• Option1:使用C++编译的 geftools:
1. https://github.com/BGIResearch/geftools
• Option2:使用python包 gefpy:
1. https://pypi.org/project/gefpy/
2. https://gefpy.readthedocs.io/en/latest/index.html
3. pip install gefpy==0.6.1
• Option3:如已安装SAW sif(如v5.1.3):
1. https://hub.docker.com/repository/docker/stomics/saw
2. singularity exec SAW_v5.1.3.sif cellCut
3. 请使用singularity 3.8及以上版本
Bash |
MID(Molecular ID)即分子编码,实验过程中每个mRNA分子带有唯一的MID,用于区分来源于不同mRNA分子的PCR扩增子。MID(即UMI)代表每个基因在每个分析单元中检测到的转录本数目。
{SN}.gef代表整张芯片全部数据,{SN}.tissue.gef代表组织区域数据,{SN}.cellbin.gef代表细胞分割后的数据,这三个gef文件是主要输出数据,是下游分析会使用到的,其他gef后缀文件,可以参考说明手册(时空官网链接:https://www.stomics.tech/products/BioinfoTools/OfflineSoftware/SAWOperationManual)<附录和参考文献>模块中的附录B。
主要目的是去除杂质,因为试剂中含有杂质,所以要离心。按照试剂盒使用说明书操作即可。
FcR主要封闭非特异性抗原结合的位点,如果不封闭,会与目标抗原非特异性结合而影响目标位点的判断。请登录BioLegend 官网查询是否有针对猴的,或者咨询一下抗体公司。
主要目的有:(1)确保选择的抗体适配于时空组学的mIF实验,可表达出正确的pattern;(2)根据滴定实验可以判断最佳的抗体浓度。
经过测试一抗、二抗添加与否并不影响透化时间的判断,只需要模拟前面的试剂孵育流程即可。
请联系项目管理将您的时空云平台账号添加到指定项目中,然后您可以登录云平台直接下载mask文件。操作过程中有任何问题,均可联系项目管理或科研合作代表。
相比较于其他技术平台,Stereo-seq 在检测组织大小及分辨率等方面具有突破性优势。一方面将认识生命空间表达的分辨率提高到 500 nm 的亚细胞层级,另一方面可达到厘米级全景视场,并可根据组织大小进行定制化,目前最大可扩展至13 cm × 13 cm。
Stereo-seq可以提供亚细胞级别的信息,但它本身并不能直接定位单个细胞的细胞器。要想定位单个细胞的细胞器,通常需要使用荧光显微镜或电子显微镜搭配特定的染色剂或标记物来可视化细胞器,例如,可以使用荧光染料标记线粒体、高尔基体或内质网。因此华大时空组学数据分析可以提供关于细胞内基因表达的高分辨率信息,但要想定位单个细胞的细胞器,通常需要结合显微镜技术来进行观察。