v3.0.0 版本更新公告
DCS Cloud v3.0.0版本更新公告
项目管理
【优化】邮件文案；
新建计费组文案
充值文案
【新增】计费邮件通知一律改成英文；
【优化】个性分析模块余额不足校验；
芯片管理
【优化】芯片管理UI优化
芯片管理界面按云平台整体风格做了调整。
【优化】芯片详情UI优化
芯片详情界面按照云平台整体风格做了调整。
在芯片管理界面，点击任意一个SN，即可进入芯片详情页面。该界面显示了当前芯片的芯片信息、测序信息、图像信息和任务信息。
注意：
图像数据模块显示的IPR是指预处理后的IPR，状态指处预留分析任务状态。
若要删除或修改芯片详情信息，请前往“数据管理-表格”。
数据管理
文件
【新增】集群上传-在线编辑
该功能用于在线编辑华大下机FastQ信息并添加到云平台。
数据管理文件页面，点击按钮【添加文件-集群上传】后进入集群上传界面，在该界面选择“在线编辑”，编辑相关信息点击按钮【确定】后即可将fastq文件上传至当前文件夹。
注意：
上述界面除了FastQ1是必填外，其他信息均为选填。将数据移动到表头字段上，可查看每个字段的注释。
如果是带库解冻的FastQ，上传前请确保所填FastQ路径已给集群账号st_stereonote，st_notebook，bigdata_autoanalysis授权“读”权限。
上传界面至少填写一行数据后才能保存。
默认传至RawData文件夹。
【新增】阿里云片区网页上传支持暂停、重启
仅阿里云片区网页上传提供该功能，用于在文件传输过程中暂停或重启传输。
在网页上传文件过程中，点击页面右下角的
进入传输列表界面，该界面点击按钮【暂停】后，便暂停文件传输，点击按钮【继续】后，便接着传输。
【新增】mask自动归档到阿里云
该功能用于让mask文件自动拷贝到阿里云进行备份。
只有云平台后台有此功能，运维人员配置归档任务后，系统自动将mask文件拷贝到阿里云指定的桶里。
【新增】文件元数据新增字段
文件元数据新增字段“实体ID”和“文件校验码”，其中实体ID指流程分析过程中关联任务和数据的标识ID，文件校验码指用于校验文件完整性的标识。
【优化】添加文件-本地电脑上传优化
该功能用于使用网页传输的方式将本地文件传至云平台。
数据管理文件页面，添加文件下拉框中，【本地电脑】改名为【网页上传】，点击该按钮后，进入网页上传界面。将本地文件拖至选文件区域后，点击【确定】即可上传。
注意：
使用网页上传时，深圳或重庆片区建议单个文件大小不超过100MB；阿里云片区建议单个文件大小不超过2GB。
支持批量上传，上传的文件默认在当前文件夹。
当前文件夹内文件不能重名，否则会上传失败。
【优化】集群上传-批量导入优化
该功能用于使用Excel的方式批量导入FastQ文件信息。
数据管理文件页面，点击【添加文件-集群上传】进入集群上传界面后，选择”批量导入“，下载Excel模板到本地并填写相关信息保存后，将此Excel文件拖动到批量导入上传区域，点击按钮【确定】后即可。
注意：
针对带库解冻的FastQ，上传前，请确保已给集群账号st_stereonote，st_notebook，bigdata_autoanalysis授权“读”权限 。
请勿修改模板中的表头信息 。
仅支持上传Excel格式文件，文件内需要至少包含 1 行 数据，其中FastQ1为必填项，其他是选填 。
一次仅支持一份文件上传，多份文件上传将会替换原文件。
上传的文件默认存放在RawData文件夹中。
【优化】文件夹名称命名规则优化
新建文件夹时，文件夹命名规则由原来的字母、数字，放开到支持字母、数字、“.”、“-”、和“_”。
【优化】镭速工具上传UI优化
镭速工具上传界面，增加注意事项提示语。
表格
【新增】系统自动生成芯片表、测序表、图像表及其数据
新建项目时，系统自动生成芯片表、测序表和图像表，显示在数据管理表格页面。
芯片表用于展示芯片相关的信息，包括芯片号、规格、尺寸、mask、以及其对应的测序数据、图像数据等。针对时空商产付项目，芯片表会自动生成其值；针对个人项目，在芯片管理页面关联芯片后，芯片表将会自动生成相关信息。
在数据管理页面点击“表格”进入表格页面后，点击Chip data表，即可打开芯片表。
测序表用于展示测序相关信息，时空商产付项目已支持自动同步glims的下机数据到测序表。非时空项目预计2024年1月会自动同步glims下机数据。
在数据管理页面点击“表格”进入表格页面后，点击Sequencing data表，即可打开测序表。在芯片详情上传的FastQ将自动同步到此表中。
图像表用于展示时空项目图像相关信息，包含原始TAR和IPR，以及预处理后的IPR。
在数据管理页面点击“表格”进入表格页面后，点击Image data，即可打开图像表。在芯片详情界面上传的ipr将自动同步到此表中。
【新增】芯片详情
芯片详情用于以芯片维度，在一个页面展示该芯片的芯片信息、测序信息、图像信息、任务信息等。
在数据页面点击“表格”进入表格页面后，打开芯片表，点击任意一个SN，即可进入芯片详情页面。
【新增】批量运行
该功能是快速批量投递Workflow分析任务的快捷入口。
在数据管理表格页面，选择需要投递任务的表格及表中数据后，点击按钮【批量运行】，将进入流程界面后在需要投递任务的流程处点击【运行】，即可把表格中所选数据自动匹配到流程参数，从而快速批量投递任务。
【新增】在线编辑表格单元格
该功能用于修改表格中的数据。
在数据管理表格页面，选择需要修改的表格，将数据挪动到需要修改的单元后后，点击修改icon，在弹出的编辑框中输入信息并点击按钮【确定】即可。
【优化】删除优化
系统预制的三张表格不允许删除。
【优化】下载优化
当下载的是芯片表的数据时，其芯片关联的测序数据、图像数据信息将一并下载。
【优化】新增表格和增加数据时，表头命名规则优化
新增表格或增加数据时，表格表头校验改为：不能超过50个字节，且不能重复，不再限制其它特殊字符。
新增数据和增加表格弹出框提示语变为“表头不能超过50个字节，且不能重复”。
流程分析
【新增】单个流程投递需确任务的实体ID
该功能用于解决单个任务投递时从入参文件取元信息作为任务SN时，当SN不存在或者不唯一会产生虚拟SN的问题。
进入界面投递，选择“运行界面”输入，新增“实体ID”输入框。
**交互：**实体ID填写时为输入下拉框，下拉的数据来源于芯片表格（时空场景)、用户自建表格的首列ID以及任务手动输入的ID，当用户输入时可模糊搜索本项目下已有的实体ID选择填入，当项目中没有对应的实体ID，则可以输入新建。
说明：
实体ID为流程分析过程中关联任务和数据的标识ID，基于当前已有的业务逻辑时空场景下实体ID填写SN号，其余组学可填写sample id、样本名称或其他分析所需的真实数据ID，填写后流程产生的任务、结果数据都将关联到此ID下。
实体DI与流程参数可自动关联。以V6\V7为例，当在用户在实体ID输入框中填写ID（SN号），流程参数将自动填充
【新增】一键更新
该功能用于管理项目内的流程，通过更新获取原始流程的最新版本。
- 流程管理列表新增【更新】按钮，当项目内流程需要更新时，更新按钮将显示需要更新的数量。
点击更新按钮后，将过滤所有待更新的流程，点击【更新全部】按钮，则待更新的工作流会全部更新；勾选部分待更新工作流点击【确认】按钮，则只更新选中部分
更新后，则取源工作流的最新版本覆盖当前工作流
【新增】表格界面投递任务
该功能用于用户在创建好表格后，或者通过官方表格可以直接发起任务投递，通过官方表格可快速投递官方V6\V7流程。
进入表格界面，在“chipdata”表格中勾选数据后，点击【批量运行】按钮，在流程列表中选择“SAW-ST-V7”流程点击运行按钮，此时进入任务参数预览界面，系统已经根据模板匹配好部分参数，在预览界面根据需求可调整参数后提交运行
【新增】支持关联表格任务投递
该功能用于关联表格投递任务，如使用”Chipdata“表格关联的”Sequencing data“、”Image data“投递任务。
当用户选择带有引用关系的表格投递任务时，支持从主表中打开引用表查看引用表数据
点击引用表后，通过ID值过滤展示引用表数据，引用表第一列为ID（SN\sample ID等）
参数匹配表头时需获取表格与引用表的表头，并支持匹配
【新增】发布公共库流程提供license
该功能用于发布或更新发布流程时，让用户知晓发布协议，以满足数据公开的安全法规要求。
在项目内发布时提示用户：”若确认发布，则该应用将以++Apache 2.0++协议发布”。用户点击“++Apache 2.0”++可跳转查看协议内容。
【新增】对接高级分析、图像可视化支持workflow流程投递
支持时空高级分析、图像、可视化在交互界面投递任务调用workflow来提交任务，具体交互效果参考对应模块说明。
【优化】流程搜索
- 为方便流程管理，优化流程卡片的筛选规则，支持三种方式筛选流程：
展示所有表示展示项目内所有的流程
只展示非预制流程表示显示项目内除预制流程之外的其余流程，随着预制流程上线数量增多，用户可通过此筛选规则隐藏预制流程，方便查找项目内自定义流程
只展示预制流程表示显示项目内平台自动分发的流程
- 支持大小写模糊搜索
【优化】运行参数回显优化
优化数组的参数值回显，参数回显的符号统一使用英文，一维数组显示为[para1,para2]，二维数组显示为[[para1,para2],[para3,para4]]
【优化】优化PE fq文件的显示顺序
该功能用于优化SAW V6\V7单个任务投递时，当选取PE数据时，对用户选择文件的顺序要求，需先选read1再选read2才能投递成功，优化后，用户选择PE数据，系统将自动按照read1、read2排序
【优化】表格模式下显示参数描述
在表格模式下，显示参数的描述信息
任务管理
【新增】通过实体ID、创建人、批次号搜索任务
优化搜索条件，新增搜索项实体ID\SN，创建人支持条件组合筛选
【优化】架构调整
- 列表新增一列实体ID列，实体ID为流程分析过程中关联任务和数据的标识ID，时空场景下，SN与实体ID一致
实现1000条批量任务秒级快速生成，用户最多允许投递1000条任务，数据勾选上限5000
统一规则，取消workflow任务在任务管理下载，统一至数据管理模块下载
优化任务管理、详情页UI显示
【优化】任务编号编码规则
优化workflow任务编号规则如下：
标准分析（SAW）：WT+2023XXX；
recut任务：WRC+2023XXX;
reregist任务：WR+2023XXX;
registration任务：WI+2023XXX;
lasso任务：WL+2023XXX;
交互分析
图像分析
【新增】SAW-ST-V7 及其子流程的适配
支持 ImageStudio 3.0 版本的图像手动后投递 V7 及其子流程。
【新增】流程投递参数说明
在图像界面运行 Workflow 各个参数的数据提示。
【新增】SAW-ST-V6 参数优化适配
优化流程投递的CIDStart、CIDLength、MIDStart、MIDLength 等参数，直接使用系统默认值，减少用户手动输入的操作。
【新增】H&E 数据的组织分割增加 Label 的功能
主要基于H&E图像，对病例区域做注释，支持标注多个不同的组织区域，与组织分割标注整个区域是不同的。用户可以在HE_Label的tab页签中，使用画笔、橡皮擦或者多边形工具标注自己感兴趣的区域，比如癌区和正常区域。
相关信息
标注功能只适用于3.0.x及以上版本的H&E图像数据。
【新增】图像拼接 track 线拼接增加误差调节的 Bar
支持推动误差调节的 bar，用户可以根据需求调整可接受的像素范围，默认为 5 像素。
可视化
【新增】lasso 后增加投递差异分析的流程
如果用户在 cellbin 图层下，选择 lasso 功能会增加差异分析投递的选项，输出差异分析后的 CSV 文件，用户可做进一步的下游分析。
【新增】lasso 交互重构
支持多 label 的 lasso。
【优化】任务管理增加可视化快捷入口
任务管理增加可视化入口，适用的任务为标准分析、配准和 lasso 的任务，用户点击任务管理的“可视化”按钮可以自动打开可视化界面。
【优化】手动配准增加版本号及顺负逆正逻辑修改
手动配准旋转逻辑优化，顺时针为负值，逆时针为正值，输出文件增加 json 版本号。
【优化】基因 Panel 优化
- 选择基因列表宽度固定，不会随着选择基因的个数宽度变化。
- 单基因选择的热区放大，直接点击整行可以做单基因切换。
【优化】T 任务的数据 lasso 后直接调用 Workflow
T 任务的数据打开可视化做 lasso 后，点击“提交”直接调用 Workflow 的 lasso 流程。
高级分析
【优化】时空高级分析切换workflow流程
时空高级分析8个流程底层切换为workflow流程投递任务，方便管理。
时空高级分析页面调参面板、任务编号、界面操作及流程功能与旧版本无差异。
用户可在「流程分析」模块入口查看时空高级分析的底层的8个workflow流程单独运行。
【优化】CL支持PT/IN/EN分析
支持用户运行完聚类步骤（Cluster）不做注释可直接正常做拟时序分析（PT）、互作分析(IN)及功能富集分析(EN)并出具时空高级分析报告。
【优化】支持多个cluster或类型在空间位置展示
支持聚类（CL）和注释（AA&MA）界面空间位置多个cluster或细胞类型的同时展示。
【优化】手动注释暂存功能
支持做完手动注释后对定义好的类型支持暂存功能，方便用户切换界面查看其他分析结果确认注释返回调整。
【新增】lasso后增加差异基因分析流程
支持用户在「交互分析-可视化」模块lasso不同区域来进行区域内或不同区域间差异基因的分析流程，产出用户所需marker_gene.csv列表，用于后续分析，可在「流程分析」中查看lasso后的差异基因分析流程。
【新增】时空高级分析「加载数据」界面新增SN输入框
时空高级分析「加载数据」界面，用户选择完数据后，右侧会显示SN框，确保用户选择数据的SN真实性，用户可根据选择的数据文件，右侧确认该矩阵是否为该SN名，以保证后续分析的顺利运行。
个性分析
【新增】增加 Notebook 文件元信息展示
直观展示Notebook文件描述及标签。
【新增】重置资源新增镜像搜索
“重置资源”时支持按镜像名称搜索镜像，方便快速定位选择所需镜像。
【新增】支持将正在运行的容器环境直接保存成新镜像
启动容器后自行安装的工具包默认是临时的，点击“保存环境”可持久化保存容器环境。
【新增】Notebook 文件发布时增加 License
发布Notebook文件增加 Licence。明确版权和许可条款，保护发布者权益。
【新增】通过运行脚本方式投递的离线任务增加运行代码展示
通过运行脚本方式投递的离线任务增加运行代码展示，易于区分子任务。
镜像管理
【新增】支持镜像名称搜索
支持按镜像名称搜索镜像，方便快速定位镜像。
【新增】镜像发布时增加 License
发布镜像时增加 Licence。明确版权和许可条款，保护发布者权益。
公共库
【新增】公共应用 - 卡片/详情页增加“点击量”数据
【新增】公共应用 - 排序方式新增按“评分”、“点击量”排序
【新增】公共应用 - Notebook详情页增加描述字段
【新增】公共应用 - 增加License字段
功能上线后，新发布/更新发布的应用需要同意开源协议后才能发布。
【新增】公共应用 - 支持在公共库内取消发布
仅发布者本人可对应用/工具箱进行取消发布。
【优化】公共应用 - Notebook复制支持多选项目
【优化】公共应用 - 修改复制时的Notebook命名限制
【优化】公共应用 - 复制记录中增加项目号展示
【优化】公共应用/镜像 - 标签展示顺序改为用户添加标签的顺序
【新增】公共镜像 - 支持标题/贡献者搜索、类型筛选、标签筛选、排序
【新增】公共镜像 - 卡片/详情页：新增构建方式信息、贡献者、更新时间、评论评分、点击量、点赞数
【新增】公共镜像 - 新增评论评分页面
Genpilot
【新增】增加敏感词、脏词过滤
识别敏感词并屏蔽问题，管控数据安全：
【新增】文章撰写增加文章模板并支持智能生成大纲、参考文献管理等功能
（1）文章撰写增加项目申请书模板并支持智能生成大纲：
AI定制模板：
1）输入文章信息：
2）查看文章大纲：
3）应用大纲进入文章撰写：
（2）增加标题设计、引言生成功能
增加标题设计、引言生成智能编辑功能，并提供示例：
（3）增加参考文献管理
1）参考文献自动生成
将“生成内容”与“引言生成”的内容插入文章后，参考文献自动更新：
2）新增参考文献
用户可输入文献信息，作为文章的参考文献：
3）参考文献插入引用
将参考文献作为引用插入光标处：
【新增】知识解读增加知识图谱展示
对于用户问题，Genpilot将访问NCBI等公开库，查找相关信息进行回答。同时Genpilot将解析用户问题中涉及的生物学实体并查询华大时空知识库，以知识图谱形式展示其关联信息：
（1）知识图谱：
提取用户问题中涉及的生物学实体，并展示其关联实体。
若实体信息未收录到时空知识库，则不展示知识图谱。
当前仅支持查询单个实体的知识图谱，若涉及多个实体，可切换查看不同实体的知识图谱。
当前仅支持查看实体的一级关联实体。
（2）实体说明：
实体说明内容目前均以英文展示。
定义：实体解释说明。
同义词：实体的同义词说明，多个同义词用”|“隔开。
实体关系说明：实体及关联实体的关联关系说明。
【优化】细胞注释支持根据细胞类型查询基因列表
提问细胞对应的基因信息，Genpilot将返回对应的基因列表，并给出参考网址，供用户查看、验证详细信息：
【优化】智能分析支持回答工具代码等问题
不局限于工具推荐，可以进一步提问工具更多信息（如工具代码等）：
【优化】助手中心增加设置助手头像
增加个性头像选择及上传头像功能：
【优化】科研应用菜单入口调整等交互体验优化
（1）科研应用入口调整为侧边菜单，区分时空用户及科研人员
（2）每日文献只展示标题，尽量展示更多文章标题信息
（3）助手信息及推荐问题展示优化
（4）每个助手增加头像，助手名称显示优化
（5）重新回答按钮优化
