v2.6.0 版本更新公告

DCS Cloud大约 11 分钟更新公告更新公告

国内片区部署

【新增】重庆片区部署

新增重庆数据片区，可登陆：https://cloud.stomics.techopen in new window，并将右上角区域切换至“重庆”

重庆片区部署流程版本及适配的imagestudio版本

流程版本:

主流程	版本号	子流程	版本号
spatial_RNA_visualization_v5	v5.5.3	spatialRNAvisualization_reregister_v3	v3.2.1
		spatialRNAvisualization_ReTissuecut_v1	v1.1.0
		spatial_visualization_lasso_v1	v1.0.0

Imagestudio及图像预处理流程版本:

软件名称	版本号	图像预处理流程	版本号
Imagestudio	v1.2.0	spatial_RNA_registration_v2	v2.2.1

流程更新

【新增】spatial_RNA_visualization_v6流程上线，支持多色免疫荧光图像数据处理

v6流程图

• 比对mapping
【新增】rRNA过滤功能，详细说明见1.2 rRNA过滤

• 图像处理register&rapidRegister&imageTools
【新增】支持10x 8/16bit 单通道DAPI+mIF图像的自动分析，自动流程支持输出IF和矩阵配准后的底图；支持根据荧光强度自动计算IF的ROI区域，自动计算阈值过高时，可通过imageStudio >= v2.0进行阈值式组织分割进行人工手动调整；TissueBin配准精度，5-20pixel；

• 报告report
【新增】DAPI+mIF场景下报告中聚类图底图展示merge后的IF图

DAPI+mIF图像处理流程说明

结果示例

report
• 聚类底图

v6流程选择入口

【新增】v6流程支持rRNA过滤，需先配置对应ref

功能说明若实验分析考虑到rRNA的影响，可打开此开关，统计和过滤比对上rRNA的片段，在此之前需要对mapping所使用的参考基因组进行修改，将rRNA信息添加到Reference的FASTA文件中。
构建Reference

目前仅提供小鼠的含有rRNA信息的Reference，其他物种需自行构建。
在参考基因组的FASTA文件中手动添加rRNA序列，在染色体序号列上增加 '_rRNA' 的后缀标识，用于程序识别，与原始参考基因信息区分开来，示例如下:
- 原始:“>1 dna:chromosome chromosome:GRCh38:1:1:248956422:1 REF”
- rRNA:“>1**_rRNA** dna:chromosome chromosome:GRCh38:1:1:248956422:1 REF”
- 构建后文件效果如下:

任务投递

如果需要进行rRNA过滤，需要选择含有rRNA序列且构建了索引的Reference，选择“Remove rRNA”后才会生效。

【新增】v5流程支持imageStudio v2 QC数据接入

流程spatial_RNA_visualization_v5 升级，支持imageStudio v2 QC数据输入。

输出文件:
- {SN}*.ipr为v0.0.1

手动配准流程 spatial_RNA_visualization_reregister_v3 升级，支持可视化配准新功能，如小角度旋转、沿特征点X/Y方向缩放。

输出文件:
- {SN}.reregist.ipr为v0.1.0

项目管理

数据管理:

【新增】数据管理:从数仓查询所有的数据管理

数据管理入口；
目录树支持折叠收起；
列设置；

【新增】数据查询:文件查询，包括模糊查询和自定义精确查询

支持选中文件夹下跨子文件夹的模糊查询和字段精确查询，查询结果展示文件路径;

模糊查询
支持文件名模糊查询；
组合查询
默认显示3个常用的字段，用户可自定义查询字段；

【新增】新建文件夹

点击【新建文件夹】按钮即可新建文件夹；

2.新建的文件夹会出现到对应的目录树上；

【新增】文件上传:包括fq本地和集群的上传，ipr&gef&其它文件的本地上传

在Files、RawData、ManualData和新建文件夹里均可以看到文件上传的按钮，点击【文件上传】按钮即上传数据；支持上传FASTQ（本地和集群上传）、ipr、gef和其它文件，本地上传FASTQ、gef和其它文件时会调用镭速工具上传。
点击【上传记录】查看当前用户通过文件上传模式上传的所有数据记录；

【优化】批量上传FASTQ

点击【批量上传FASTQ】即可以excel模板方式批量上传FASTQ数据；
上传记录；

流程分析-工作流:

workflow模块入口在【流程分析】，包括【工作流】和【工具】2个功能模块；
公共工作流和公工工具在【公共库】模块；

【新增】工作流管理:包括项目工作流的增删改查，编辑和分享

workflow模块入口在【流程分析】，包括【工作流】和【工具】2个功能模块
点击【工作流】进入工作流管理页面，用户可以【创建工作流】，也可以从公共库-工作流模块安装工作流进项目使用。
创建工作流
第一步:定义工作流名称
第二步:编辑工作流wdl，可以使用工具（包括流程分析和安装进项目的公共工具）的wdl，也可以直接导入wdl文件来新建；上传wdl所需的依赖文件，支持依赖文件下载和wdl导出的功能；
基于工作流运行的任务是在容器里运行的，所以定义的wdl里需包含docker参数。用户先在平台【镜像管理】模块去基于平台的【基础镜像】去构建镜像，镜像新建完成后（也可以直接使用平台的公共镜像），进入镜像详情可以查看到当前镜像的url，把url复制粘贴到编辑工作流的工作区作为docker参数。
第三步:保存工作流。
如果是编辑工作流，在保存时还可以选择保存当前版本，也可以保存为新的版本；
工作流操作
1）项目工作流可以编辑（当前版本）、运行（当前版本）、删除（当前版本）和分享为公共工作流（所有版本）；
2）公共工作流能运行（当前版本）、卸载工作流（所有版本）；
工作流详情

【新增】运行工作流

工作流管理页面的【运行】入口，可启动当前工作流选中版本的运行
提交运行后，任务出现在【首页】、【项目任务】、【任务管理】、【芯片详情页】对应的任务列表；

流程分析-工具:

【新增】工具管理:包括流程分析的增删改查，编辑和分享

入口:workflow模块入口在【流程分析】，包括【工作流】和【工具】2个功能模块，点击【工具】进入工具管理页面，用户可以【创建工具】，也可以从公共库-工具模块安装工作流进项目使用。
创建工具
第一步:定义工具名称和工具分类
第二步，编辑工具wdl
第三步，保存工具
工具操作
1）流程分析可以编辑（当前版本）、删除（当前版本），分享为公共工具（分享所有版本）；
2）公共工具可以卸载（卸载所有版本）
工具详情