年引入Stereo-seq时空转录组平台以来，样本质检数量达1000+，项目实践与探索领域广泛而深入，不仅覆盖农业科学的多个层面，经验包括哺乳动物（猪、兔等）、植物（禾本科、茄科、豆科、蔷薇科等），以及蛇类、蛙类、血吸虫等170+组织类型；还深入拓展至医学健康研究的前沿，在人和小鼠的心脏、肝脏、肾脏、胰腺癌、宫颈癌、卵巢癌、眼球等30+组织类型中，均取得了满意的实验结果。
通过时空转录组的研究方法，极智生物能够揭示不同物种在发育、疾病、环境响应等过程中的关键分子事件和细胞行为，为农业育种、精准医疗、生态保护等领域提供宝贵的科学依据和技术支持。心动不如行动！欢迎有Stereo-seq时空组学项目需求的老师与极智生物进行联系。
