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系统配置要求

SAW分析软件包在Linux系统上被解压和安装，计算环境需满足下列基本要求：

• 8-core Intel or AMD processor (>24 cores recommended)
• 128GB RAM (>256GB recommended)
• 1TB free disk space or higher
• 64-bit CentOS/RedHat 7.8 or Ubuntu 20.04

软件下载

SAW 8.3.0 (8月, 2026)

##with curl
curl -C - -O "https://cdn-newfile.stomics.tech/saw-8.3.0.tar.gz"

##with wget
wget -c "https://cdn-newfile.stomics.tech/saw-8.3.0.tar.gz"

相关软件（StereoMap）兼容

• StereoMap >= v4.2.3 （历史版本的适配兼容信息）

SAW 8.3 软件亮点

新功能

SAW count/realign

• 新增 --star-params-config 参数，支持将原生参数直接传递给 STAR 比对软件；
• 新增 --skip-bowtie2 参数，支持跳过 Bowtie2 宿主去除步骤；
• 新增 --split-tissue-into-labels 参数，用于拼片样本和 TMA 样本分析，输出可分离的独立标签信息（支持在 StereoMap 中查看）；
• 支持直接输出 AnnData H5AD 和 RDS 格式的表达矩阵（支持自定义 bin 大小），以便进行第三方生信分析；
• HTML 报告： Summary 页签下的空间表达热图现支持切换配色方案；

SAW aggr

• 多片分析流程正式发布，多样本整合分析流程。
• 整合流程： 支持通过 CSV 配置文件整合单样本数据（来自 saw count/realign）以启动下游分析。
• 核心功能： 包含可选的测序深度归一化、可选的批次效应校正、数据预处理、聚类分析以及基于分组的差异表达分析。
• 输出结果： 生成 HTML 报告和可视化文件，用于下游展示与分析。

SAW support

• 正式发布 support 实用工具流程。新增提供两大核心功能：自动文件传输（下载）和扩展包管理（插件）；
• 下载 (Download)： 支持在联网环境下直接下载 Stereo-seq 芯片 mask 文件；
• 插件 (Plugin)：支持安装 GPU 加速包，以应用于下游的聚类分析模块；

SAW reanalyze

• cluster： 支持在单样本分析中将图像信息写入结果文件；
• lasso/diffExp： 支持输入从 StereoMap 导出的 CSV 记录文件，记录点坐标的信息，以此作为 GeoJSON 轮廓记录的补充；
• cluster/lasso/diffExp： 支持多样本分析场景， 以 .h5mu 矩阵文件作为输入；

SAW convert

• *2h5ad 和 *2rds： 子模块现支持将图像数据写入转换后的矩阵文件中；

升级点

SAW count/realign

• 显著优化注释的计算性能；
• 微生物分析输出的表达矩阵中新增 Taxonomy ID（分类学 ID）信息；
• HTML 报告： 差异分析表格现支持同时根据 L2FC (Log2 Fold Change) 和 p-value 进行排序；

输出文件与统计优化

• 微生物矩阵： 在 outs/feature_expression/ 目录下专门输出微生物组织区域的表达矩阵文件；
• 错误报告： 即使分析流程报错中断，也能生成 <SN>.statistics.json 质控统计文件；
• 输出存储优化
  • 对各子模块中的 .h5 文件和大型文本文件进行了压缩处理，以有效减轻存储压力；
  • 可视化 .tar 打包文件更改为非压缩格式，以加快在本地解压和打开的速度；
• 可视化文件优化
  • 在可视化 .tar 包中添加了全芯片矩阵表达信息，主要用于提升用户在 StereoMap 中进行第二步手动配准 (Step 2 manual registration) 时的操作体验；
  • 在可视化 .tar 包中添加了矩阵模板点文件，以支持无图像的分析工作流。

版本说明 >

下载与安装

SAW 此版本为单体可执行程序的 .tar.gz 文件，可以直接在系统上解压，无需额外配置计算环境。由于它已经集成并预编译所有内置软件所需的依赖项，因此可以在大多数Linux环境直接运行。

下载 SAW 软件包并解压到合适的目录位置，文档示例假设 /saw/package 为运行目录。

$ cd /saw/package

[download the SAW package tar.gz from the Software download part]

$ tar -xzf saw-8.3.0.tar.gz

注意，参考基因组和 demo 数据集需要单独下载。

芯片mask下载

Stereo-seq 芯片 mask 文件（HDF5 格式）记录了 Stereo-seq 试剂盒信息、芯片的空间坐标以及 CID 序列。它是 saw count 分析流程的必选输入参数 (--chip-mask)。

前提条件

• 网络访问权限： 运行 SAW 的服务器必须能够访问外部网络，以便连接到云端数据库。
• 芯片序列号 (SN)： 需要已知待分析芯片的 SN 号（例如：A0123456）。

命令行

运行如下命令，下载指定芯片的 mask 文件：

saw support download \
--chip-mask-sn=<SN1>,<SN2>,...
--output=/path/to/output/folder

获取更多时空芯片相关信息。

参考基因组下载

STOmics 研发团队已预先构建可直接使用的参考基因组索引文件。

STAR 索引文件

##with wget
#mouse
wget -c "https://demo.stomicsdb.tech/STOmics_Reference_Released/Transcriptome/reference-data-mouse.tar.gz"

#mouse with rRNA
wget -c "https://demo.stomicsdb.tech/STOmics_Reference_Released/Transcriptome/reference-data-mouse-rRNA.tar.gz"

#rat
wget -c "https://demo.stomicsdb.tech/STOmics_Reference_Released/Transcriptome/reference-data-rat.tar.gz"

#human
wget -c "https://demo.stomicsdb.tech/STOmics_Reference_Released/Transcriptome/reference-data-human.tar.gz"

#human with rRNA
wget -c "https://demo.stomicsdb.tech/STOmics_Reference_Released/Transcriptome/reference-data-human-rRNA.tar.gz"

##with curl
#mouse
curl -C - -O "https://demo.stomicsdb.tech/STOmics_Reference_Released/Transcriptome/reference-data-mouse.tar.gz"

#mouse with rRNA
curl -C - -O "https://demo.stomicsdb.tech/STOmics_Reference_Released/Transcriptome/reference-data-mouse-rRNA.tar.gz"

#rat
curl -C - -O "https://demo.stomicsdb.tech/STOmics_Reference_Released/Transcriptome/reference-data-rat.tar.gz"

#human
curl -C - -O "https://demo.stomicsdb.tech/STOmics_Reference_Released/Transcriptome/reference-data-human.tar.gz"

#human with rRNA
curl -C - -O "https://demo.stomicsdb.tech/STOmics_Reference_Released/Transcriptome/reference-data-human-rRNA.tar.gz"

下载索引文件并将其解压到合适的位置。这里假设将 /saw/reference 设置为操作目录。

$ cd /saw/reference

[download the mouse referencetar.gz from the reference download part]

$ tar -xzf reference-data-mouse.tar.gz

Bowtie2 索引文件

##with wget
#mouse for bowtie2
wget -c "https://demo.stomicsdb.tech/STOmics_Reference_Released/Transcriptome/reference-data-mouse-rRNA-Bowtie2.tar.gz"

#human for bowtie2
wget -c "https://demo.stomicsdb.tech/STOmics_Reference_Released/Transcriptome/reference-data-human-rRNA-Bowtie2.tar.gz"

##with curl
#mouse for bowtie2
curl -C - -O "https://demo.stomicsdb.tech/STOmics_Reference_Released/Transcriptome/reference-data-mouse-rRNA-Bowtie2.tar.gz"

#human for bowtie2
curl -C - -O "https://demo.stomicsdb.tech/STOmics_Reference_Released/Transcriptome/reference-data-human-rRNA-Bowtie2.tar.gz"

Kraken2 索引文件

SAW 推荐使用 pluspf-20220908-Kraken2 数据库进行物种分类。软件默认选取这一相对稳定的参考版本，旨在确保分析流程的可靠性与分析结果的可重复性。同时，用户也可根据特定的分析需求，灵活下载并挂载最新版本的参考数据。

##with wget
#kraken2 database
wget -c "https://demo.stomicsdb.tech/STOmics_Reference_Released/Transcriptome/reference-data-pluspf-20220908-Kraken2.tar.gz"

##with curl
#kraken2 database
curl -C - -O "https://demo.stomicsdb.tech/STOmics_Reference_Released/Transcriptome/reference-data-pluspf-20220908-Kraken2.tar.gz"

蛋白列表

*查询Cocktail了解更多信息。

##with wget
#mouse
wget -c "https://demo.stomicsdb.tech/STOmics_Reference_Released/Protein_Panel/ProteinPanel_128_mouse_V2.list"

#human
wget -c "https://demo.stomicsdb.tech/STOmics_Reference_Released/Protein_Panel/ProteinPanel_163_human_V2.list"

##with curl
#mouse
curl -C - -O "https://demo.stomicsdb.tech/STOmics_Reference_Released/Protein_Panel/ProteinPanel_128_mouse_V2.list"

#human
curl -C - -O "https://demo.stomicsdb.tech/STOmics_Reference_Released/Protein_Panel/ProteinPanel_163_human_V2.list"

获取扩展包

saw support 的 plugin 模块旨在管理用于扩展 SAW 软件功能的扩展包。在 8.3 版本中，我们发布了 GPU 加速包，这是一个旨在显著提升计算性能的关键扩展，特别是对于大型 Stereo-seq 芯片数据集。

GPU acceleration package 1.0 (8月, 2026)

• 核心功能： 加速下游矩阵分析（如 PCA、UMAP、聚类等）
• 适用范围： 应用于下游分析步骤，不包含图像处理部分
• 版本要求： SAW 8.3.0 或更高版本

#wget
##CUDA 11
wget -c "https://cdn-newfile.stomics.tech/saw-plugin-gpu-cu11-1.0.tar.gz"
##CUDA 12
wget -c "https://cdn-newfile.stomics.tech/saw-plugin-gpu-cu12-1.0.tar.gz"
##CUDA 13
wget -c "https://cdn-newfile.stomics.tech/saw-plugin-gpu-cu13-1.0.tar.gz"

#curl
###CUDA 11
curl -C - -O "https://cdn-newfile.stomics.tech/saw-plugin-gpu-cu11-1.0.tar.gz"
##CUDA 12
curl -C - -O "https://cdn-newfile.stomics.tech/saw-plugin-gpu-cu12-1.0.tar.gz"
##CUDA 13
curl -C - -O "https://cdn-newfile.stomics.tech/saw-plugin-gpu-cu13-1.0.tar.gz"

通过安装 GPU 加速包，SAW 可以将计算密集型任务转移到 GPU 上运行，从而大幅缩短以下分析步骤的运行时间：

• 数据降维： 加速 PCA 和 UMAP 计算步骤
• 聚类分析： 加快 Leiden 聚类速度
• 联合分析： 提升多样本整合及批次效应校正的效率（例如：在 saw aggr 流程中）

安装扩展包

请从上方下载 GPU 加速包使用 saw support 的 plugin 模块将该扩展包安装到 SAW 环境中：

saw support plugin \
--gpu-patch=/path/to/clustering/gpu/acceleration/package