v3.10.0 版本更新公告

DCS Cloud大约 8 分钟更新公告更新公告

数据管理

【新增】网页下载

云下各片区新增网页下载功能,支持网页下载100MB以下的文件。

在数据管理-文件页面,选中需要下载的文件后,点击按钮【下载-网页下载】即可。

【新增】PM挂盘下载

深圳片区项目类型=PM项目新增“挂盘下载”功能,支持通过挂盘的方式下载大文件。

在数据管理-文件页面,选中需要下载的文件后,点击按钮【下载-网页下载】,在弹框中点击【确定】,云平台会校验所选文件是否全部已生成CRC32。如果已全部生成CRC32,提示登录【PM系统--我的流程--我的待办】查看并完善挂盘申请; 如果包含未生成CRC32的,提醒用户生成CRC32大概所需时长,可通过点击页面右下角 图标,查看进度:文件挂盘下载状态=完成,即可登录【PM系统--我的流程--我的待办】查看并完善挂盘申请;文件挂盘下载状态=失败,则需重新选择文件操作挂盘下载。

【新增】文件上传至CNSA

深圳片区新增“上传至CNSA”功能,支持将文件上传至CNSA存储,协助用户完成数据递交。

在数据管理-文件页面,选中需要递交的文件后,点击按钮【上传至CNSA】,在弹框中点击【确定】,云平台便会将所选文件拷贝至CNSA存储,期间点击页面右下角 图标,可查看进度。完成拷贝后,系统将发送邮件通知。

注意:上传的文件及元数据将保留2个月后自动清理,请尽快递交至CNSA,,递交数据时,数据上传方式选择“集群上传”,集群账号填写“st_dcscloud_odms”。

流程分析

【新增】批量任务自定义结果目录

该功能用于批量的任务自定义结果文件夹,每条任务产生的文件放在以“Task ID”命名的独立的文件夹中,由于批量任务量较大,UE界面不适合逐一自定义,需要将每条任务结果文件夹的名称提前在入参的数据表格中,以表格去匹配名称。

在运行任务的第三步,点击【修改输出目录】按钮后先选择父目录文件夹,产生的批量结果文件夹都将存放在该根目录下。确认输出根目录后选择批量结果文件夹的名称,系统默认以”Task ID“命名,例如选择”SN”,则表示每个任务将以SN号作为每个任务结果文件夹的名称。

【新增】用户使用引导

在流程分析新建界面提供用户在使用过程中的常见问题,例如“如何写WDL”,点击后可跳转到帮助中心对应模块

个性分析

【新增】Vscode代码编辑器

该功能新增了web版的Vscode代码编辑器,方便在云平台使用编译调试代码,使用方式如下:

新建分析时,基本信息下新增【编程环境】,分为”Jupyter“、"VSCode",选择VSCode,镜像必须选择用户包含VScode服务的镜像,否则会启动失败

VScode与notebook共用系统的目录结构及配额,且数据交互与jupyter一致使用数据挂载的分析方式

保存后,workspace界面新增编程环境下拉搜索,值为  VScode、jupyter,卡片可标注识别

运行开发工具选择VScode时,启动容器后后进入Vs Code界面,由云端codeserver提供服务

若选择联网节点,可以下载codeserver插件,打包到镜像中。

进入workspace的详情页,notebook字段变更为分析内容,分析内容显示ipynb.py.R\*.RData.wdl.yaml文件类型,且该类代码文件可跟随workspace发布到公共库,详情页面增加编程环境字段

【新增】联网节点

该功能提供联网软件安装节点software,可在notebook或者vscode的terminal联网安装软件,此节点只用于测试安装软件,为保证数据安全,不挂载数据。

【新增】用户使用引导

在个性分析新建界面提供用户在使用过程中的常见问题,例如“如何投递离线任务”,点击后可跳转到帮助中心对应模块

【优化】文件及任务挂载

优化按文件挂载:此版本优化了文件挂载方式,当已选择挂载数据后,再次点击挂载数据后,系统默认已记住挂载的数据,可补充叠加挂载数据。

优化按文件挂载:按任务挂载时,新增可挂载运行中和失败的任务,选择该类任务,表示将中间结果文件挂载到容器

镜像管理

【新增】镜像共享

云平台是以个人维度管理镜像,当项目协作时镜像可以在项目或成员间共享。可以在“镜像管理”卡片中,点击【共享】按钮将构建的镜像共享给指定用户或指定项目

共享的项目是您所在项目拥有分析人员及以上权限,共享用户为您所在项目中分析人员及以上所有的用户,共享后被共享者可以在镜像管理查看共享镜像,并可基于共享接着构建新镜像,但不可删除、编辑、发布、共享该镜像

注意:共享者与被共享者使用同一份镜像,当您新构建或编辑共享镜像后,被共享者也会使用最新的版本。

【新增】用户使用引导

在镜像管理新建界面提供用户在使用过程中的常见问题,例如“如何安装conda等常用软件”,点击后可跳转到帮助中心对应模块。

【优化】镜像管理

由于新增了基于Vscode的代码编辑器,镜像管理有以下变动

  • 系统提供基础的Vscode镜像,用户使用VScode的基础镜像构建镜像用于VS编辑器

  • 基于VScode的基础镜像构建的镜像包含VScode的标识,启动VScode编辑器的workspace时,只显示符合VScode的镜像

  • 镜像详情页增加字段:编程环境

任务管理

【新增】用户使用引导

在任务管理界面提供用户在使用过程中的常见问题,例如“如何断点续跑”,点击后可跳转到帮助中心对应模块。

【优化】离线任务列表

离线任务子任务列表增加任务名称、任务编创建人搜索条件,操作栏新增【日志】按钮

进入日志页面,新增任务启动过程日志

官方流程更新

SAW流程

【优化】升级SAWv8.1.2版本性能和问题优化

软件问题修复

  • --adt-fastqs <FASTQ>文件损坏时提示异常。

软件内容优化

  • 减少 SAW count Annotation 中的内存使用。

  • 升级 totalVI 模型。蛋白组和转录组联合分析,此模块将不会在 SAW count 和 realign 中执行。您可以在 SAW reanalyze multiomics 使用此分析。

  • 改善基于图像的组织分割效果。

  • 接受文件名为 *_R1.fq.gz 和 *_R2.fq.gz 的 FASTQ 文件。

  • 支持转录组参考索引目录前缀为 STAR,与之前 SAW 6.1~7.1 构建的 STAR_SJ100 兼容。

  • 改进输入验证。检查路径有效性: --ref-libraries <CSV> 中的文件或目录, 图像 TIFF 或 TAR.GZ 文件路径; 检查蛋白列表的格式。

  • SAW convert 和 reanalyze 输出的 Cell bin GEF 可在 StereoMap 中直接显示。

  • bin GEF属性 /wholeExp/maxMID 更改为 100% 最大 MID 数,而不是 99.9%。SAW reanalyze lasso 降低输出 bin GEF 的文件大小。

针对SAWv8性能问题,SAWv8.1.2为减少线上计算时间,该版本云平台默认参数调整如下:

  • --UniquelyMappedOnly参数默认由false改为true。

  • --rRNARmove 参数默认由false改为true。

【需特别注意】上述两个参数的默认值调整可能会对分析结果产生影响,需要大家根据项目实际情况自行判断是否调整参数。

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