Stereo-CITE是基于测序的空间原位捕获技术,具有500 nm级分辨率,可以在同一切片上实现转录组和蛋白组的共检测,可检测蛋白重数为100+。利用强大的多组学分析工具,通过空间条形码(Coordinate lD,CID)还原回空间位置,生成单细胞或亚细胞级基因和蛋白表达图谱。
可以使用已预混好的商品化混合抗体进行时空蛋白转录组实验,检测重数100+。目前产品针对小鼠样本,可检测119个靶点,推荐抗体为TotalSeq™-A Mouse Universal Cocktail, V1.0 (Biolegend, Cat. No.199901,119重抗体+9重同型对照);针对人的样本,可检测154个靶点,推荐抗体为TotalSeq™-A Human Universal Cocktail, V1.0(Biolegend, Cat. No.399907,154重抗体+9重同型对照)。
也支持自由选择TotalSeq™-A 抗体组合为感兴趣的Panel。
测试后兼容的一抗均为Biolegend公司的TotalSeq™-A系列,二抗均为Thermo Fisher Scientific公司的Alexa Fluor™ Plus系列。
蛋白靶点主要围绕免疫治疗、肿瘤微环境探索、发育机制研究等领域开发。
时空蛋白转录组适配的软件版本号分别为:lmageStudio≥V3.0.3,SAW≥V7.1.0,StereoMap≥V3.1.1。如果您的软件当前版本低于推荐版本号,需要先升级到对应版本后,再进行分析。
是的,两种文库要分开建库。为了保证测序时的碱基平衡,需要将带有不同Sample Barcode的ADT文库与转录组文库共同测序。建议将拟混合测序的ADT和转录组文库先各自制备DNB后,按照DNB的浓度,将ADT文库与转录组文库DNB按照1:1质量比混合,按预计总产出1.5-2G reads上机测序。测序类型为50+100+10。如果老师您自行测序,建议使用DNBSEQ-T7进行测序,不推荐MGISEQ-2000。
当下机数据不足需要加测时,要求用PE100测序试剂,蛋白组和转录组可共同测序,任一蛋白组可和任一转录组混合搭配测序,无需搭配同一样本的蛋白组或转录组。
1. 组织固定结束0.1X SSC浸泡后,立即用无尘纸擦干组织外周一圈,并画上疏水圈。这样操作可使组织内湿润但组织外周干燥,方便画疏水圈。
2. 画疏水圈时,将玻片放在免疫组化湿盒内,用手按住玻片后再画疏水圈,避免玻片移动。
3. 加液时要加在疏水圈内,液体覆盖住整个组织即可。液体过多则容易溢出疏水圈,存在疏水圈难以封住液面的风险。
4. 吸弃液体时,先平着吸走液体,再微微倾斜载玻片吸液。
如果存在于该抗体列表中,为了获得较好实验结果,建议您先按照我们推荐的浓度(1:250)在同一样本中进行IF预实验,也可按照已有经验做抗体浓度测试以及自由组合测试,待验证工作浓度起作用后,再开展正式实验。如果不存在于该列表中,需要您按照已有经验先做抗体滴定实验以及自由组合测试,待确认最佳抗体浓度后,再正式开展全流程实验。
不可以。时空蛋白转录组实验流程目前只适用于新鲜包埋样本,暂不兼容PFA样本。采用的是贴片后4% PFA试剂在时空蛋白转录组实验中的作用是用于组织切片贴片后的固定步骤。
以一个细胞的直径为10 μm左右计算时,一个细胞约相当于bin20(10 μm x 10 μm)或 bin14(取diagonal = 10 μm)。
Bin是芯片上规整的N × N的方形区域,区域内表达信息汇总就是Bin的表达信息,注意不包含正方最右侧边和最下方边的DNB点(Bin1除外)。
可以按照不同组织类型的细胞大小等,根据下游分析效果多次调试Bin20、50、100、200数值。其中Bin20与动物细胞大小近似,Bin50和Bin100是常用于分析的Binsize大小,Bin200一般用于快速可视化效果展示。