芯片 mask
Stereo-seq 芯片是什么？
Stereo-seq Chip 是STOmics Tech独立开发的一项技术，用于在生命科学领域研究基因表达、细胞变化和生命发展。这项技术利用了一种名为"Stereo-seq"的时空转录组技术，其捕获组织中的mRNA，并使用时空条形码（Coordinate ID，CID）恢复其空间位置，以统计空间维度的特征表达信息。
时空组学技术的突破在于其亚细胞分辨率和厘米级的视野。该技术可以达到500纳米的分辨率，意味着一个单独的细胞可以被捕获到400个像素。通过对生命发展中的基因和细胞变化进行高精度的时空维度分析，时空组学为理解认知器官结构、生命发展、人类疾病和物种进化提供了新的研究途径。
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如何获取芯片 mask 文件？
Stereo-seq 芯片 mask 文件（HDF5 格式）记录了 Stereo-seq 试剂盒信息、芯片的空间坐标以及 CID 序列。它是 saw count 分析流程的必选输入参数 (--chip-mask)。
自 SAW 8.3 版本起，saw support 可以直接从云端服务器检索 Stereo-seq 芯片 mask 文件，并下载至本地分析环境中。省去了手动下载和文件传输的繁琐步骤，从而极大地简化了数据准备工作。
前提条件
- 网络访问权限： 运行 SAW 的服务器必须能够访问外部网络，以便连接到云端数据库。
- 芯片序列号 (SN)： 需要已知待分析芯片的 SN 号（例如：A0123456）。
命令行
运行如下命令，下载指定芯片的 mask 文件：
saw support download \
--chip-mask-sn=<SN1>,<SN2>,...
--output=/path/to/output/folder