Stereo-seq首次构建花生的空间转录图谱揭示peg的异质性

2022.07.06

Plant Biotechnology Journal [IF：13.263]

①基于Stereo-seq，成功建立了非模式作物花生的高分辨率空间转录图谱，并通过与其他3个组织（根、茎和下胚轴）进行比较，揭示了peg的复杂细胞类型特异性和空间基因表达特征。

② 在Stereo-seq的基础上，改进了冷冻装置和透化方法：将厚度为10μm的冷冻截面安装在为植物组织设计的100mm2 Stereo-seq芯片上；在透化方法中，将溶液用超声雾化器喷洒在截面表面上，以避免mRNA溶液的横向扩散。

③从根、下胚轴、茎和pegs中依次鉴定出35,970、47,304、47,096和44,825个基因，在BIN80处将所有数据可视化为18个簇，并发现peg中仅在维管束区域的细胞类型与根和茎中的维管束区域相似，表明peg是一种与茎和根均有较大差异的组织。

④peg尖端的表皮中富集参与糖苷和皂苷合成的基因，用来保护peg尖端的胚珠不受地下害虫的侵害；peg中后部表皮中富集感知环境信号的基因，用来感知土壤刺激并在地下启动胚胎和果实发育。（寒鹤）

333444sss

花生组织的Stereo-seq分析示意图及细胞空间转录组图谱

Spatial transcriptome analysis on peanut tissues shed light on cell heterogeneity of the peg.

2022.07.06；DOI：10.1111/pbi.13884

研究文章；花生，peg，细胞异质性，Stereo-seq，空间转录组；YiyangLiu，GuoxinXu，ShuboWan，GuoweiLi；山东农业科学院作物种质资源研究所，深圳华大生命科学研究院，山东农业科学院湿地农业与生态学研究所；中国

期刊·Plant Biotechnology Journal 物种·花生样本类型·叶片、peg

返回列表