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Stereo-seq助力揭示孤独症相关基因在星形胶质细胞中的作用机制

近日，深圳湾实验室/北京大学深圳研究生院张勃课题组、华大生命科学研究院、斯坦福大学等机构的研究人员，利用基因编辑、时空组学等技术，明确了孤独症相关基因Nlgn3在大脑星形胶质细胞中的位置及影响小鼠社交行为的作用机制，推翻了过去认为其在星形胶质细胞中的表达会导致孤独症的说法，最新成果发表于Molecular Psychiatry上。

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Nat. Aging | Stereo-seq助力揭示：妈妈年纪越大，越可能阻止有缺陷的线粒体DNA遗传给孩子

近日，西湖大学蒋敏课题组在Nature Aging发表题为“Maternal age enhances purifying selection on pathogenic mutations in complex I genes of mammalian mtDNA”的研究论文，本文基于线粒体基因组编辑工具DdCBEs、时空组学技术Stereo-seq等，成功构建了两种与临床线粒体疾病病人致病位点同源的单点突变小鼠模型，均为呼吸链复合物I亚单位：m.2820 G>A（ND1）和m.12918 G>A（ND5）。通过对这两种小鼠模型的母源遗传模式的研究，发现了这两个突变位点在母系遗传过程中被强力纯化选择，即：高突变的妈妈能够生出远低于自身突变率的下一代。

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Sci China Life Sci | Stereo-seq助力揭示牙周炎的免疫异常机制

2023年12月，中山大学程斌院长研究团队联合首都医科大学王松灵院士研究团队等，在SCIENCE CHINA Life Sciences上发表了The spatial transcriptomic landscape of human gingiva in health and periodontitis一文，探索了牙周免疫异常的机制。

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Nature | 多尺度拓扑学在亚细胞空间转录组学中用于细胞分类

近日，牛津大学人类遗传学中心Katherine R. Bull及数学系Heather A. Harrington团队，联合华大生命科学研究院等科研机构，在Nature发表了题为“Multiscale topology classifies cells in subcellular spatial transcriptomics”的研究。该研究通过多尺度拓扑分析技术，在亚细胞空间转录组学领域实现了细胞类型的精准分类，为细胞生物学和转录组学研究带来了革命性的进展。

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Nat Methods | 11种空间组学技术的系统性比较

2024年7月4日广州实验室田鲁亦团队和西湖大学刘晓东团队联合墨尔本大学、哈佛大学等研究团队在Nature Methods发表了一篇题为“Systematic comparison of sequencing-based spatial transcriptomic methods”的研究成果。

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Nature Methods | 时空组学助力解码空间多组学领域的突破——SpatialGlue

2024年6月21日，新加坡科学技术研究局（A*STAR）和杜克-新加坡国立大学医学院研究员陈金妙课题组在Nature Methods发表了一篇研究论文，题为“Deciphering spatial domains from spatial multi-omics with SpatialGlue”。该研究基于华大生命科学研究院研发的Stereo-CITE-seq技术，对空间多组学数据进行了深入分析。

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Nature Genetics | Stereo-seq助力解析小鼠胆汁淤积损伤与再生机制

近日，中国科学院分子细胞科学卓越创新中心惠利健研究组联合杭州华大生命科学研究院，利用华大自主研发的高分辨的时空组学技术Stereo-seq，以细胞水平的空间分辨率构建了小鼠胆汁淤积损伤与再生的时空转录组图谱，揭示了该过程中的损伤响应和微环境信号的时空动态变化特征。

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Nature Genetics | Stereo-seq助力构建小鼠肝脏稳态及再生模型的时空转录图谱

近日，杭州华大生命科学研究院联合吉林大学、中国科学院分子细胞科学卓越创新中心、广州医科大学第五附属医院、山西医科大学等机构，利用华大自主研发的高分辨的时空组学技术Stereo-seq，以及高通量单细胞转录组测序技术DNBelab C4，绘制了小鼠肝脏稳态-2/3切除-再生模型的时空转录图谱。该研究在全肝叶尺度解析了稳态与再生状态下肝实质细胞和非实质细胞的分子梯度，精确定义了基因网络如何通过细胞间通信动态调控以促进再生。

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JGG｜华大生命科学研究院吴靓/金鑫团队开发空间结构域鉴定工具DAIS

2024年4月8日，Journal of Genetics and Genomics在线发表华大生命科学研究院精准健康研究所吴靓研究员和金鑫研究员团队题为“DAIS: a method for identifying spatial domains based on density clustering of spatial omics data”的研究论文。该研究开发了一个名为DAIS的新方法(https://github.com/ttrrtttrrt/DAIS)，能够通过对空间转录组数据进行密度聚类，根据基因特征(gene signature)或者注释信息等先验知识快速而准确地识别目标结构域，为空间结构的鉴定提供了新思路。

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Stereo-seq助力绘制全球首个海洋生物空间单细胞图谱

2024年3月29日，中国海洋大学联合青岛华大研究院，利用华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq，结合单细胞转录组测序，以柄海鞘（Styela clava）的内柱器官为研究对象，绘制了高质量的空间分辨率单细胞图谱，首次全面解析了海洋动物咽部器官的细胞类型和潜在功能特征，为揭示脊椎动物咽部器官的潜在演化起源提供了重要信息。相关研究成果在线发表于Science Advances。

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