相较于上一版本，华大时空转录组FFPE V1.1在保持编码&非编码RNA捕获，微生物捕获等性能的基础上，基因捕获效率提升50%-200%，高质量的数据产出更容易支持下游单细胞级别的高级分析。今年9月时空转录组FFPE V1.1正式发布后，联川生物便对其开展性能测试。
联川生物开展的人和小鼠样本的多项测试中，有效CID序列(Valid CID Reads)比例稳定，平均占比为75.3%，人淋巴样本可达79.4%，为后续分析提供了高利用率的有效数据基础。
以内测样本中的人淋巴组织FFPE样本为例，在1,947,842,843个Reads的测序深度下，Bin20（约10μm，近似单个细胞直径）平均MID为1,057，细胞内平均基因数达到了763，检测到的基因总数为46,847。
在小鼠小肠组织聚类分群中，细胞类群结果十分丰富，可达28个Cluster，分布符合组织特征，也能够说明转录本的捕获非常精确可信，小肠绒毛的精细结构一目了然，为各种应用场景下的科学研究提供了无限可能。
时空转录组FFPE V1.1小鼠肠道组织细胞类群划分
在内测样本中，由于受到样本类型的影响，Cellbin分割后的细胞数量波动较大。我们在人类淋巴样本中获得了179,439个细胞，Cellbin分辨率下b的基因中位数为666；在小鼠的肠道样本中获得了507,589个细胞，Cellbin分辨率下的基因中位数为262，极高的细胞检出实现了接近单细胞水平的空间表达谱，基因表达的空间特征更高清。
作为首批完成全流程验证并投入服务的生态合作伙伴，联川生物以上实测数据已通过华大时空FFPE实验数据质量认证。这不仅彰显了时空转录组FFPE V1.1产品方案的稳定性，也标志着联川生物在Stereo-seq FFPE样本检测全流程的技术实力、数据质量与生信分析能力，均已达到行业领先的权威标准。
联川生物实测数据已通过华大时空FFPE实验数据质量认证
/关于联川生物/
联川生物于2018年搭建时空多组学服务，构建了时空多组学全系列产品。公司搭配了7大时空转录组技术+主流空间代谢组+主流空间蛋白组平台，全面布局时空多组学平台，为客户提供全方位的时空组学服务，同时也是业内少数几家布局时空三大产品联合的公司。目前累计协助客户发文百余篇，平均影响因子10+。
强大的设备阵容：拥有多种时空多组学平台，业务通量高，测序周期短，为科研进程按下加速键。丰富的空间转录组实验经验：自主掌握超 30+类物种、近200多种组织的样本前处理过程，涵盖医学领域（消化系统、神经系统、生殖系统、呼吸系统、循环系统、泌尿系统、内分泌系统、免疫系统、心血管领域等）；畜牧业领域（猪、牛、羊、斑马鱼等）；植物学领域（拟南芥、红豆杉、水稻等），并基于以上样本处理经验推出业内首个《时空病理知识小报》，全面助力科研人员了解病理、认识时空。针对性输出常见组织的病理学特征指南，包括但不限于常见肿瘤组织的病理特征。
目前联川生物已完成超5000+例时空多组学样本制备与上机，实验成功率＞85%。同时，上线多款热门云工具分析和绘图功能，满足客户个性化需求，云工具持续更新，为科研探索提供更多可能。
*内容转载自公众号：联川生物
