版本说明

SAW发版记录

8.3.0（8月, 2026）

新功能

SAW count/realign

  • 新增 --star-params-config 参数，支持将原生参数直接传递给 STAR 比对软件；
  • 新增 --skip-bowtie2 参数，支持跳过 Bowtie2 宿主去除步骤；
  • 新增 --split-tissue-into-labels 参数，用于拼片样本和 TMA 样本分析，输出可分离的独立标签信息（支持在 StereoMap 中查看）；
  • 支持直接输出 AnnData H5AD 和 RDS 格式的表达矩阵（支持自定义 bin 大小），以便进行第三方生信分析；
  • HTML 报告： Summary 页签下的空间表达热图现支持切换配色方案；

SAW aggr

  • 多片分析流程正式发布，多样本整合分析流程。
  • 整合流程： 通过 CSV 配置文件整合单样本数据（来自 saw count/realign）以启动下游分析。
  • 核心功能： 包含可选的测序深度归一化、可选的批次效应校正、数据预处理、聚类分析以及基于分组的差异表达分析。
  • 输出结果： 生成 HTML 报告和可视化文件，用于下游展示与分析。

SAW support

  • 正式发布 support 实用工具流程。新增提供两大核心功能：自动文件传输（下载）和扩展包管理（插件）；
  • 下载 (Download)： 支持在联网环境下直接下载 Stereo-seq 芯片 mask 文件；
  • 插件 (Plugin)：支持安装 GPU 加速包，以应用于下游的聚类分析模块；

SAW reanalyze

  • cluster： 支持在单样本分析中将图像信息写入结果文件；
  • lasso/diffExp： 支持输入从 StereoMap 导出的 CSV 记录文件，记录点坐标的信息，以此作为 GeoJSON 轮廓记录的补充；
  • cluster/lasso/diffExp： 支持多样本分析场景， 以 .h5mu 矩阵文件作为输入；

SAW convert

  • *2h5ad 和 *2rds： 子模块现支持将图像数据写入转换后的矩阵文件中；

升级点

SAW count/realign

  • 显著优化reads转录注释的计算性能；
  • 支持 --gpu-id 参数会在下游分析模块启用GPU加速，需通过SAW support plugin 额外安装GPU加速包；
  • 微生物分析输出的表达矩阵中新增 Taxonomy ID（分类学 ID）信息；
  • HTML 报告： 差异分析表格现支持同时根据 L2FC (Log2 Fold Change) 和 p-value 进行排序；

输出文件与统计优化

  • 微生物矩阵： 在 outs/feature_expression/ 目录下专门输出微生物组织区域的表达矩阵文件；
  • 错误报告： 即使分析流程报错中断，也能生成 <SN>.statistics.json 质控统计文件；
  • 将 <SN>.statistics.json 软链接至 pipeline-logs 目录下，便于获取；
  • 输出存储优化
    • 对各子模块中的 .h5 文件和大型文本文件进行了压缩处理，以有效减轻存储压力；
    • 可视化 .tar 打包文件更改为非压缩格式，以加快在本地解压和打开的速度；
  • 可视化文件优化
    • 在可视化 .tar 包中添加了全芯片矩阵表达信息，主要用于提升用户在 StereoMap 中进行第二步手动配准 (Step 2 manual registration) 时的操作体验；
    • 在可视化 .tar 包中添加了矩阵模板点文件，以支持无图像的分析工作流

SAW makeRef

  • 优化STAR的索引构建性能，变得更加稳定；

SAW reanalyze

  • cluster/multiomics 下游分析模块支持启用GPU加速，需通过SAW support plugin 额外安装GPU加速包；

问题修复:

  • 修复使用 checkGTF 功能时，指定输出目录不存在则不会自动创建的问题。
  • 修复 convert gef2img 功能下，tissue.gef 转出的 TIFF 图像与矩阵之间存在坐标偏差的问题。

8.2.2（12月, 2025）

问题修复:

  • 修复 SAW realign 分析流程输出 HTML 报告时，微生物页签下的组织内统计信息未能自动更新的问题。修复后，报告将基于新的分割区域（例如：手动组织分割）重新计算。
  • 修复输入多对 FASTQs 数据时，分析流程输出的 JSON 统计文件中 Q30 数值出现计算错误的问题。
  • 修复 HTML 报告在展示 DAPI + mIF 的图像结果时，图片的默认排序顺序不正确的问题。

8.2.1（11月, 2025）

新功能:

  • SAW count/realign
    • 新增 --skip-clustering 参数，支持在流程中跳过聚类分析相关的环节；

问题修复:

  • 修复因服务器的NFS挂载磁盘导致微生物相关分析报错的问题；
  • 修复图像模块处理 S0.5芯片的大图TIFF数据报错的问题；
  • 修复数据量极大情况下（大尺寸的大芯片数据），分析流程输出的GEF矩阵文件中数据溢出的问题；
  • 修复HTML报告中Protein组学-SquareBin页签下统计表格中的数值精度问题；
  • 修复 --gpu-id 参数设置为非0序号显卡出现报错的问题；

8.2.0（9月, 2025）

新功能:

  • SAW makeRef
    • --params-config 支持简便输入第三方比对软件的原生参数 。
  • SAW count/realign
    • 支持 Stereo-seq N FFPE V1.1 试剂盒数据分析，新增分析参数：
      • --kit-version="Stereo-seq N FFPE V1.1"
      • --sequencing-type=PE75_50+100
    • Read比对步骤支持多对/组FASTQ文件之间的并行计算，提高资源利用率和运行效率，设置方式详见并行计算说明。
    • --description 支持自定义HTML报告的备注信息。
    • --skip-cellbin 可以跳过图像细胞分割，以及后续与其相关的分析步骤 。
    • --no-bam 移除结果文件中的BAM输出，减少存储占用。
    • --create-gem 支持分析结果中同步输出对应的GEM格式矩阵文件。
    • --summary-display-bin-size 支持报告中各组学/模态的Summary页面下的展示bin size，可以从[20,50,100]中选择合适的维度。
    • --custom-bin-size 支持自定义分析流程使用的bin size维度，可从[20,50,100]中至多选择两个，主要用于初步下游分析和报告展示。
    • 新增 Initial Check 检查功能，启动分析之前对主要输入文件格式和软件进行检查，可通过 --no-initial-check 对其进行屏蔽。
    • --job-mode 支持SGE集群模式分析，以及自定义资源配置文件，实现更细致和深入的资源调度。
    • SAW realign 分析流程支持 --gpu-id 使用。
    • SAW realign 分析流程支持使用 --extra-image-enhance 设置额外的 CLAHE 图像增强次数，应用于后续的图像细胞分割（如果图像符合要求可以调用自动算法进行细胞分割）。
  • SAW reanalyze
    • 新增空间基因共表达分析功能。
  • SAW convert
    • 新增 gef2rds、 gem2rds、h5ad2rds 格式转换，输出 RDS 格式文件用于Seurat下游分析 。
    • bin2tissue 可以根据组织分割图提取对应矩阵信息，也支持基于表达矩阵（无图）的组织分割。

升级点:

  • SAW checkGTF
    • 优化注释文件的内容检查和格式检查的逻辑。
  • SAW makeRef
    • 构建STAR索引文件时自动调用 checkGTF 检查注释文件。
  • SAW count/realign
    • 优化STAR比对步骤前的RNA reads过滤，针对某些特定的接头序列，来提升数据利用率，例如：“Confidently Mapped Reads”。
    • 优化read注释步骤的性能，在开启 --uniquely-mapped-only 和 --rRNA-remove 参数的情况下。
    • Read注释步骤优化注释文件（GTF/GFF）的内容检查和格式检查，跳过问题注释记录 。
    • QC失败图像的分析流程也会将矩阵模板点输出到visualization.tar.gz文件中。
    • HTML报告升级
      • 报告界面的UI设计升级，主要包括配色方案、页面布局等；
      • 升级报告内容展示逻辑，从多模态/多组学角度划分导航栏，并且，更新字段表述和解释说明，增加样本信息描述和图像配准检查模块；
      • Microbe组学页面下，报告微的统计值调整为组织区域下的信息；
      • Summary页签下，数据展示可使用 --summary-display-bin-size 参数改变展示 bin size 维度；
      • Square Bin页签下，可使用 --custom-bin-size 参数改变下游分析结果的 bin size 维度；
      • Cell Bin页签下，统计表格中细胞面积单位由pixel变更为μm²；
      • Square Bin和Cell Bin页签下，针对大芯片报告（作图时点数过多）的聚类和UMAP结果进行降采样展示 。
  • SAW reanalyze
    • 优化差异表达分析中基因的L2FC值计算。
  • SAW convert
    • 优化 bin2cell 直接提取cellbin GEM的逻辑。
  • 优化分析流程日志和子程序模块的日志格式和内容。
  • 优化错误码信息，提供更加详细/明确的报错提示。
  • 删除中间环节的不必要输出文件，降低存储冗余。
  • 新增输出整体分析流程的统计文件 <SN>_statistics.json。

问题修复：

  • 修复了程序处理大图数据（BigTIFF格式文件）时出现异常的问题，主要针对大芯片数据。

8.1.3（3月, 2025）

问题修复：

  • 修复 saw reanalyze cluster 中参数 --bin-size 和 --resolution 对于蛋白组学数据未生效的问题。
  • 修复 saw convert overlay 在处理大芯片数据时的保存错误。
  • 修复 saw count 和 realign 中，由于依赖包安装问题导致GPU无法使用。
  • 修复 saw count --image 文件路径包含"czi"字段时，程序异常退出的问题。
  • 修复 saw count 和 realign 中图像 ROI 小于 (2000,2000) 时的报错问题。
  • 修复大芯片 HTML 报告无法打开的问题，对 bin20 聚类图和 UMAP 图进行了降采样处理；修复饱和度图的展示问题；修复蛋白相关性热图描述问题。
  • 修复 SAW 8.1.2 count 中使用QC失败图像时，删除了输入图像 TAR.GZ 的问题。另外，可从visualization.tar.gz 中找到输入的图像 TAR.GZ。

升级点：

  • Stereo-seq N FFPE V1.0 试剂盒 --sequencing-type 支持 PE75_25+59 和 PE75_25+62（新增）。
  • saw count 兼容 .gff3 后缀的注释文件。
  • saw count 兼容 Bowtie2 的 .bt2l 后缀的大索引文件。
  • 升级了新鲜冷冻样本 H&E 图像细胞分割功能。

8.1.2（11月, 2024）

问题修复：

  • 当 --adt-fastqs <FASTQ> 文件损坏时提示异常。

升级点：

  • saw count 和 realign 输出 HTML 报告为 <SN>.report.html，可直接点击打开。所有交互图可下载。
  • 减少 saw count Annotation 中的内存使用。
  • 升级 totalVI 模型。蛋白组和转录组联合分析，此模块将不会在 saw count 和 realign 中执行。您可以在 saw reanalyze multiomics 使用此分析。
  • 改善基于图像的组织分割效果。
  • 接受文件名为 *_R1.fq.gz 和 *_R2.fq.gz 的 FASTQ 文件。
  • 支持转录组参考索引目录前缀为 STAR，与之前 SAW 6.1~7.1 构建的 STAR_SJ100 兼容。
  • 改进输入验证。检查路径有效性:--ref-libraries <CSV> 中的文件或目录, 图像 TIFF 或 TAR.GZ 文件路径; 检查蛋白列表的格式。
  • saw convert 和 reanalyze 输出的 Cell bin GEF 可在 StereoMap 中直接显示。
  • bin GEF 属性 /wholeExp/maxMID 更改为 100% 最大 MID 数，而不是 99.9%。saw reanalyze lasso 降低输出 bin GEF 的文件大小。

8.1.1（10月, 2024）

问题修复：

  • SAW realign
    • 修复 QC-failed 图像经手动处理后无法正常运行的问题。
    • 修复 HTML 报告中内置质控信息调用异常问题。
    • 手动图像处理后，同步处理微生物矩阵，并输出至 visualization.tar.gz 中。
    • 修复微生物 micro 模块访问 SAW count 路径文件无权限的问题。
  • SAW reanalyze
    • 修复 cluster cellbin模式 --Leiden-resolution 参数未生效的问题。
  • 解决用户本地 python 环境与 SAW 内置 python 环境冲突，导致 numpy 库查询错误的异常。

升级：

  • 流程支持 --image TIFF 图像为正确命名的软链接。

8.1.0（9月, 2024）

新功能：

  • 支持蛋白组转录组 Stereo-CITE FF 样本分析，在运行 saw count 时请将 --kit-version 设置为 “Stereo-CITE T FF V1.x” 。在以单体可执行程序.tar.gz 发布的SAW中，需要 v8.1.0 或更高版本支持运行Stereo-CITE FF 分析。
  • 支持转录组 Stereo-seq FF kit=V1.3，在运行 saw count 时请将 --kit-version 设置为 “Stereo-seq T FF V1.3”。
  • saw reanalyze 由子模块调用，您可以使用以下方式调用：saw reanalyze lasso
    • 新增：
      • saw reanalyze midFilter 执行按 MID 范围手动过滤空间表达矩阵。
      • saw reanalyze multiomics 多组学蛋白质组和转录组联合分析。
      • saw reanalyze removeBackground 自动去除蛋白背景信号。
    • 接受在 StereoMap 打点配准后输出的图像 .tar.gz ，可以通过 --image-tar 输入SAW。需要 SAW v8.1.0 或更高版本支持图像分析。

升级点：

  • 生信流程
    • 默认在 saw count 比对中去除adapter，而不是直接丢弃带有adapter的序列。
    • bin GEF 模式下的聚类省略了零中心变量以处理稀疏输入。
    • 调整了蛋白组和转录组联合分析中的标记基因和标记蛋白的选择阈值。
  • saw count 和 saw realign 升级 HTML 报告。 页面 Square Bin 可以显示 bin20 和 bin50 聚类和 UMAP。
  • 改善了细胞分割后出现单个面积较大的细胞的现象。

问题修复：

  • 修复软件部分已知BUG和问题。

8.0.2（7月, 2024）

问题修复：

  • 修复软件部分已知BUG和问题。

8.0.1 （7月, 2024）

问题修复：

  • 修复软件部分已知BUG和问题。

8.0.0 （6月, 2024）

新形态：

SAW本次更新以单体可执行程序 .tar.gz 文件的形式发布，可以直接在系统上解压，无需额外配置计算环境。由于它已经集成并预编译所有内置软件所需的依赖项，因此可以在大多数Linux环境直接运行。

新功能：

  • 整合并简化流程使命令编写和完成分析变得更加便捷。这些流程模块包括：
    • saw count：核心流程模块，用于根据计算基因表达读数和 Stereo-seq 芯片生成表达矩阵。
    • saw makeRef：根据参考基因组数据构建索引文件。
    • saw checkGTF：检查注释文件的格式。
    • saw realign：使用手动处理的文件重新启动分析。
    • saw reanalyze：重新执行下游分析。
    • saw convert：支持文件格式转换。
  • SAW 支持从 FFPE（formalin-fixed paraffin-embedded）样本中获取基因表达信息。在运行 saw count 时，通过将 --kit-version 设置为 "Stereo-seq N FFPE V1.0" 来实现。对于 FFPE 分析，需要使用 SAW v8.0.0 或更高版本。
  • 基于 FFPE 组织样本，可以在运行 saw count 时通过使用 --microorganism-detect 参数来开启微生物分析，需要准备必要的参考数据集。更多信息请参阅参考基因组准备。
  • SAW 还升级了读取比对和注释的生物信息学工作流程，以适应 FFPE 数据集。
    • 在注释过程中，默认情况下会同时使用唯一比对 reads 和 多比对 reads 中的最优比对进行基因定量分析。如果分析人员只关注唯一比对 reads，可以使用 --uniquely-mapped-only 参数。
    • 新的空间基因表达矩阵通过唯一基因ID进行标识，同时依然记录基因名称信息。
  • 在图像相关的分析部分，软件对图像处理性能进行了优化。同时，在运行 saw count 时，支持以TIFF格式直接输入显微镜拼接大图图像。
  • SAW 分析中新增了基于 Leiden 聚类进行的差异表达分析，marker features 被记录在AnnData格式的 H5AD 和 CSV 文件中，并在 HTML 报告和 StereoMap 中展示。
  • HTML 报告中的图表是交互式的，新增微生物分析页面，增加了 marker features 结果表格。
  • 重新整理输出目录结构，使得结果文件更加清晰易查找，并将中间环节文件和日志放入指定的文件夹中。
  • 输出可视化压缩文件 visualization.tar.gz，其中包含 .stereo 统领文件，用于记录 SAW 分析流程的基本信息和 StereoMap 所需的字段信息。

历史版本

历史版本信息可以从 GitHub 获取。

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请联系当地销售或FAS/FBS。

© 2026 STOmics Tech. All rights reserved.Modified: 2026-09-15 10:50:57

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