作为全球领先的亚细胞级分辨率空间组学技术，Stereo-seq不仅在方法学上持续精进，更在基础科研、临床转化与工具开发等多维度产出一系列重磅突破。截至2025年12月31日，Stereo-seq已助力全球科研人员发表研究文章463篇（含数据引用文章和预印文章）。
从发文结构来看，Stereo-seq成果覆盖生长发育、脑科学、疾病研究、再生医学、植物科学、生命演化及生物信息工具等多个方向，展现出强大的技术普适性。
从影响因子上看，基于Stereo-seq产出的研究成果，影响因子大于20的占比达到20%，多项研究更是登上Cell、Nature、Science等期刊，充分彰显了Stereo-seq在高分辨率解析生命时空动态规律方面的重要作用。
在此，我们特别整理了2025年基于Stereo-seq开展的部分关键研究，以及支撑时空转录组数据分析的算法工具，期待这份“生命科学知识大礼包”，助力您的科研之路迸发更多新思路。
2025年，时空组学技术迎来重要更新，Stereo-seq V2方法学文章在Cell正式发表，实现了对FFPE样本的高分辨率全转录组检测，为临床研究提供了更强大的底层工具支撑。同时，时空转录组FFPE V1.1焕新发布，为海量的临床存档样本打开了高分辨率空间分析的大门，极大拓展了技术的应用边界。
Stereo-seq V2图形摘要（点击查看文章解读）
生信分析工具是挖掘时空数据宝藏的“钥匙”。2025年，时空组学领域多款关键算法工具发布。发表在 Cell Systems上的空间算法工具SpaTrack，可充分整合细胞的转录组和空间信息，构建细胞分化的动态轨迹。发表在Nature Communications上的时空组学分析工具Stereopy，可系统性地解决多样本空间转录组数据联合分析的难题。
发表在Briefings in Bioinformatics上的算法工具StereoMM，通过深度学习框架开创性地实现了转录组数据与病理特征的融合，可实现对空间域的精确识别，并在患者分类任务中展现出良好的判别性能。
这些工具的井喷式发展，为解析复杂时空数据提供了有力保障。值得一提的是，2022年在Cell发表的Stereo-seq方法学文章影响力持续扩大，被引用次数已超过1400次。
生命起源与发育解码：绘制从胚胎到器官的“时空图谱”
理解生命如何从单个细胞发展为复杂个体，是发育生物学长期关注的基本科学问题与研究目标。2025年，Stereo-seq助力科学家们以前所未有的清晰度描绘了这一过程。
/胚胎发育全景揭秘/
2025年6月，研究人员利用Stereo-seq成功构建全球首个单细胞精度的小鼠“3D数字胚胎”，并首次揭示了影响小鼠心脏、前肠等器官原基发育的关键信号。该研究成果为哺乳动物早期器官发育提供重要参考图谱，更为先天性心脏病等出生缺陷防治提供基础科学依据，相关成果在Cell发布。
研究团队构建的小鼠“3D数字胚胎”（点击查看文章解读）
/器官再生与修复探索/
在再生医学领域，2025年4月，研究人员通过Stereo-seq等技术，首次构建了斑马鱼心脏再生全过程的高分辨率时空动态图谱，详细刻画了心肌细胞从响应损伤到完成再生的全周期动态细胞生物学过程，为心脏再生医学研究提供了突破性理论框架与资源平台。
此外，2025年6月，研究人员基于Stereo-seq技术和高通量测序平台DNBSEQ-T10，首次发现Aldh1a2基因的表达不足导致的视黄酸合成不足是高等哺乳动物小鼠耳廓再生失败的核心机制。在激活该基因后，小鼠耳廓实现再生。这为深入理解进化过程中哺乳动物的再生能力丢失提供了新的见解，并为再生医学和人类受损器官的重建与再生提供了重要靶标，相关成果在Science发布。
（点击查看文章解读）
大脑的复杂性远超想象，而空间异质性是其核心特征。2025年，Stereo-seq在脑科学领域斩获关键进展，助力介观脑图谱大科学协作成果取得多项重要突破。
/聚焦意识“中枢”/
意识从何而来？诺贝尔奖得主Francis Crick曾指出，屏状核是意识产生的关键区域。2025年，研究人员基于Stereo-seq构建了全球首个非人灵长类屏状核多模态图谱，揭示了猕猴与啮齿类动物的屏状核结构、细胞类型和分布存在显著性差异，首次证实了屏状核不同功能区内富含特异的神经元，为理解人类意识产生的进化机制提供了新的研究思路，也为语言、精神类疾病的研究和治疗提供了潜在靶点。相关研究以封面文章形式在Cell发表。
/解码“记忆橡皮擦”/
阿尔茨海默病的早期诊断是全球医学界面临的重大挑战，2025年，研究团队绘制了全球首个阿尔茨海默病患者海马体的单细胞分辨率“时空图谱”，精准解析了阿尔茨海默病患者海马体不同功能分区的细胞组成、基因表达模式及其空间分布。本研究不仅揭示了阿尔茨海默病发生的关键分子机制，还发现了具有诊断价值的血液标志物，为临床提供了更便捷、精准的诊断工具。相关成果以封面文章形式发表于Neuron。
Neuron 封面（点击查看文章解读）
疾病研究与临床转化：精准定位肿瘤、免疫与感染的“战场”
疾病研究是时空组学技术展现临床价值的核心方向。2025年，Stereo-seq助力研究人员在多种疾病研究中取得了关键进展。
/肿瘤免疫多维组学解析/
凭借“纳米级分辨率”和“厘米级全景视场”，Stereo-seq技术为肿瘤微环境研究提供了前所未有的空间维度洞察。2025年1月，针对被称为“儿童肿瘤之王”的神经母细胞瘤（NB），研究人员利用Stereo-seq技术发现，其肿瘤微环境中配体分子CD112/CD155的表达存在异质性，这为开发新的神经母细胞瘤免疫疗法提供了理论依据。
2025年4月，研究人员利用Stereo-seq等技术首次绘制出肝细胞癌中三级淋巴结构（TLS）的全景发育图谱，为肝细胞癌及其它癌症的早期诊断和新型免疫治疗方案的开发提供重要参考。
2025年10月，研究人员基于Stereo-seq等技术，系统绘制了食管鳞癌促转移肿瘤微环境（TME）的单细胞空间图谱，鉴定出一个由转录因子PRRX1驱动、具有显著免疫抑制功能的GPR116⁺周细胞亚群，为未来临床干预提供了新策略。
这些研究，正在从空间维度上重新解析肿瘤内部不同的免疫功能区域，为发现新的免疫治疗生物标志物和设计联合疗法提供了坚实的理论依据。
/感染与免疫应答的空间解码/
在感染与免疫领域，Stereo-seq技术能够精确刻画免疫细胞的时空行为。2025年2月，研究人员基于Stereo-seq和snRNA-seq技术，在CVB3病毒感染的小鼠模型中绘制出暴发性心肌炎（FM）时空动态基因图谱，精确地界定了感染区域以及空间细胞间的相互作用模式，为分析FM的发病机制提供了新的视角，并为开发新的治疗策略奠定了坚实基础。
2025年5月，在包虫病（俗称“虫癌”）的研究中，研究人员利用Stereo-seq技术，解析了感染小鼠肝脏病灶内免疫细胞的空间分布格局与动态应答过程，为开发泡型包虫病早期诊断标志物和靶向治疗策略提供了关键理论依据。
跨物种与进化生物学：从植物到动物的生命“多样性之歌”
Stereo-seq的应用远不止于人类和哺乳动物，2025年其在多物种研究中也展现了巨大潜力。
/植物科学迈入空间时代/
2025年2月，Stereo-seq助力研究人员绘制首个国产大豆全生命周期器官发育时空图谱，首次实现了大豆基因表达在发育阶段、细胞类型和空间定位的精准解析，为破解大豆器官发育机制提供了里程碑式资源。
2025年4月，Stereo-seq助力研究人员首次构建植物发育花芽时空图谱并重建其细胞谱系，深化了对被子植物生殖器官演化的理解。2025年4月，研究人员利用Stereo-seq和DNBelab C4等技术，在单细胞水平上解密了迄今最完整的拟南芥叶片衰老的过程，相关成果在Cell发布。
拟南芥单细胞图谱（点击查看文章解读）
/生命演化与物种比较/
2025年5月，Stereo-seq助力研究人员构建了羊膜类跨物种单细胞图谱，系统揭示了爬行类、鸟类与哺乳类大脑细胞类型的保守性与多样性演化规律。
2025年4月，Stereo-seq助力研究人员解析了蜜蜂社会行为分化过程中基因调控网络的空间异质性，构建了行为可塑性与大脑调控之间的联系模型，为深入理解昆虫社会行为背后的分子机制提供了系统框架，也为理解复杂行为如何由分子机制精细调控提供了新范式。
回望2025，每一项成果的背后，都是全球科学家们对生命奥秘的不懈探索，也是对Stereo-seq技术能力的极致验证。从技术革新到科学发现，从基础研究到临床转化，华大时空组学正以前所未有的速度和精度，推动着生命科学各领域的范式变革。
展望2026，随着技术的不断成熟、分析工具的日益智能以及全球合作网络的进一步扩大，Stereo-seq将继续引领空间组学的发展，助力研究人员在生命发育、脑科学、疾病研究、植物研究等领域取得更多创新成果。
