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实测上新 | 伯豪生物实测数据揭秘时空转录组FFPE V1.1核心突破

2025.11.17 内容来源：华大时空

今年9月，升级版的华大时空转录组FFPE V1.1正式发布。该产品方案通过基因捕获效率提升、组织内外信号扩散优化、数据利用率提升及多样本混测兼容性四大核心创新，解决了长期困扰FFPE样本研究的RNA降解、空间信息失真等瓶颈问题，为肿瘤病理研究、感染性疾病机制研究及神经科学探索提供了更强大的工具支持。

华大时空组学生态合作伙伯豪生物，已完成时空转录组FFPE V1.1测试，快来看看数据有哪些亮眼之处吧。

/伯豪生物实测数据/

01. 更高的基因数，获得更高质量的数据

测试样本类型为消化道组织，使用华大时空转录组FFPE V1.1中1 cm*1 cm芯片。结果显示，在3,128,826,241个Reads的测序深度下，Bin 20 （约10μm，近似单个细胞直径）平均MID为461，平均基因数达到了381，检测到的基因总数为34,615。

同时，聚类分群的结果十分符合病理区域，也能够说明获得的转录本数据非常可信！由此可以看出，升级后的每个细胞内检测出了更多高质量转录本数据，为各种应用场景下的科学研究提供了无限可能。

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消化道样本华大时空转录组FFPE V1.1基础数据展示

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消化道样本华大时空转录组FFPE V1.1聚类分群展示

02. CellBin分析，精准解析组织基因表达空间特征

华大自主研发的基于Stereo-seq系列的CellBin一站式细胞分割结果显示，在CellBin水平能够捕获到的更多的空间转录组信息，单个细胞平均MID数为516，平均基因值可以达到408。

CellBin基于华大时空芯片底层设计，利用track线实现1μm内配准精度，将细胞影像图和表达矩阵对齐；利用影像学特征完成高精度的组织分割、细胞核分割以及细胞内分子归类，刻画出单个细胞的分子边界；映射到芯片内，提取分子信息，获得精准的单细胞表达矩阵。

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消化道样本华大时空转录组FFPE V1.1 CellBin基础数据展示

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消化道样本华大时空转录组FFPE V1.1 CellBin聚类分群展示

伯豪生物时空转录组FFPE V1.1全流程检测服务已正式上线。需要开展科研服务的老师，可以通过以下联系方式进行咨询。

咨询热线：400-820-3369 邮箱：market@shbio.com

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*内容转载自公众号：伯豪生物

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