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TPJ前沿综述 | 空间转录组学推进植物研究进入新时代

近日，华大生命科学研究院徐讯研究员团队受邀在国际期刊The Plant Journal上发表了一篇综述文章《Spatial transcriptomics leading the new era in plant research》，从技术发展、技术优势和应用的角度详细介绍了空间转录组学（Spatial Transcriptomics，ST）在植物研究中的最新进展和挑战，以及未来的应用展望。

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Cell重磅 | Stereo-seq助力杜鹏课题组解析妊娠早期子宫微环境的建立和稳态维持

2023年9月11日，北京大学生命科学学院和北京大学-清华大学生命科学联合中心研究员杜鹏课题组在Cell Press细胞出版社旗下期刊Cell上在线发表了题为“Spatiotemporal insight into early pregnancy governed by immune-featured stromal cells”的研究论文。

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Current Medicine | 空间转录组学在生物医学及临床研究中的应用

近日，华大生命科学研究院团队在《Current Medicine》在线发表了题为“Spatial transcriptomics in human biomedical research and clinical application”的综述文章。该文章针对生命科学领域当前最热门的技术——空间转录组学（ST）展开论述，探讨了其如何以时空方式跟踪疾病发生发展的机制，探寻疾病特异性生物标记物，以及对该技术未来的发展前景，为研究者在疾病研究领域更好地利用该技术提供了参考。

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Cell | 成年猕猴全脑皮层单细胞分辨率空间图谱揭示细胞组织模式

中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心（神经科学研究所）与华大生命科学研究院、临港实验室、上海脑科学与类脑研究中心、腾讯AI Lab、瑞典皇家理工学院、卡罗林斯卡医学院等单位联合，通过对成年雄性猕猴的大脑左半球进行冠状切片，结合华大自主研发的高分辨率时空组学Stereo-seq和snRNA-seq，绘制了全球首个非人灵长类全脑皮层空间单细胞图谱。

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Cell Res | Stereo-seq揭示人类肝癌浸润区促进肝细胞-肿瘤细胞串扰、局部免疫抑制和肿瘤进展

6月19日，Cell Research发表了上海复旦大学附属中山医院与华大集团共建的“中•华精准医学中心”、华大生命科学研究院和复旦大学附属中山医院等单位合作的研究成果。该研究基于华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq和单细胞建库平台DNBelab C4，系统研究肿瘤组织（tumor tissues，T）、肿瘤边缘区域（tumor margin areas，M）、肿瘤旁组织（paratumor tissues，P），以及正常或转移性淋巴结（lymph nodes，LN）的细胞组成和转录特征，全面描述了肝癌中500 µm浸润区独特的局部生态系统，并确定肿瘤细胞、免疫细胞和肝细胞之间存在活跃的串扰，这可能有助于开发肝癌和其他实体瘤的新治疗策略。以下是文章的详细解读。

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Nat Plants | 单细胞核与空间转录组学联合揭示大豆根瘤成熟过程中的动态特征

南方科技大学翟继先课题组与中国农业科学院作物科学研究所大豆优异基因资源发掘与创新利用创新团队阎哲研究员合作，应用snRNA-seq，以及包括华大自主研发的Stereo-seq在内的空间转录组学技术，构建了大豆根瘤和根的空间分辨单细胞核转录组图谱，揭示了大豆根瘤成熟过程中基因表达的动态变化，并在未成熟的根瘤侵染细胞中鉴定出一组参与根瘤成熟和根瘤固氮的过渡性细胞亚型，这为理解根瘤菌-豆科植物共生提供了新视角。该文章在2023年4月13日发表于Nature Plants，以下是文章的详细解读。

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专题解读 | scStereo-seq揭示拟南芥叶片表征区域特异性细胞和空间转录组变化

深圳华大生命科学研究院等在自主研发的时空组学技术Stereo-seq基础上，针对植物样本具有细胞壁这一特性，建立了一套适用于植物的、单细胞化的空间转录组技术scStereo-seq（single-cell SpaTial Enhanced REsolution Omics-sequencing）。研究团队将其示范应用于模式植物拟南芥（Arabidopsis）的叶片研究中，对上、下表皮细胞、栅栏细胞、海绵细胞的转录组特征进行了详细解析，攻克了长期以来研究人员无法对叶片中高度相似细胞类型的分子特征进行有效解析的难题。该文章在2022年5月4日作为专辑文章之一发表于Developmental Cell，以下是详细解读。

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一作详解 | Stereo-seq和scRNA-seq联合分析揭示微生物群塑造小鼠脾脏解剖结构和免疫功能

华大生命科学研究院方晓东研究团队、中山大学魏泓研究团队等合作利用无菌（germ-free，GF）小鼠和无特定病原体（specific pathogen-free，SPF）小鼠模型，结合华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq和DNBelab C4平台，揭示了微生物群能塑造小鼠脾脏的解剖结构和免疫功能，缺乏微生物群会导致小鼠脾脏分层结构紊乱，这对于理解微生物群在调节脾脏免疫功能中的关键作用具有重要意义，并为免疫相关疾病的潜在新治疗策略提供了见解。

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JGG｜方晓东/魏泓团队发现微生物群塑造小鼠脾脏解剖结构和免疫功能

肠道微生物与其宿主表现出复杂的相互作用，并在整个生命周期中塑造生物体的免疫系统。脾脏作为最大的次级淋巴器官，是进行免疫应答的重要场所。然而，目前仍不清楚微生物与脾脏相互作用的分子机制以及微生物群对脾脏免疫细胞转录过程的影响。

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JGG最新综述 | 时空组学技术的研究进展、应用及挑战

3月27日，华大生命科学研究院徐讯研究员团队在国际期刊Journal of Genetics and Genomics上发表了一篇综述文章《Spatially resolved transcriptomics: a comprehensive review of their technological advances, applications, and challenges》，从技术特点、生物信息学工具和应用的角度详细介绍了空间分辨转录组学（Spatially Resolved Transcriptomics，SRT）的最新进展和挑战，以及具有代表性的SRT应用。华大生命科学研究院成梦南博士和博士生姜宇佳为第一共同作者，华大生命科学研究院徐讯研究员和刘龙奇研究员为共同通讯作者。该综述为JGG时空组学专刊文章，以下是文章的详细解读。

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