v3.7.0 版本更新公告

DCS Cloud大约 7 分钟更新公告更新公告

FFPE解决方案上线

流程分析

【新增】SAW-ST-V8系列流程上线

新版本增加差异基因分析模块,对HTML报告重构,并对组织分割算法和FFPE H&E图像的配准算法进行升级。共包含15个流程。

  • SAW-ST-V8为标准分析流程,输出HTML报告。

  • SAW-ST-V8-makeRef用于构建参考基因组索引,支持rRNA去冗余、构建参考基因组索引、构建Bowtie2和Kraken2的索引。

  • SAW-ST-V8-checkGTF检查GTF/GFF文件,提取目标信息。

  • SAW-ST-V8-realign接回手动处理数据(包含图像TAR包和lasso GEOJSON),输出HTML报告。

  • SAW reanalyze进行数据再分析,包含SAW-ST-V8-clustering,SAW-ST-V8-reanalyze-lasso,SAW-ST-V8-diffexp。

  • 新增7个文件格式转换工具。矩阵相关:SAW-ST-V8-gef2gem、SAW-ST-V8-gem2gef、SAW-ST-V8-bin2cell和SAW-ST-V8-visualization。图像相关:SAW-ST-V8-tar2img、SAW-ST-V8-img2ipr和SAW-ST-V8-merge。

  • 新增SAW-ST-V8-MIDFilter,根据从StereoMap获取的MID范围手动过滤空间表达式矩阵。

交互分析

【新增】StereoMap V4.0上线(适配SAW-ST-V8流程)

SAW-ST-V8流程相关的可视化及图像处理,需要在StereoMap V4.0中使用。详细操作说明请查看帮助手册。

【优化】可视化及图像处理(适配SAW-ST-V7及以前流程)合并为“StereoMap & ImageStudio V3.0”

SAW-ST-V7及以前的流程,相关的可视化及图像处理功能,均合并在StereoMap & ImageStudio V3.0中。详细操作说明请查看帮助手册。

项目管理

数据管理

【新增】表格增加排序功能

该功能用于对数据管理-表格页面列表中的数据进行排序,点击任意表后,将鼠标移至表头字段,点击升序或降序图标即可。

【优化】系统预制表增加子表和字段

系统预制增加子表“Result data”,用于展示样本表跑的workflow结果信息,如下图:

系统预制时空图像表增加字段IPR版本号及使用流程,便于投递任务时选择合适的图像文件。如下图:

【优化】文件和表格异步任务

删除文件或下载表格时,若删除的文件数量大于2000个或下载的表格行数大于5000行,系统将通过异步任务的方式实现删除或下载。

【优化】文件下载时提示预计下载费用

该功能用于下载数据时提示下载费用,选择文件点击下载按钮后,界面将显示每次下载的预计费用,如下图:

【优化】表格模板增加“单细胞组学RNA-seq v3.2.0”

表格模板增加“单细胞组学RNA-seq v3.2.0”,用于跑单细胞v3.2.0流程。

流程分析

【新增】支持大量文件/文件夹任务提交运行

优化提交批量任务逻辑,选择数据提交任务后,任务提交托管至任务传输列表。点击传输列表进入“任务提交导出列表”分类下,查看任务提交状态及进展。

【新增】支持表格模式下数据全选

选择表格数据时,下拉框支持全选,全选后可再筛选数据。

【新增】支持使用GPU运行workflow任务

在阿里云片区,通过编辑WDL时在“req_gpu”代码块中申请使用GPU资源。

【优化】针对CKB项目回写表格路径优化:

通用项目回写resultdata数据表格字段不变,回写CKB项目表格数据增加:Batchcode、sampleDir字段

交互分析

【新增】交互工具开发者模式创建工具功能完善
  1. **新建工具分为三步:**第一步填写工具基本描述信息,第二步选择脚本信息,第三步配置调参面板和结果展示区。

工具创建完成,可发布到公共库提供大家复制使用:

【优化】单细胞和时空高级分析聚类和注释支持自定义颜色

支持聚类注释的颜色方案自定义调整和使用

【新增】开发者模式创建差异基因工具上线

工具详情使用说明和demo示例展示课查看参数及文件说明

个性分析

【优化】notebook在线分析计费逻辑优化
  • 优化任务状态,在线分析的原任务状态运行中细分为启动中、运行中。任务启动失败,状态变更为失败,启动容器失败不收取费用。

  • 优化费用校验功能,确保用户计费组余额充足时方可启动分析。用户在创建分析或延时分析时,根据当前容器资源及使用时间计算预计消费金额,当计费组余额小于所需费用时,无法开启或延时分析。

【新增】支持闲置时间自动关闭功能

Notebook新增闲置时间设置,当未操作notebook达到闲置时间,自动关闭容器并停止计费。

【优化】Jupyter页面剩余时间更新

Jupyter界面中的剩余时间将每分钟自动刷新,实时显示最新剩余时间。

【新增】支持删除个性分析

新增删除功能,删除后,该个性分析关联的文件将一同删除,需谨慎操作。

【优化】支持任务挂载搜索多个样本和任务编号

任务挂载功能优化,支持批量搜索任务编号、样本编号、流程名称、创建人,以英文逗号分隔搜索条件。

【优化】GPU权限管理

阿里云上开放GPU使用权限,可申请GPU资源进行分析。

任务管理

【新增】支持用户对自己投递的任务进行取消、删除等操作

针对任务创建者可取消、删除、启动任务,操作创建人之外的任务则由权限控制。

【新增】单细胞sRNA-seq、scATAT-seq、SAW-ST-V8官方流程对接

针对单细胞scATAC-seq流程新增报告查看功能。

针对单细胞scRNA-seq新增报告、高级分析。

针对V8流程产生任务,可进入对应V8版本的报告、可视化、图像及高级分析。

接口支持可视化调用SAW reanalyze流程,支持图像分析调用SAW realign流程,支持调用流程时自动获取并填充对应参数。

【优化】任务管理查看文件优化

查看文件增加权限控制,查看结果文件或中间结果文件预览新增支持类型,与数据管理交互保持一致。

【优化】任务管理搜索条件优化

任务编号、实体id可支持多个元素一起搜索,多个元素以英文逗号分隔。

公共库

【新增】整体UI更新

新版本公共库采用全新交互界面,可独立于云平台进行查看。

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