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Nat Commun | Spatial-ID：通过迁移学习和空间嵌入进行空间高分辨转录组数据的细胞注释

腾讯 AI Lab 联合深圳华大生命科学研究院团队，开发了一种基于自监督学习的空间转录组（spatially resolved transcriptomics，SRT）细胞注释方法Spatial-ID（SPATIAL cell type IDentifification），它集成了迁移学习和空间嵌入策略。该方法通过迁移学习从已有的单细胞转录组数据集迁移单细胞表达谱知识。该方法通过嵌入空间信息，利用细胞在空间背景下与相邻细胞之间的可能存在的交互关系或共表达模式，提升细胞类型识别的准确性，且对来自不同测序技术的数据具有较强稳健性。此外，将Spatial-ID应用于先前通过华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq获取的小鼠大脑数据集，证实了其对具有亚细胞空间分辨率的三维大视场组织的可扩展性，这为构建大视场空间转录组脑图谱提供了一个很有前景的途径。该文章在2022年12月10日发表于Nature Communications，以下是文章的详细解读。

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Nat Commun | 成年猕猴大脑皮层空间分辨基因调控和疾病易感性图谱

杭州华大生命科学研究院、深圳华大生命科学研究院、昆明理工大学灵长类转化医学研究院、美国艾伦脑科学研究所、深圳国家基因库、中国科学院广州生物医药与健康研究院、广州市华珍生物科技等多家科研单位，基于华大DNBelab C4单细胞建库平台、DNBSEQ测序平台和华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq，绘制了首个食蟹猴大脑的时空单细胞图谱，鉴定了不同皮层、不同脑区的兴奋性神经元的差异和调控网络，并指出了神经疾病易感性的特殊脑区的细胞类型。该文章在2022年11月8日发表于Nature Communications，在此，我们特邀请第一作者雷莹博士对文章进行详细解读。

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杭州华大发布猕猴大脑皮层多组学细胞图谱，助力神经系统疾病研究

大脑可能是人体最复杂的器官之一了，它是人体生命活动的中枢，控制着我们的思想、语言、行为、情感等。然而，脑科学与脑疾病难题也是人类所面临的重大挑战。揭示人脑运作原理，进而解决重大脑疾病威胁，依赖于对大脑组成和功能的认知。

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Nature | 华大Stereo-seq助力揭示黑色素瘤细胞的生长和转移机制

黑色素瘤因其高度异质性和可变性，一直以来是全球癌症研究和公共卫生的重要挑战。比利时鲁汶VIB癌症生物学中心的研究人员，利用包括华大Stereo-seq等在内的scRNA-seq、空间转录组测序联合分析方法，在黑色素瘤中鉴定出一群数量有限但能有效支持肿瘤生长的致瘤细胞群，为开发黑色素瘤的早期检测以及制定治疗措施提供帮助。

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文献解读 | Science封面：Stereo-seq鉴定蝾螈端脑再生过程中的重要神经干细胞亚型

杭州华大生命科学研究院、深圳华大生命科学研究院联合广东省医学科学院、华南师范大学、武汉大学等多家科研单位，利用华大自主研发的高分辨率时空组学技术Stereo-seq，绘制了首个蝾螈端脑发育及再生的时空单细胞转录组图谱，鉴定了蝾螈端脑再生过程中的重要神经干细胞亚型（reactive ependymoglial cell, reaEGC），并比较了其状态与发育时期神经干细胞的相似性。该成果在2022年9月2日以背靠背封面文章的形式发表于国际顶级学术期刊Science，以下是第一作者魏小雨博士详细解读。

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成果发布 | Stereo-seq揭示宫颈癌恶化“帮凶”，为晚期癌症治疗提供科学指导

宫颈癌是危害全球女性健康的第四大癌症。据统计，2018年世界范围内新增宫颈癌病例接近57万，其中我国的新增病例超过10万。

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华大DNBelab C4平台应用专题：剖析疾病致病机理

了解发病机制，是治疗疾病的关键。疾病发生发展过程是指致病因素引起的各种病理性损害与人体抗损害的反应相互“斗争”的过程。本期简讯就华大DNBelab C4平台在解析疾病病理、生命进化方面发表的8篇文章进行简述，以供参考。

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Clin Transl Med | 临床组织样本制备用于时空组学的挑战和解决方案

深圳华大生命科学研究院联合复旦大学附属中山医院等单位，利用华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq，系统地测试了临床样本制备过程对时空组学结果产生的影响。文章通过临床图像与时空分子信息结合分析，为众多时空组学项目的顺利开展，在样本的有效前处理、临床组织实验方案选择等方面，提供了及时、可靠、系统的解决方案。该成果于2022年1月26日发表于Clinical and Translational Medicine，下面是文章共同第一作者姜宇佳老师的详细解读。

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Cell Research | 单细胞时空转录组技术鉴定胎肝中HSC/MPP扩增单位

中国科学院动物研究所、北京大学生命科学学院和深圳华大生命科学研究院的研究人员利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组（包括华大自主研发的时空组学技术Stereo-seq）联合分析，绘制了小鼠胎肝（fetal liver，FL）发育的单细胞时空转录组图谱，解析了造血干/祖细胞的转录组和功能异质性，鉴定了新型的造血干细胞扩增的功能单元（HSC ‘pocket-like’ units, HSC PLUS）并揭示了其分子机制。该文章在2021年8月发表于Cell Research，下面是详细解读。

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专题解读 | scStereo-seq揭示拟南芥叶片表征区域特异性细胞和空间转录组变化

深圳华大生命科学研究院等在自主研发的时空组学技术Stereo-seq基础上，针对植物样本具有细胞壁这一特性，建立了一套适用于植物的、单细胞化的空间转录组技术scStereo-seq（single-cell SpaTial Enhanced REsolution Omics-sequencing）。研究团队将其示范应用于模式植物拟南芥（Arabidopsis）的叶片研究中，对上、下表皮细胞、栅栏细胞、海绵细胞的转录组特征进行了详细解析，攻克了长期以来研究人员无法对叶片中高度相似细胞类型的分子特征进行有效解析的难题。该文章在2022年5月4日作为专辑文章之一发表于Developmental Cell，以下是详细解读。

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